嘉慶二十二年，大清朝災民遍地，國勢日衰。紫禁城內，一刺客假扮太監，刺殺嘉慶皇帝，御前侍衛統領穆彰阿拼死護駕，不惜受傷擒住刺客，祁韻士的家中，迎來了回京述職的好友馮叔陽，二人均為官清廉，剛正不阿。馮叔陽的兒子馮懷義，與祁韻士的兒子祁雋藻從小一起長大，情同手足。

穆彰阿為攀附權貴，請求皇四子諾敏儘快與庫侖真完婚，諾敏一再推託，庫侖真雖為女子，卻只好弓馬，此次仍女扮男裝，以賠禮為名，邀祁雋藻、馮懷義二人喝酒，雋藻在行酒令時才學盡顯，三人效法桃園三結義，拜為兄弟。

祁韻士從主管造幣的寶泉局監督任上交接完畢，帳目清楚。穆彰阿卻示意新任監督阿倫查庫，竟查出虧銅七十萬斤，實為祁韻士前任所為，保勝嚴刑拷打被捉拿的刺客，逼其做偽證，連同前一次的刺殺案一併栽贓給馮叔陽。嘉慶帝大怒，下旨抄拿馮叔陽全家，曹玉兒情急之下，謊稱馮元白是祁家之子，救下馮叔陽這尚在襁褓之中的幼子。

穆彰阿搶在王鼎之前接過祁韻士保馮叔陽的狀紙，卻暗中毀損。朝會上，嘉慶聞知寶泉局虧銅巨大，龍顏震怒，下旨徹查，祁韻士事發，被押入天牢，在雋藻的提醒下，始知自己不諳官場事故，為前幾任寶泉局監督所構陷，便將實情稟告給主審此案的王鼎，王鼎憂心祁韻士難免遭受牽連，恐將人頭不保。

嘉慶下旨將馮叔陽滿門抄斬，馮懷義隻身劫法場，被雋藻和庫侖真及時勸阻，三人目睹馮叔陽全家被斬，懷義立誓為父報仇，庫侖真對保勝軟硬兼施，保勝只得答應護送庫侖真出城打獵。懷義身為欽犯，男扮女裝，以庫侖真丫鬟的身份混出城外，從此浪跡天涯，保勝發覺，但為時已晚。

雋藻在嘉慶祭天途中攔駕喊冤，被關入天牢，祁韻士在獄中已抱必死決心，悲歌慷慨，將平生遺願交代給雋藻。雋藻卻覺朝廷黑暗、世情昏昧，不願苟活於世，庫侖真用放走馮懷義之事要挾保勝，得以進入天牢探望雋藻，得知雋藻決心隨父赴難，深夜去求哥哥穆彰阿搭救祁家。

穆彰阿接過玉兒狀紙，以此為名上奏皇上，言語中看似只保祁韻士之命，卻以此使皇上無法殺掉其他貪官，讓眾位當朝權貴、皇親國戚對其感恩戴德。祁韻士聞得將自己遣戍新疆的旨意，拒不接旨，求王鼎再請皇上下旨殺了自己，以便諸殺真正貪官，王鼎曉之以大義，說服祁韻士接旨。祁韻士次日起程，交代夫人劉氏帶全家回山西壽陽老家。

庫侖真得知雋藻要回山西，極力勸阻，邀雋藻去穆府拜謝哥哥，並求哥哥留雋藻在府上讀書，彰阿愛惜人才，欣然應允。次日雋藻給庫侖真留下書信，隨家人踏上返晉之路，侖真驅馬追至京郊，向雋藻表明女兒身和愛意，雋藻亦驚喜交加，侖真不畏艱苦，願隨雋藻回鄉務農，料卻被保勝帶來的官兵劫回。

祁家帶著馮氏遺孤元白回到壽陽，修葺荒宅，辭退僕人，氏命老大成藻務農養家，雋藻和宿藻繼續讀書，準備科考，然雋藻已心灰意冷，不願再讀書。馮懷義遭到官兵一路追殺，路遇父親的手下李清玄、姚一彪、陳柯，三人救出懷義，並以懷義馬首是瞻，共圖復仇大計。

