沐昕夜會李素希，雪兒尾隨而至，與武當山弟子衝突。沐昕與雪兒相見，雪兒將與沐昕之前定親的信物還給沐昕。沐昕以難言之隱為由將雪兒帶入密室並將她困在密室當中。（六百年後）大學課堂上，樊畢非正在講解武當山的歷史。林如亦和沐天亮因為車位起爭執。沐天亮多次蹺課被樊畢非批評。林如亦帶資料見樊畢非教授，同時沐天亮帶禮物前來討好老師但是被拒絕。天亮對如亦很有好感，後發現如亦竟是代課老師。

天亮帶亦如遊玩武當山 ，向其介紹武當大山名川，在途中兩人頻頻鬥嘴。途徑太子坡時遇到沐天亮的兒時玩伴劉菲菲（狒狒）沐天亮向如亦誇耀自家小店，並提及有一鎮店之寶讓如亦開開眼界。在如亦的要求下，沐天亮從鎖著的櫃子裡取出了玉佩，如亦驚喜地發現這便是自己那半塊玉佩的另外一半。晚間，如亦拿出半塊玉佩，反復觀看把玩，而門鈴的響聲打斷了她的沉思。是傑克來探聽他的口風…

五龍宮上山小路兇險極多，如亦不小心滑落，沐天亮趕緊拉住她的手，自己卻被衝擊力帶著也滑下去。經歷過這次生死，如亦對沐天亮有新的認識，她對沐天亮有了依戀的感覺。來到五龍宮廢墟一帶，卻不料白天偌大的工地卻毫無一人。這正中沐天亮下懷，他利用互通的兩口井向如亦深情表白，如亦頗為感動。

武當山上，李素希以朱雪兒被放走之事加上天一殺錦衣衛，斥責天一。天一下山之時，拜訪了老朋友邋遢道人。邋遢道人用自己的方式給了天一一些指點，讓天一不太明所以然，但似有所悟。下山之時，天一放眼武當，一種難言的情緒湧上心頭。均州府衙，幾名神秘人深夜來訪，知州陸斌一臉不高興，待對方亮明身份後，陸斌即刻變得恭謹起來，來人乃是奉有永樂帝密旨遍行天下尋訪張三豐的胡寅的副手祝祥。

在官兵追擊天一之時，沐昕將陸斌屍首劫走葬之。雪兒與天一來到陸斌被葬之處，沐昕再勸雪兒不要去京城。兩人數言不和，雪兒告訴沐昕從今往後你做你的駙馬，我走我的江湖，再要見面，恐怕不是你死就是我活了。目送雪兒消失在暗夜裡，沐昕悵然若失。李素希出見胡寅，胡寅說要找一個山下殺害他手下兩位錦衣衛的元兇，幾番理論後，正待入觀搜尋，忽有中官（太監）齎旨而至，傳李素希進京陛見。胡寅見此，連連向李道長賠不是，喪氣而走。

天一表明要跟隨雪兒，保護其安全。雪兒拒絕，在天一執意的情況下，雪兒拔出利劍刺向天一…此舉驚得天一睜開眼醒來，原來只是一場夢。但環顧周圍，雪兒已不在身邊了，天一決定去找尋雪兒蹤跡，在尋找雪兒途中無意間發現師父給他的解危錦囊，告訴他讓他在危難迷茫之際時可以去投靠沐昕。天一來到南京城見到沐昕，表明追隨之意，本以為沐昕會為難自己一番，不料沐昕並無此意，就這樣天一脫下道裝，做了沐昕手下的常隨。

永樂皇上秘密召見湘王，湘王自稱因死而悟道，從此看透了世間因果。皇上問起武當山種種情形，湘王更加大賣玄機，出言不遜。皇上徵詢臣下如何處置湘王，眾皆曰殺，胡寅獨持異議。常寧公主與沐昕大婚，洞房之夜，前來侍奉的雪兒平靜的外表下越發思緒翻湧，兒時青梅竹馬倆小無猜的經典時刻頻頻閃回。隔窗而侍的雪兒再也無法忍受這種折磨，拿出玉佩折斷後，躲到無人處黯然神傷，這一幕被天一所見。

駙馬府裡，漢王趁著雪兒上茶的機會，密問其駙馬府昨日狀況，雪兒回答無任何異樣。正說著話，下人告訴漢王皇后病危，聽此消息漢王急辭而去。公主傳話回來，要在宮裡陪侍母后，暫不回府了，並要雪兒帶上公主的常用物品去宮裡伺候，雪兒隨太監去了皇宮，雪兒在皇宮途中遇見了正要去探望皇后病情的皇上，刺殺皇上的事情再次湧上心頭。皇后殯天的消息如期而來，沐昕入宮弔唁並安慰悲痛欲絕的常寧公主。

