夜幕之下的長安城悄然發生連環命案，而殺手行兇後自刎而死，勛衛府校尉尉遲方得知消息後趕往現場，發現行兇之人居然是早已暴斃數日的果騎都尉崔元啟，並在崔元啟手心發現寫著李淳風三字，部下告知尉遲方說城中一座名叫隨意樓的酒樓老闆即是李淳風。李淳風指責尉遲方為官昏庸，輕率斷案，被激怒的尉遲方拉著李淳風到勛衛府衙門看證據。

二人跟著烏夜蹄來到了城外的亂葬崗，李淳風在屍堆裡尋找線索，突然傳來一陣瑤琴聲，殭屍馬車和無頭騎士出現衝向兩人，所幸尉遲方施展超群武藝打退無頭騎士。皇宮內，長安鬼案一說傳的沸沸揚揚，讓登基不久的李世民龍顏大怒，下旨禁止民間議論崔元啟一案，此舉給作為崔元啟故主之女的拂雲郡主感到莫大壓力。夜晚，本來想打劫鍾馗的長安雙俠瓜哥和葫蘆，卻無意間遭遇馱著謝應龍死屍前來的烏夜蹄，二人被死屍嚇得落荒而逃。

尉遲方發現日前的殭屍被人挖走了心肝，同時發現李淳風留下的蛛絲馬跡，於是來到隨意樓找李淳風興師問罪。卻發現李淳風正在用殭屍的心肝進行研究，並且告知尉遲方崔元啟一案與傀儡術有關。長街上，巡城軍官于懷捉拿了在謝應龍死屍旁邊沉睡的大漢鍾馗，李淳風欲為鍾馗脫罪，卻遭到拂雲郡主及于懷的反對。無奈之下，李淳風只好用謝應龍的生死與拂雲郡主設了賭局，不僅救活了謝應龍，戲弄了于懷，還在大庭廣眾之下揭破拂雲郡主的真面目，更獲得了尉遲方的由衷欽佩。

烏夜蹄突然出現在隨意樓外，尉遲方來到隨意樓，李淳風則帶著尉遲方來到了亂葬崗，並遇到了尾隨二人趕來的拂雲郡主。李淳風三人通過大枯樹密道來到了傀儡術的起源地，並且見到了幕後主使者，明翠閣主胞弟公孫敕，原來一切都是公孫敕為了引出李淳風而布下的局，而公孫敕的目的就是要懂得蝌蚪文的李淳風解讀傀儡術手劄中的秘密，李淳風答應為公孫敕解讀書稿，卻中了公孫敕的毒計，命在旦夕。

長安城，在夜幕籠罩下的學士府，一道寒光射進劉學士眉心，劉學士應聲撲倒，氣絕而亡。都護長史易秋樓在長安神捕荊烈的陪同下來到劉學士府查案。查案完畢，一道限期破獲朝廷命官連環遇刺案的敕令降到都護長史府衙。事情傳到與易秋樓有世交的拂雲郡主耳中，深知易秋樓沒有能力破案的拂雲郡主，想借機請李淳風出面協助破案，於是利用馬周在易秋樓面前舉薦。易秋樓對李淳風的能力深信不疑，將整個案情據實以告，乞求協助，李淳風答應接下此案。

在夜宴上，李淳風，尉遲方和拂雲郡主三人開始討論起連環刺殺案案情，尉遲方突然說自己也接到了暗殺預警的木盒，嚇了李淳風和拂雲郡主一跳。李淳風逼問尉遲方情況，明白了殺手的真正目標是方恪，於是急忙跟著尉遲方奔向驛站。李淳風提議讓方恪假死，一切按自己的計畫行事。陳六發現妻兒被神秘人綁架，威脅陳六要按自己的命令行事，否則陳六一家人性命不保，陳六無奈，只好答應。陳六主動投案，交代連環刺殺案與李淳風有關，搖擺不定的易秋樓禁不住荊烈等人的催逼，只好批捕李淳風。

被抓到都護長史府衙大堂的李淳風，面對荊烈的指控和陳六的誣陷，李淳風侃侃而談，易秋樓一時拿不定主意，這時有人送上木盒給易秋樓，發現自己成為殺手下一個刺殺目標的易秋樓，急忙驚惶退堂，將李淳風無罪釋放。來到陳六家尋找陳六的李淳風，請求陳六說出幕後真凶卻遭拒絕，這時兩名殺手出現滅口李淳風和陳六，危急時刻拂雲郡主出現保護李淳風，殺死兩名殺手，但同時也負了傷，被李淳風救回隨意樓醫治。