雋藻在務農途中，憑自己的學識，斷了一樁因句讀分歧引起的家產爭奪案，村民們對知識的渴求和對讀書人的尊重感動了雋藻，雋藻回心轉意，聽從父親臨行之言，去宗艾鎮拜天下大儒張觀藜為師。不料張觀藜此時已棄儒從商，不願收留。雋藻甘願留在張家貨棧當一學徒，和弟弟宿藻住在馬棚養馬。

雋藻跪在張家貨棧門前，終在暴雨中暈倒，張觀藜同意雋藻留下，雋藻認真學徒，於養馬頗有心得。懷義來到宗艾找雋藻，撞見張觀藜，張觀藜對懷義報仇的想法嗤之以鼻，點出要害，懷義不以為然，憤而離去。姚一彪等抓住相關人員，嚴刑逼供，得知陷害馮叔陽的人正是穆彰阿。

玉兒惦念雋藻，求成藻帶自己前往宗艾探望，雋藻知曉玉兒心思，但無奈心有所屬，對玉兒極為冷淡。庫侖真撕扯為諾敏大婚準備的婚裝，撒嬌哭泣，一意抗婚，鬧得穆府雞犬不寧，其心中卻仍舊惦記著雋藻。諾敏在戲園子裡和流氓打架負傷，旻寧差保勝前去解救，次日嘉慶召諾敏進宮，準備委以重任，不意發現諾敏傷痕，旻寧又遣人告密，致使嘉慶怒不可遏，將諾敏逐出皇族。

穆彰阿得知諾敏被黜，複又巴結旻寧。適逢嘉慶派遣旻寧去山西籌措款項，旻寧順水推舟，提出帶穆彰阿前往。馮懷義等人前往穆府行刺穆彰阿，穆彰阿身手矯健，又有眾兵丁護衛，懷義負傷，行刺未果，嘉慶單獨召見穆彰阿，派其到山西做學政，並叮囑其注意一個叫張觀藜的人。

商隊遭到災民搶奪，張觀藜和雋藻與眾人分散。夜晚，張觀藜在星空下大話天下大勢，慨歎人生，當夜所言影響了雋藻一生，張觀藜預言三五十年後，必有一場大火燃遍天下，雋藻苦求解救之法。穆彰阿來到山西，拜見自己的姑父、山西巡撫烏魯阿，烏魯阿對穆此行目的頗為懷疑，以言語試探穆彰阿。

懷義等人為謀生計，當上土匪，劫富濟貧，懷義不甘如此，惆悵萬分，庫侖真偷跑到山西找到雋藻，二人愛情之火重燃，雋藻許諾要娶庫侖真，駕馬車帶庫侖真回家。劉氏聽說庫侖真乃是偷跑出來，有違禮法，堅決反對二人婚事，雋藻苦苦哀求，卻無濟於事。

穆彰阿趕至祁家，將庫侖真強行帶走，馮懷義等人半路殺出，就在穆彰阿命懸一線之際，庫侖真以對懷義救命之恩相逼，懷義無奈，只得放走穆彰阿。雋藻失去庫侖真，魂不守舍，連夜趕往太原求見穆彰阿，穆彰阿下令將雋藻關進大牢。

玉兒和成藻趕到太原尋找雋藻下落，卻得知雋藻被關入大牢，玉兒告知庫侖真，求庫侖真搭救雋藻。庫侖真手執白綾，立於凳上，以死相逼，穆彰阿只得答應釋放雋藻，但要庫侖真對天發誓，與雋藻永不相見。雋藻出獄，卻收到庫侖真的絕情信，萬念俱灰，茶飯不思，劉氏為斷絕雋藻念想，強行要將玉兒許配雋藻。

穆彰阿暗中取得山西富商名錄，在旻寧面前逼迫烏魯阿下令強行征繳，致使山西多家商號倒閉，大量夥計走投無路。雋藻拗不過母親，只得迎娶玉兒，但不日便返回張家貨棧，卻見宗艾鎮民生凋敝，已不復當年光景，而張觀藜也不得不典賣家產，以圖湊足銀兩，得避牢獄之災。