雪兒端起供果盤，直奔堂內而來。雪兒以供壇後的短劍，直刺永樂皇上要害，千鈞一髮之際，公主縱身撲上，擋在皇上面前，一聲慘叫之後，雪兒神情一怔，外面的沐昕亦已聞聲而入，雪兒遺恨無窮，但也只有趁著眾侍衛一心衛護皇上之機，以宮女身份逃跑。不料又被一錦衣衛識破，雪兒力戰侍衛，負傷而走此時天一及時出現救出雪兒。耳聽追殺聲漸漸遠去，才鬆得一口氣，不料又被一眾錦衣衛包圍，咬牙死戰，力漸不支，得以沐昕解救。

天一以氣功為雪兒療傷，一面跋山涉水，雖然艱苦之極，天一卻不以為苦，只是雪兒的傷勢越來越重。終於來到均州地界，天一又意外地遇到了民夫打扮的師弟，師弟告訴他，武當山早幾天便被官軍秘密地包圍了。皇上遇刺之事，已經天下皆知。師弟向天一轉達師命，叫他不要上山，天一急了，見狀師弟告訴他五龍峰北麓的懸崖有一條為採藥而備的棧道，但是此道極為難走，天一執意帶著朱雪兒沿密道上了武當山，一路背著朱雪兒幾次險些跌落懸崖。

天一在包紮傷口時，與師父商討下步做如何打算。李素希一語道破其中的利害關係：「人家不是衝你和雪兒來的，而是另有所圖…」祝祥回到營地之後，對胡寅的退卻嘴上不說，心裡不以為意，胡寅看出其心思，深夜徹談。次日早上，李素希帶著天一和雪兒離開五龍宮，行至御風台，以九天應元雷聲吟誦《玉樞經》，聲傳八百里，情繫武當山，以此之法引來了大師兄之徒。

雪兒瞭解了沐昕的全部真相，陷入深深自責之中，雖然白天與皇兄有說有笑，可到了晚上一人獨處時，便完全變了一個樣子。天一看在眼裡，卻無以為助。胡寅見李素希，說到皇陵刺案，龍顏震怒。李素希表示正在武當山各道場籌辦一場全山大法會，為皇上祈福，為天下蒼生祈福，也為武當山祈福，希望胡大人的擔憂不會成為現實。胡寅碰了個軟釘子，忿悶下山。

冷婆婆與雪兒從屋裡出來，婆婆衝藥師伯大發牢騷，說你枉有神醫之名，我徒兒的傷怎麼給你越看越糟了。師伯欲辯解，又從雪兒眼神裡讀到什麼…建文帝問雪兒為何不跟他走，雪兒找個理由搪塞，建文帝亦不深究，只說切莫莽撞行事，遇事可多與天一商量，此人對你一心不二，是個可以託付性命之人。雙方依依惜別。大批香客進山，其中混入不少錦衣衛及官軍秘探，也有不少建文帝的支持者，兩方磨擦不斷。

火堆前，三人精疲力竭，饑寒交迫，坐下來分吃東西。如亦把僅剩的食物給傑克吃，自己和沐天亮分吃一個蘋果，沐天亮沉默著不接受。如亦想解釋什麼，但又無從說起。沐天亮告訴如亦和傑克，如是有人曾居於此，肯定山壁上有插火把的燈槽。他們沿著山壁找到了燈槽。火把插進燈槽，這才看清了周圍環境。進一步探尋時，傑克被一個殘方碑絆倒，方碑上刻著一幅畫，青龍圖案，半把劍。下面的文字已經看不清楚了。傑克異常興奮地研究著。傑克欲找開背包拿出包裡的探測儀，卻被如亦用手按下，這一細節被蹲在對面的沐天亮看到。

雪兒因誤殺常寧無顏見沐昕，兩人都心知此生已無緣，各懷心事分離。漢王將雪兒押進皇宮交給皇帝發落，皇帝決定親自審問雪兒。皇帝嚴斥漢王並將他趕去藩地，漢王心生憤懣遷怒沐昕。皇帝審問雪兒，雪兒直斥皇帝是亂臣賊子亂殺無辜，皇帝讓雪兒與母后相見，雪兒母女久別重逢潸然淚下。皇帝召見沐昕，告訴他已抓捕到誤殺常寧的刺客，皇帝對處置雪兒一事有所顧慮，下旨讓沐昕再去審問雪兒並讓沐昕廢去雪兒的武功。

