東漢末年，張仲景年少之時，時局動盪，連年混戰，百姓顛沛流離，各地瘟疫頻發。地方邪教無量教與朝官暗中勾結，兜售神符散發國難財。張仲景父親張宗漢時為南陽郡承，無量教頭目高量為蠱惑百姓，帶領眾教徒在洛陽街頭大肆作法，作為朝廷命官的張宗漢為民請命，意圖截獲神符散，並要上報朝廷以剿滅無量教。南陽太守劉忠以燒毀救民靈藥神符散的罪名誣陷張宗漢，令張宗漢一族滿門抄斬。張仲景被父親舊識張伯祖救回懸濟堂，化名張子良，懸濟堂裡還有一位師兄周亢，師姐黃芩。張仲景經常從全家被殺的夢魘中驚醒，一心想要報仇，張伯祖為阻止張仲景下山報仇，與其約定，將懸濟堂中所有的藥典抄錄一遍，方可下山。一晃四年過去，恰逢張伯祖五十大壽之日，張仲景也如約抄完了所有藥典。

趙凌煙因哥哥趙巨受傷，遷怒於張仲景和懸濟堂。張仲景對這對兄妹心存愧疚，求師父讓二人暫住懸濟堂。高嫖姚醒來，對救治自己的模糊身影念念不忘。高量想與太守劉忠攀親，把女兒嫁給劉忠之子劉熾，劉熾嫌棄高嫖姚有瘋病，不同意聯姻。

周亢趁下山買藥的空檔，到首飾店給黃芩買禮物，遇到劉熾，被劉熾家丁奚落諷刺，暗下決心要出人頭地做人中龍鳳。小宛村突發疫情，張伯祖得知後，立即帶著黃芩下山查看，令周亢守山。小宛村的疫情非常的嚴峻，張伯祖才剛下山不久，便有人帶著重病患者上山來。

小宛村突發瘟疫，周亢為了討師傅歡心，擅自在藥中加了一味清熱之藥，不想卻釀成大禍，致使村民劉成的父親死亡，張仲景為大局著想，更為了報答師父的養育之恩，承擔了所有罪責，張伯祖痛心疾首，讓張仲景把他抄過的藥典一併帶走，再也不要回來。

小宛村事件後，懸濟堂敗落，無量教趁機收買人心。為舉孝廉，劉忠父子同意與高量父女聯姻。高嫖姚抗婚再次昏厥，趕來巴結的周亢救醒高嫖姚，高嫖姚對周亢暗生情愫。

趙凌煙見趙巨一直昏迷不醒，急壞了，一瓢冷水將張仲景潑醒。張仲景得知趙巨的情況，趕緊前去救治，幾針下去，便將趙巨救醒過來。趙巨醒來就想起身，張仲景勸其不要妄動，病情並不簡單，參考了古醫典，融合張伯祖的經驗，再加上自己的判斷給趙巨下了藥方。

趙淩煙路旁賣豬肉，偶遇劉忠父子，想起劉忠正是自己家族被滅門的元兇，趁趙巨與張仲景上山採藥的時候，獨自到太守府報仇。趙巨與張仲景在山上，偶遇小宛村村民劉成，劉成因父親枉死一直對張仲景懷恨在心，尾隨兩人伺機報仇。劉成被毒蛇咬傷，為救他性命，張仲景親自給他吸傷口上的血，自己也中毒暈倒。

嫖姚為保下周亢，以絕食抗爭。周亢向高量投誠後，高量便讓周亢去勸嫖姚吃飯。周亢跟著侍女來到嫖姚的住處，嫖姚不知道周亢已來，再次拒絕吃飯。周亢示意侍女退下，出聲招呼嫖姚吃飯。嫖姚看到周亢特別驚喜，待得知周亢加入無量教，便問起緣由。周亢認為，是懸濟堂容不下自己，如今無量教有嫖姚這麼善良的女子，哪怕是為了嫖姚，他也應該加入無量教。