雋藻理論不成，離開張家貨棧，決心參加科舉，希望通過科考文章，將心中所想上達天聽，在鄉試墨卷上，雋藻言辭激烈，被穆彰阿抓住把柄，穆彰阿藉機將雋藻關入大牢，準備等旻寧離開山西後殺掉雋藻。庫侖真得知，前往姑父烏魯阿處求援。烏魯阿聽說穆彰阿瞞著自己要殺應試舉子，惱羞成怒，設局深夜造訪學政衙門，並將旻寧請來。

旻寧保住雋藻，並讓其中舉，同時將雋藻的鄉試墨卷帶給嘉慶，嘉慶認為是張觀藜有話對自己說，下旨讓烏魯阿務必讓雋藻來年赴京參加會試，雋藻回到張家貨棧拜謝恩師，卻得知張觀藜已棄絕紅塵，出家為僧，雋藻決意將恩師的薪火傳承下去。次年春天，雋藻帶著張牧、宿藻進京會試。

懷義、庫侖真、主考官王鼎，先後前來勸說雋藻，望雋藻言辭有度，莫生事端，雋藻卻不為所動，堅持己見。張牧在街上遇到偷賣考題之人，萬分詫異，遂將試題買回。雋藻在會試考場，發現張牧所購題目果真為會試題目，當場揭發，王鼎趕來，勸雋藻繼續答題。

穆彰阿授意琦善暗害偷題太監，銷毀人證，嫁禍雋藻和張牧，將二人罪名坐實，下入大獄準備處斬，王鼎與穆彰阿激辯未果。玉兒哀求王鼎搭救雋藻，王鼎跪在宮門外請求面君，卻被穆彰阿差人阻攔。王鼎又找來旻寧，穆彰阿在旁挑唆，旻寧擔心氣壞父皇，也不敢將試卷帶給嘉慶。

庫侖真進獄探望雋藻，出門撞見玉兒，玉兒欺瞞雋藻，討來休書，跪在庫侖真面前，乞求庫侖真救雋藻一命，庫侖真闖進戲園子找到諾敏，軟硬兼施，苦求諾敏搭救雋藻，諾敏心憂大清，密見嘉慶。嘉慶得到諾敏奏報，在朝堂上質問祁雋藻下落。穆彰阿詭計多端，將雋藻試卷奉上，嘉慶被試卷上的言辭激怒，病發暈倒。

穆彰阿趁嘉慶暈倒，逼旻寧下令，將雋藻、張牧綁赴刑場，懷義等人率眾劫法場，與官兵酣戰。諾敏趕來參見嘉慶，嘉慶醒來後要見祁雋藻，一道旨意將雋藻從刀口救回，雋藻得以面見嘉慶，將張觀藜所傳之言悉數講出，不料卻驚奇地得知嘉慶帝與張觀藜等人的往事淵源。

嘉慶向旻寧面授機宜，稱要保住大清的江山，就要保住祁雋藻，要保住愛新覺羅的基業，就一定要用穆彰阿。雋藻得中進士，卻不願做官，準備還鄉。諾敏前來客棧探望，二人相互勉勵，從此交好，成藻卻帶來了父親祁韻士的死訊。

嘉慶駕崩。雋藻被繼位的旻寧召回京城，道光皇帝初登大寶，倡導簡樸，穆彰阿為博皇上歡心，無所不用其極，雋藻看出滿朝的儉樸都是浮於表面的形式，明察暗訪，將事實擺在道光眼前。道光大怒，除去穆彰阿內務府總管的職務，轉交保勝，穆彰阿對雋藻咬牙痛恨。

穆彰阿將庫侖真許配給保勝，保勝歡心不已，穆彰阿和妻子又設計欺騙庫侖真，庫侖真被二人蒙蔽，只得下嫁保勝。雋藻聞知，喝得酩酊大醉。婚後，庫侖真獨掌家中大權，將保勝晾在一邊，保勝忠心主子，忍氣吞聲。雋藻再次向道光進言救國之術，並重提解禁吉林墾荒之事，道光不敢觸動龍脈，嚴詞拒絕。