通往玄妙觀的路上，易秋樓帶人去追殺陳六，卻遇到了拂雲郡主的馬車擋路，從小戀慕拂雲郡主的易秋樓無奈，只好打道回府，拂雲郡主驚訝易秋樓竟然就是幕後之人，同樣感歎李淳風對易秋樓瞭解之深。湖邊，瞭解李淳風破案玄機的荊烈準備殺李淳風滅口，卻中了李淳風早已下在自己身上的藥，動彈不得，無奈之下荊烈揮刀自盡。李淳風回到隨意樓，易秋樓承認自己即是連環刺殺案的幕後主使，易秋樓表達了自己的理由，同時對李淳風的破案能力十分欽佩，並願意束手就擒。

拂雲郡主來到隨意樓找李淳風，拿出了一個寫有李世民名諱的魘法偶人，李淳風大驚失色，急問郡主此物來由，拂雲郡主告知是在自己即將給李世民進貢的食盒中發現，李淳風立刻感覺有人要設計陷害拂雲郡主，於是答應拂雲郡主自己會幫助查清此事。監察御史府衙，尉遲方奉命前來，馬周給了尉遲方一個絕密任務，在太上皇李淵駕臨慈恩寺進香時寸步不離的保護，尉遲方急忙接下任務。

慈恩寺內，地下通道的盡頭，靜修發現了一具乾屍，從乾屍佩戴的玉佩靜修認出乾屍就是李承義，靜修大驚，隨即遭到了黑影襲擊。正在藏經樓偷情的元覺和桃蕊，發現滿臉鮮血的靜修被一條黑影架上藏經樓頂，從樓頂上推下，嚇得元覺和桃蕊失魂落魄，等黑影離開，兩個人走下藏經樓，桃蕊離開，元覺卻仔細端詳起靜修的屍體。隨意樓，滿臉淚水的拂雲郡主侍女雪兒闖進，告知李淳風馮嬤在府中自盡，李淳風雖不驚訝，但還是急匆匆跟著雪兒離去。

馮嬤住處，李淳風和尉遲方查點馮嬤遺物時，發現了虎頭玩具和慈恩寺的寫有解卦的紙條，一番詐問下，李淳風從芹娘口中得知馮嬤原來有個孩子，而且還可能和慈恩寺的僧人有染，並且懷疑馮嬤就是在食盒中下魘之人，郡主聽了悲憤交加，表示不相信對自己視如己出的馮嬤會做出如此之事，然後便下了逐客令。慈恩寺內，一陣喧鬧，眾人趕到慈恩寺，發現藏經樓下的靜修屍體，李淳風剛要去查驗，卻被阻止，這時寺主仿熙禪師出現，竟要將靜修屍體草草埋葬，李淳風上前問為何不報官，卻遭到仿熙冷言回應。

李淳風和尉遲方分析案件，李淳風隱約感到一系列案件對郡主不利，郡主不好意思的為上次發怒道歉，李淳風淡淡一笑，突然發現郡主頭上戴著玄奘從藏經樓上拿回的東西，似乎想通了什麼，急忙離開。李淳風尉遲方夜探慈恩寺，發現有黑影在藏經樓，急忙衝上藏經樓，而在藏經樓內，黑影正在元覺屍體上摸索，聽見有腳步聲上來，急忙從密道逃走。李淳風和尉遲方發現元覺屍體和皇家玉佩。

慈恩寺，李淳風與尉遲方約好今晚再來樓裡即可知曉真凶，郡主也要前來，遭到尉遲方和李淳風拒絕，但她非要前往，李淳風最終沒有同意，郡主十分氣惱。藏經樓，李淳風與尉遲模仿元覺當天被殺前在樓前的情景，李淳風檢查石碑時突然掉入一個黑洞，尉遲方急忙也跳了下去。李淳風、尉遲方摸索前進，走到通道盡頭，發現血跡、財寶痕跡和一具瘦小的屍體，仿熙大師出現襲擊二人，原來假裝癱瘓的仿熙寺主是李建成的餘黨，而魘法偶人之事也是他指使，危急時刻，李淳風拿出玉佩用地下死屍說仿熙殺害少主，仿熙失神時被尉遲方殺掉。