周亢含恨下山之前，黃芩淚流滿面苦苦哀求，奈何周亢已經認定張伯祖心裏，根本沒有他這個大弟子，他的身分在懸濟堂根本無法與張仲景相比，還是撇下黃芩下山，去了無量教。第二天，張仲景得知昨夜周亢不辭而別，向黃芩追問緣由。

張仲景勸守了張伯祖一夜的黃芩先去休息，張伯祖心痛地責備張仲景，竟然沒有遵師囑，將自己用畢生精力收集的醫典送給無量教。張仲景當時只想挽回周亢，如今聽了張伯祖的話，十分擔心無量教用醫典害人，心裏自責不已，在張伯祖面前立下誓言，必當潛心醫術，治病救人。

周亢帶著劉熾衝上懸濟堂抓人，發現張伯祖已經看不見，十分奇怪，便問起緣由。張伯祖慶幸自己此時是看不見的，否則看到自己養育了十幾年的周亢，就是這樣一個沒什麼不可出賣的小人，會更生氣。周亢告訴張伯祖，自己這麼做也是無奈之舉，畢竟張仲景是朝廷要犯，而黃芩如今身在牢裡，如果想要保全她，就要捉住張仲景。

張仲景一番施針之後，果然救醒了陳泗，村民們很佩服他的本事，居然可以將死人救醒，全都尊稱他為“神醫”。張仲景見自己的醫術可以救人，又能得到大家的認可，十分開心。趙巨好奇張仲景是怎麼做到的？張仲景打小就喜歡看扁鵲的故事，記得其中一篇講述“屍厥”的故事，他見陳泗的症狀也是如此，便試了一下，果真成功，自己也很高興。

吳大仙根本不聽張仲景辯白，揮舞着木劍開始做法。張仲景還在回想當日老李所中之毒，他知道那是一種植物毒素，可惜還是沒能想起來。趙凌煙覺得張仲景是因為自己，才跟著逃亡，遇上此事，十分內疚，認為是自己連累了張仲景。

張仲景從村民們最近的病症中，察覺到近來會有疫情出現，於是這兩天都忙着上山採些對症的藥備用。這天，張仲景剛在山上找到一株好草藥，心喜地用藥鋤挖下來，便聽到慘叫聲。原來，鄭焱一路尋到老君山，累得滿頭大汗，一時不察，便跌入陷阱裡。

朝廷發了密召，要求各郡尋求人才治療國舅的病。高量從劉忠口中得知此事，打算故計重施，用神符散斂財。劉忠斥責高量，上次開壇作法，廣售神符散，引發禍事，幸好張伯祖廣施良藥才遏制住疫情，這次不肯答應高量的請求。

周亢親眼看著趙凌煙與張仲景從這麼高的懸崖上跳入水中，仍然不放心，吩咐人下去找，大有一副生要見人，死要見屍的執著。劉熾親自給張伯祖和黃芩安排了住處，二人坐着馬車到了門口之後，黃芩才發現竟然是張仲景的家張府。

趙凌煙昏迷了一天之後，終於醒來，她已經想起所有的事，知道趙巨是為掩護自己而死。張仲景見趙凌煙難過得落淚，便要安慰她。趙凌煙知道趙巨是心甘情願護着自己，不想讓張仲景再提，央他帶自己去趙巨的墳前看看。周亢知道鄭焱是高量派到他身邊來監視他的，如今他有劉忠這個靠山在，高量與京中之人的密切往來，令劉忠欲除之而後快。

高量死後，周亢不穿孝衣為高量披麻戴孝，惹得高嫖姚對他不滿，怒斥他入贅到高家，也算是高量的半個兒子，豈可如此。周亢絲毫不把失去父親的高嫖姚看在眼裏，聲稱自己根本不想入贅，都是高量一手安排的，還讓高嫖姚辦完喪事後跟自己搬到周府。