道光指派雋藻為道光元年恩科副主考，遭到朝中眾臣反對，道光堅持，力排眾議，穆彰阿帶頭告病，以圖威脅皇帝，排斥雋藻。雋藻看到天下四傑的文章，讚不絕口，並派人尋查四人蹤跡，聞知四人已進京赴試，欣然前往拜會，卻意外聽到考題洩露、狀元內定的傳言，引得天下四傑憤然退出會試。

雋藻好言勸住天下四傑，並將試題洩露一事告知道光皇帝，道光大怒，欲重擬試題。雋藻為保試題安全，手捧試題，將自己鎖於牢籠，遊遍京師內外，昭示眾人，表明道光恩科還天下以公的誠意。會試完畢，雋藻力主在天下四傑中選擇本科三鼎甲，遭到穆彰阿極力反對，二人在道光面前據理力爭，道光不置可否，穆彰阿遂以離開朝廷相要挾。

朝中眾大臣隨穆彰阿一起稱病告假，道光為保護雋藻，將其關進大牢，道光在牢中告知雋藻，已列天下四傑為前四名，雋藻深感皇上英明，又進一番赤子之言，道光為免雋藻在京受眾臣排擠，派雋藻前往湖南做學政，授予密折專奏之權。

雋藻初到湖南，體察民情，得知本省科考須使銀子才能得中，便力主重開縣試，選拔真才，頓時遭到眾貪官反對。元白天資聰穎，小小年紀便鋒芒畢露，山西壽陽已無人能教，劉氏決定帶他去湖南找雋藻讀書。張牧給雋藻出主意，請出湘溪書院的天下大儒錢無庸先生支持雋藻，湖南貪官咬牙切齒，決心把雋藻搞臭。

湖南貪官詭計多端，屢施毒計，詆毀雋藻清譽，雋藻潔身自好，不為所惑，並且帶頭拒收養廉銀子，高風亮節，得以服眾。元白來到雋藻家中，劉氏讓宿藻為元白蓋一間書房讀書，貪官利用泥瓦匠，將官銀藏於牆壁之中，栽贓給雋藻，並將雋藻關進大牢。

庫侖真得知雋藻入獄，假造保勝書信，獲取證據，苦心幫保勝權衡利弊，說服保勝，救得雋藻出獄，懲治了三個大貪官，使保勝成為萬民稱頌的好官，穆彰阿得知保勝違背了自己的意思，雖然也彌補了自己的疏忽，卻懷恨在心。雋藻致力於湖南的學政事務，為朝廷養育人才。

雋藻從曾國藩口中得知鴉片之害，又沿途走訪，親見鴉片氾濫，荼毒生靈，隨即上奏皇上，急請禁絕鴉片，道光皇帝接到奏摺，下旨宣雋藻回京。穆彰阿在朝會上反對禁絕鴉片，倡導馳禁，被道光帝否決。林則徐、鄧廷楨拜訪雋藻，直陳鴉片之害，並透露皇上自己也抽煙，雋藻自覺形勢緊迫，要親見皇上請旨禁煙。

雋藻面見道光，以退為進，先抑後揚，使道光下旨厲行禁煙，又遭到穆彰阿的阻撓。曾國藩終於來到京城參加會試，雋藻私下勸曾國藩先去拜見穆彰阿，避免受自己與穆彰阿的恩怨牽連，曾國藩照此行事，雋藻又從中斡旋，穆彰阿對曾國藩頗為賞識。元白已長大成人，與曾國藩同赴會試，立志效仿雋藻，為天地立心，為生民立命。

元白和曾國藩皆中進士，劉氏帶元白到馮家墳前，元白得知自己身世，立志做個好官，光宗耀祖。穆彰阿指使吏部將元白外放知縣，雋藻不允，要找吏部收回成命，不料元白卻執意赴任。曾國藩白天拜謝穆彰阿，深夜拜謝祁雋藻，同送來“高山仰止”畫卷，被宿藻鄙夷，雋藻卻解出其中深意，留曾國藩吃飯。