皇帝李世民密傳彭國公王君廓，問他該如何控制長安已經隱瞞不了的疫情，王君廓大力推薦李淳風，李世民應允，並將此事全權交給彭國公王君廓辦理。尉遲方闖進隨意樓說長安爆發瘟疫，讓李淳風幫忙想辦法，樓下正在和彭國公府家將們周旋的搖光聽到，故意說尉遲方是李淳風，結果家將們上前就抓，被尉遲方打的滿地找牙。王堯上門，責怪家將們，然後說自己是奉彭國公之命請李淳風，李淳風一番戲弄，氣的王堯大罵不識抬舉，拂袖而去。

尉遲方走進寧光寺，告訴李淳風重兵已到，已經封鎖了寧光寺，李淳風又讓尉遲方去找大批草藥，郡主突然出現勸說李淳風小心王君廓，李淳風卻根本沒聽進去，郡主無奈。尉遲方宅屋外，尉遲方看著裡面沐浴的少女身影，突然少女喊尉遲方進屋，尉遲方開門進屋，少女突然叫了聲小方哥哥，尉遲方這才依稀認出少女刺客就是自己年少時的紅粉知己廬江王李瑗的獨生女李蘅，不由得心潮澎湃。

郡主府，尉遲方找郡主問李淳風去向，並告知李蘅刺殺王君廓一事，郡主說昨晚分別後到現在也沒見到李淳風，聽聞李淳風失蹤，郡主急忙和尉遲方出去找李淳風，管家無奈歎氣。玄妙觀茅屋內，尉遲方發現已經被感染瘟疫的李淳風，道士告訴尉遲方，現在李淳風病的很嚴重，李淳風為了救眾人，以身試藥，隨時可能斃命，尉遲方悲痛離去。開遠門，王堯招募祭天童女自願者之事，這時身穿黑衣的李蘅穿過人群，說自己就是八字純陰，自願捨生祭天，平息瘟疫，王堯大喜，急忙讓李蘅隨自己回府。

茅屋前，王堯派來的殺手劍客打倒小猴兒、鍾馗和拂雲郡主，走進茅屋殺李淳風反被玄妙觀主一劍殺死。寧光寺外，王堯奉彭國公命令將寧光寺燒掉，尉遲方抵抗，被王堯制服，即將點火時，虛弱的李淳風被鍾馗等人抬到寧光寺，分發解藥。尉遲方看見祭天童女居然是李蘅，急忙折返回隨意樓，李淳風說自己一定會盡力解救李蘅。祭台下，王君廓登上祭台，王堯突然來報寧光寺的患者全部痊癒，疫情被控制住，尉遲方趕來給李蘅解綁，不料李蘅拔刀刺進尉遲方胸口，然後連環數刀殺死王君廓，士兵上前抓捕李蘅，李蘅揮刀插心自盡。

李淳風找到拂雲郡主想辦法營救尉遲方，郡主告訴李淳風自己很懷疑李蘅的身份，李淳風把自己的想法說出，郡主不同意李淳風冒險。鬱悶的王堯走到酒攤前喝酒，接到了天空飄落許真人的字條而走進隨意樓，李淳風布下天羅地網，最終王堯連驚帶嚇，昏迷不醒。寧光寺正殿，接到搖光傳信的馬周帶著常何出現，李淳風審問王堯，讓馬周、常何知道廬江王謀反的真相，以及李蘅刺殺王君廓的真相。郡主恭喜尉遲方出獄，尉遲方來到少女墓前發現墓上無名，李淳風說出刺殺王君廓少女並非李蘅。

懷沐認為莊中異象是鬼降導致，此時懷家莊歲數最長的長老提議請來李淳風。李淳風與尉遲方上山打獵，迷路的兩人剛好來到懷家莊，這時面容恐怖，形態枯槁的打更老人帶著兩人進莊。老人安排兩個人住下之後離去，隱約聽到哭聲的李淳風走出門口，兩人來到懷家莊祠堂，尉遲方說一定有貢品就衝了進去，李淳風發現門口黑手印，急忙也跟了進去，結果兩人被黑衣人攻擊，敵不過尉遲方的黑衣人，被撕下一角衣袖後慌忙逃走。