王員外家丁杜度，因敬重張仲景仁心仁術，說出了真相，原來王福派他伺候張仲景夫婦是假，實際上是讓他看著二人，王員外對凌煙心懷不軌。張仲景、趙凌煙偷偷離開了縣城。杜度想要追隨張仲景學習醫術。

王神醫摯交的兒子曹進一接待了張仲景三人，閒談之際，張仲景突然覺得曹進一臉色不對，診過脈後，張仲景稱曹進一有“鬁疾”的徵兆，這種疾病要到不惑之年才會發病，發病後不出半年便會喪命，曹進一不屑一顧的笑了笑，行禮離開。

張仲景、杜度來到鐘醫生家，張仲景欲為鐘醫生看病，鐘醫生不讓診脈就讓開藥方，張仲景也不推遲，並與鐘醫生約定，要鐘醫生按藥方服藥，十日後他再來檢查成效。鐘醫生看過藥方之後只顧冷笑，原來張仲景開的是用五穀雜糧做的藥丸。鐘醫生準備把這個笑話講給大家聽，讓張仲景臭名遠揚。

高嫖姚找到劉忠說媒，將黃芩許配給太守劉忠的兒子為妻，被劉忠看穿了她的私心。王神醫聽說了張仲景在當地行醫的名氣越來越大，心有不悅。國舅爺告訴張伯祖，他要攜張伯祖面見皇上，張伯祖大為感動。同濟堂王神醫向張仲景明確表達了自己的不滿之情，令張仲景十分尷尬。

劉忠將與黃芩結婚一事告訴自己的兒子劉熾，希望劉熾可以娶了黃芩，拯救家族於危難。高嫖姚對周亢說想看望黃芩，周亢很是意外，結果正好碰上劉忠帶著兒子上門提親，周亢一口回絕了提親，在高嫖姚與劉忠的分別勸說之後，黃芩最終答應了這門婚事。

張仲景在街上意外的看到皇上頒佈的平反詔書，自己一家冤案得雪，自己可以不再隱姓埋名，喜極而泣。張仲景決定隻身前往長沙與師父見一面，他讓杜度帶凌煙先去長沙。劉忠找到周亢，一番唇槍舌劍後，二人終於達成了共識，決定為了各自的利益，再次合作。

抵達洛陽的張仲景在何大人處得知張伯祖已經出城，張仲景策馬追趕在城外終於與恩師相見，張仲景希望可以跟隨師父一同前往邊疆為百姓治病，張伯祖拒絕了他，認為他應該為國家做出更大的貢獻，師徒又一次天各一方。

躲過一劫的張仲景又被皇上召見，希望他能夠醫好中常侍張公公得的一種怪病，張仲景經過觀察，用一種特殊的方法治好了張公公，皇上大悅，賜張仲景為長沙太守。消息很快傳到周亢與劉忠的耳朵裡，周亢下定決心要再一次除掉張仲景，在赴長沙的路上，張仲景回到了多年未歸的懸濟堂，在這裡他以外意外的遇到了已經為人婦的師姐黃芩，黃芩將張仲景帶到他生父、母的墓前。

張仲景與黃芩在父母墓前告別，繼續前往長沙，周亢不堪劉忠的壓榨，也一直對劉熾的奪妻之恨放不下，決定用計害死父子二人，周亢與鄭炎密謀時，被高嫖姚聽到，高嫖姚感到若劉熾一死，周亢可能還會回到黃芩身邊，因此暗中威脅鄭炎，在一次與劉忠父子的正式會面場合中，周亢騙父子二人服下了自己煉製的丹藥。

張仲景前往太守府述職，遇到代理太守之職的郡承李可，李可對新任太守張仲景很是冷淡，遞出各種傲慢冷遇，長沙一些百姓聽說新太守是名醫，前來找張仲景看病，張仲景竟然在太守的大堂上看起病來，旁邊的李可冷眼觀望。