雋藻言辭激烈，震怒龍顏，道光下令將雋藻關入大牢，虧得劉氏動之以情，保住雋藻。懷義舊傷復發，疼痛難忍，姚一彪買來鴉片為其消痛，致使懷義吸食成癮，難以自拔。保勝和庫侖真已有一子，取名寶兒，保勝現任江蘇巡撫。雋藻一入江蘇，即見鴉片之害無比酷烈，隨即拜見保勝以圖共除煙害。

林則徐、鄧廷楨和雋藻共議禁煙大事，幾人同心協力，以期永絕鴉片之害，朝會上，穆彰阿依舊蠱惑聖聽，反對禁煙，致使道光帝無所適從，猶豫不決，只得又召雋藻回京。保勝忌憚雋藻，命人將雋藻回京沿途的罌粟全部剷除，雋藻見保勝辦事果敢，雷厲風行，稟告皇上請求褒獎保勝。

道光派肅順赴江蘇搜集證據，肅順確認保勝為第一大毒梟，卻礙於穆彰阿情面，未向道光透露真情。林則徐在廣州禁煙成功，並擊退英軍，道光皇帝褒獎之餘，籌備海防，嚴陣以待，穆彰阿一反常態，支持禁煙，並舉薦祁雋藻為赴江蘇禁煙的欽差大臣，保勝感到穆彰阿不再庇護自己，心下慌張，希望利用庫侖真和雋藻的舊誼拉近關係。

雋藻來到江蘇，強行幫助懷義戒煙，懷義的鏢局曾走過鴉片的鏢，黑白兩道都有門路，他答應暗中幫雋藻查找線索，兩兄弟終得聯袂。保勝榮升兩江總督，以答謝為名，邀雋藻來赴家宴，與庫侖真敘舊，隨後又日日擺宴款待，妄圖腐化雋藻。

懷義幫雋藻找到確鑿證據，雋藻隨即將保勝關入大牢，穆彰阿急忙差人接庫侖真回京，庫侖真方知哥哥不會幫助保勝，於是去求雋藻，雋藻為正國法，不肯放過保勝，庫侖真心痛欲絕，與雋藻反目成仇。道光質問穆彰阿保勝之事，穆彰阿為保自己，不為保勝求情，反支持道光誅殺保勝。

保勝在獄中不平，求見雋藻，將穆彰阿當年陷害馮叔陽和祁韻士的隱情告訴雋藻，揭發穆彰阿醜惡罪行，雋藻請保勝將實情寫下，以為馮祁兩家昭雪之證。庫侖真回到京城舊宅，不願住進穆府，穆彰阿心疼妹妹，將寶兒接到穆府撫養。雋藻將保勝的證詞交給道光，道光不願理會，將雋藻拖將下去，暗中卻派黃爵滋查辦。

元白為給劉氏治病籌錢，接受了賄賂，正中穆彰阿下懷。英人打到天津，道光皇帝害怕，決定派琦善議和，並將林則徐、鄧廷楨革職，雋藻跪在養心殿外求見皇上，反對議和，道光堅持不見。琦善議和失敗，穆彰阿又推薦庸人領兵出戰，雋藻告誡道光不可怒而興師，道光惱怒，不聽雋藻之言，以致大敗。

雋藻找到諾敏來請道光不要議和，道光擔心戰敗，不願冒險。王鼎屍諫，也未能感動道光，終於割地賠款，喪權辱國，雋藻心灰意冷，請求辭官還鄉，臨行前與道光推心置腹，舉薦賢人，出謀劃策，道光允雋藻還鄉，並下旨善待已發配新疆的林則徐、鄧廷楨。

諾敏決定親往吉林勘察土地，以圖一旦解禁之後便於墾耕，雋藻萬分感激。穆彰阿帶寶兒河邊釣魚，不慎使寶兒溺水而亡，庫侖真聞此噩耗，一病不起，藥石難救，穆彰阿差人買來大煙讓庫侖真吸食，以解喪子之痛。劉氏亡故，雋藻回鄉丁憂，張觀藜也隨即圓寂。