郡主解釋自己因打獵迷路來到此地，進莊之後郡主也發現異常，並瞭解到山鬼降，李淳風問郡主什麼是山鬼降，郡主把從懷沐那裡聽到的資訊告訴李淳風與尉遲方。三人與領路人懷容來到黑雲嶺，李淳風故意打翻懷容給郡主的水囊，懷疑並非山鬼而是背後另有文章，這時懷容被蛇咬傷，李淳風將其蛇毒排出，不經意發現懷容腳邊的白色粉末，懷容清醒後急忙逃走。調查完黑雲嶺的三人來到祠堂才發現所有病人全部死去，李淳風突然拉著郡主和尉遲方躲起來，這時候祠堂一角突然打開一道密室石門。

李淳風三人進入密道，三人發現地下宮殿內有奇怪的花朵荼藜，郡主好奇去聞，突然跳起舞來，而尉遲方更是追殺李淳風，李淳風揮起寒池裡的水尉遲方才恢復正常，李淳風意識到池水可以解毒。懷容突然走進來要殺三人，一番混戰後懷容被俘，李淳風逼問懷容事情的來龍去脈，得知真相的眾人準備離開，卻發現石門機關被破壞，懷容發現被山鬼騙了，眾人驚慌失措。

鄒望聽說蟬娘被燒死，就下決心報復懷家莊所有人，伺機下毒，李淳風逼問懷沐真相，懷沐不得已，說出當年之事。一直暗戀義妹蟬娘的懷沐單獨審問蟬娘，說蟬娘成為自己的女人可以免死，蟬娘不從，還打了懷沐耳光，懷沐大怒，讓人把蟬娘燒死。得知真相的眾人都深覺懷沐惡毒，紛紛要求把懷沐燒死，李淳風說年代已遠，讓懷沐活著便是最大的譴責。

李淳風見沒有客人，吩咐搖光打烊，突然宋琪倒進隨意樓，李淳風看見宋琪舌頭被人割去，驚覺事態不對。尉遲方走進隨意樓告訴李淳風，此次皇上要攻打摩勒國，但是天雷引起長安城外糧草營焚燒，朝內以傅仁鈞為首的重臣開始大開反戰言論。糧草營外，李淳風和尉遲方來到，李淳風仔細查看線索，然後向老兵于懷打聽詳情，同時發現黑色粉末，推斷死屍不是大火是兇殺。

于懷認出宋琪，三人正在分析案情，鍾馗進來找李淳風，拿出盛著一顆金巧兒頭顱的首飾盒，請李淳風幫忙查出真相。李淳風用七神針救醒宋琪，詢問有關線索，宋琪見自己畫出的畫令人費解，一下子急昏了過去。長安郊外，延昆吩咐士兵準備明早進長安，仔細檢查盟書，不得有差池，而洛布卻與黑衣人神秘交談。狄烈國傳令官正在沉沉睡著，洛布和黑衣人潛入，黑衣人一伸手，將傳令官頭頸擰斷。

李淳風找馬周分析出金巧兒被人拿重金去引出宋琪，事後被滅口，道出幕後黑手不是一般人，而且還是朝廷有內奸同狄烈國內外勾結，目標是要行刺李元帥，破壞朝廷對摩勒國用兵。沙陀傳令官趁遞盟書之際，欲刺殺李靖，這時李淳風與紅拂女趕到保護李靖，李淳風說出有人要破壞此次和談，不料神秘黑衣人出現欲暗殺延昆失敗逃走，李淳風立刻策馬追趕神秘黑衣人。

李淳風意識到李世民有危險和尉遲方一起逃獄，遇到了前來營救的拂雲郡主。郡主帶李淳風闖到祭台，李淳風射箭引燃祭祀大鼎，爆炸後留下巨坑。郡主府大門，聖旨來到，命令郡主前往阿史那部完婚，郡主帶劍起身離開，小鈺知道事情不妙，趕奔隨意樓。郡主逼延昆使出殺招，然後飛出長劍，肉身迎刃，延昆收刀不及，這時候一個人影擋在郡主面前挺身擋刀，正是李淳風，李淳風低語一陣，郡主聽後痛哭不已。