周亢派鄭炎前往長沙，收買畢神醫，企圖破壞張仲景在長沙的聲譽。鄭炎收買了長沙當地地痞賈義在城裡生出事端，賈義在太守府擺出無賴樣子，拒不承認自己所為，賈義母親聞訊趕來在朝堂上突發急症，被張仲景醫好，賈義回心轉意。

張伯祖在邊疆行醫時感染了疫病病逝，得知師父的噩耗，張仲景悲痛不已，此時趙凌煙臨產，順利誕下一個男嬰。皇上聽信張公公，沒有為張伯祖舉行葬禮，並禁止各地官員前往祭拜，張仲景無法理解，悲痛之餘，他決定每逢初一十五，在太守府開堂問診，為百姓醫病。

五年後，洛陽大疫，皇帝甚為著急，何大人向皇上舉薦張仲景，此時張公公也將周亢引薦給皇上，皇上聽信張公公，決定對周亢委以重任。張仲景在長沙開始將張伯祖與自己的所學整理成冊，準備寫一本醫術。周亢沒有真正的醫術，無法治好洛陽的百姓，張公公很是不悅。

周亢在皇帝面前上演了一出起死回生的表演，皇帝大悅，封周亢為太醫令，管理全國所有醫藥事宜。在張公公的蠱惑下，皇上對張仲景拒來洛陽的行為視為抗旨，派兵捉拿。張仲景在皇帝面前竟然說自己是“先為醫者，後位人臣”，皇帝對張仲景的狂妄自大很是不滿。

眼見周亢在朝中的勢力越來越大，張公公在謀士的建議下，將劉熾黃芩夫婦調往洛陽，伺機為劉熾安排朝中職位，以挾制周亢。在疫區張仲景治好了很多病人，鄭炎看到此景，建議周亢是否也效仿張仲景的方法救人，被周亢回絕，周亢反而要鄭炎為舉行盛大的做法儀式做好準備。

皇上來到疫區巡視，發現仍有大批病患，遂召見周亢與張仲景，此前周亢已將多數重症患者轉移到張仲景負責的病區，面對事實，張仲景有口難辯，被皇帝關入天牢擇日問斬。知道自己時日無多，張仲景托衛訊為他送去筆墨，他要在獄中寫完《傷寒雜病論》的最後章節。

皇上感染了風寒，周亢並無治療的方法，給皇上吃了一粒帶有興奮藥物的丸藥，病感獲得了暫時的緩解，周亢來到天牢將此事告知張仲景，救死扶傷的道義讓張仲景給皇帝開出了藥方，皇帝吃了張仲景的藥，身體痊癒，龍心大悅，周亢藉機向皇上提出，讓無量教成為國教，張公公在朝堂之上阻止了周亢。

皇上答應了張公公的提議，命劉熾為郎中令。周亢邀請劉熾赴宴，劉熾還沒等向周亢說完自己的復仇計劃，就倒地不起，原來周亢早已在劉熾的酒中做了手腳。張公公得知此事大怒，大罵周亢卻又無可奈何。周亢來到黃芩處，告訴她自己要娶她，黃芩覺得生不如死。

在周亢與黃芩成親當天，周亢小心的揭開黃芩的蓋頭，發現黃芩已經服下毒藥，黃芩死在周亢懷中，高嫖姚站在一旁冷笑，周亢來到天牢，發現傷寒論已經不在了，立刻派兵前去搜捕。趙凌煙帶著假的傷寒論，吸引了周亢一行人，得知被騙周亢一怒之下殺死了趙凌煙。

何大人帶著鄭炎來到朝堂，鄭炎向皇上稟報了周亢這些年的所作所為，以及周亢與張公公設計欺君之事，在鐵證面前，周亢無法辯駁，皇帝下令斬首周亢。在死牢中，周亢與張仲景再一次見面，張仲景拿出了一張薄餅，周亢想到懸濟堂時的兄弟二人親密無間，非常後悔。