雋藻向朝廷推薦《瀛環志略》，期望改變現狀，實現中興，反被列為禁書。宿藻、張牧不顧雋藻反對，進京會試，張牧醉鬧貢院，被趕出考場，決心去新疆完成祁韻士遺稿。穆彰阿為嘲諷雋藻，將宿藻取中，列於孫山之位。諾敏從吉林歸來，求見皇上，肅順在穆彰阿授意下，稱諾敏假冒皇族，將諾敏趕走。

道光召雋藻回京做六阿哥奕訢的師傅，奕訢學識淵博，激進有謀，頗得雋藻賞識。四阿哥奕詝遭遇冷落。為爭皇位，奕詝的師傅杜受田請來穆彰阿幫忙。諾敏面君不成，將吉林地圖交給雋藻，雋藻興奮異常，希望通過六阿哥之手達成解禁吉林墾荒之事，穆彰阿設局，致使各方面皆不如奕訢的奕詝，以假裝的宅心仁厚得到了道光的賞識。

道光終將皇位傳給奕詝。咸豐帝即位，聽從杜受田之言，重用祁雋藻，輕慢穆彰阿，穆彰阿不甘被冷落，為排擠雋藻，將元白貪贓枉法的罪證捅出，元白貪污白銀二十萬兩，事發被關進大牢。咸豐震怒，面斥祁雋藻，雋藻不信元白能做出此等事來，請求主審此案，咸豐帝應允。

雋藻查出元白果然貪汙，欲依法將元白處斬，宿藻、懷義來求雋藻放過元白，雋藻秉天下大義，不肯徇私。臨刑前夜，雋藻在牢中與元白共度。雋藻利用“官”字，向元白講授為官之理，元白心悅誠服，情願伏法。雋藻在元白墳前告訴懷義，這一切的證據都和穆彰阿有關，是穆彰阿處心積慮，讓雋藻親手殺了自己的兄弟。

姚一彪輕舉妄動，刺殺穆彰阿未果，反被穆彰阿擒住，穆彰阿利用姚一彪做誘餌，欲將馮懷義等人一網打盡，李清玄、陳柯在打鬥中遇難，眾兄弟拼死將懷義救出。咸豐識得穆彰阿陰險，將其革職抄家，五城兵馬司抄至庫侖真處，將庫侖真家產沒收，投入大牢，雋藻獲悉，將庫侖真從牢中救出，庫侖真仍舊不肯原諒雋藻。

金田起義來勢洶洶，大清危如累卵。雋藻面見咸豐，上奏四件大事，望咸豐帝施行，並向咸豐展示吉林墾荒地圖，咸豐不肯違背祖訓，拒絕施行。肅順等人企圖獨攬大權，卻在朝會辯駁中敗於雋藻，肅順等人求教穆彰阿，穆彰阿乘機誆騙咸豐與己會面，駁斥雋藻所言四件大事，妄圖官復原職，東山再起。

咸豐看清穆彰阿嘴臉，痛斥穆彰阿，穆彰阿萬念俱滅，一蹶不振，咸豐聽信懿妃之言，將雋藻的奏摺交給眾大臣評議，從此石沉大海。雋藻發現玉兒給庫侖真買大煙，折斷庫侖真煙槍，玉兒點醒庫侖真，其實是穆彰阿害了她一生。中秋之夜，庫侖真帶著毒酒探望哥哥。

淮南聚集了百萬災民，咸豐驚恐萬分，下旨令各關隘嚴防死守，禁止災民北上。諾敏路遇大股災民，決定帶他們奔赴吉林，但遇到重重阻礙，雋藻得知諾敏中箭身殞的消息，決定朝見皇上，阻止咸豐從蒙古搬兵鎮壓災民，並且請旨，願隻身前往淮南平息大亂。臨行前，雋藻寫下休書，和家人斷絕了親屬關係。

雋藻沿途假傳聖旨，放災民北上吉林，咸豐得知消息時，情勢已無法挽回。從此百萬災民抵達吉林，落地生根。咸豐十年，英法聯軍火燒圓明園，咸豐帝北狩承德。雋藻身先士卒，率領民眾頑強抵抗，張牧、懷義均為國捐軀。咸豐病死，傳位同治，雋藻作為三代帝師，傳授同治為君之道。