張三豐出現責問湘王為何對同門遽下殺手湘王笑嘻嘻應答。天一旁觀師祖與湘王言行，越看越糊塗。皇帝召見孫碧雲論道，孫碧雲為他解釋真武大帝的由來，皇帝對此有所領悟並派孫碧雲回武當山。皇帝無法釋懷朱允炆之事，一方面派沐昕前往武當山，另一方面下旨讓漢王帶一萬精兵圍剿武當山。沐昕與天一見面，說明皇帝派兵圍剿武當山一事，天一心繫雪兒安危出口相問，但沐昕搖頭以答。

天一出宮遭阻攔，得湘王相助出宮，二人火速趕往武當山。皇帝因天一闖宮門，對雪兒母女大發雷霆並將她們打入冷宮。漢王帶兵到達武當山與胡寅會合。武當山眾弟子對兵臨山下議論紛紛，掌門李素希出言安慰。漢王與張信、胡寅因討論圍山一事而意見不合，孫碧雲和沐昕中途進帳調停。沐昕夜會李素希討論圍山之事，漢王對沐昕跟武當的關係起疑。孫碧雲相勸李素希不要為朱允炆而將武當眾人推入險境，並勸李素希下山見漢王。

藥師伯突然出現，擊退祝祥眾人。祝祥回軍營向漢王彙報太極高人阻攔的情況。漢王向李素希詢問太極高人之事，放李素希回山並相約第二日到武當山進行比武大會互相切磋武藝。漢王向沐昕透露比武背後的計策，沐昕不動聲色但心中也已有數。天一夜探軍營見沐昕，沐昕透露漢王的情況提醒天一小心漢王奸計。第二日比武大會召開在即，眾觀掌門齊聚，天一向眾掌門曉以大義，武當眾人士氣高昂迎戰。

藥師伯以一敵二，誤中對方邪門幻術不能自拔，李素希緊要關頭出手相助，此局藥師伯戰敗，漢王大悅。天一回到比武會場，李素希迎戰幻影雙煞，技高一籌，幻影雙煞敗北。胡寅帶人攻入武當山並大開殺戒，湘王出面周旋。漢王旗下武林高手招招欲取李素希性命，冷婆婆突然出現出手相助，斥責漢王手下不顧武林道義。天色已晚，漢王與李素希相約第二日再行比試，帶人下山回營。

孫碧雲向皇帝彙報跟李素希相談的結果，仍然無法消除皇帝的疑心，孫碧雲相求皇帝能否對武當和李素希網開一面卻遭到皇帝拒絕。師祖讓天一吊在懸崖的樹上來提點天一，希望天一能有所領悟，但是天一仍然不懂師祖的用意，心存疑惑。冷婆婆夜探軍營見沐昕，被懷疑是刺客，皇帝被驚動後龍顏大怒。軍營遍查刺客不獲後，因軍中盛傳攻打武當觸怒真武大帝的謠言導致皇帝越加震怒。皇帝摒退眾人，與漢王、沐昕商量圍剿武當的計謀。

漢王手下武林高手、冷婆婆、湘王、李素希、藥師伯都相繼出場，雙方高手僵持不下。湘王打鬥中，屢次言語侮辱皇帝和漢王，漢王惱羞成怒，派祝祥制止湘王，但不敵湘王，祝祥身受重傷。正在雙方僵持之時天一現身擂臺。天一因得師祖和湘王指導，武功突飛猛進，因為天一加入，勝負立分，漢王的眾高手慘敗。沐昕奉旨帶兵上山阻止雙方大動干戈，漢王卻勢必要拿住天一，天一無奈，出手挾持漢王並要求覲見皇帝。

天一向皇帝、南素大師等人講解武當的武功和道法真諦，但是南素仍要求以武會友，天一接受比武的要求，雙方開始比鬥，兩人勢均力敵天一與皇帝協商，以廢去自己的武功和勸說朱允炆放下過去為條件讓皇帝退兵，皇帝接受條件。天一當場自廢武功，皇帝亦大為所動，並承諾軍營後撤十里並給天一十日的期限去勸說朱允炆。天一回山祭拜湘王，感觸良多，潸然淚下，火燒湘王居所以祭湘王。天一與沐昕會合，沐昕帶天一進入山洞。

皇帝在軍中召見李素希，李素希試圖以道法化解皇帝的心結，勸皇帝以天下百姓為重。武當山中，天一昏睡多日，病情好轉甦醒。見武當眾弟子勤練真武劍陣，整裝待發，天一繼續試圖勸說朱允炆，但是朱允炆決心已定，絲毫不為所動，並告知天一，沐昕已帶軍令下山。張三豐現身朱棣軍營，與朱棣下棋論道。藥師伯阻攔沐昕去路，試圖開解沐昕，放棄與朱允炆復辟，沐昕仍不願動搖復辟的決心。

武當山上，朱允炆因雪兒畫卷內容，悲戚萬分，但是仍為心結所惑。冷婆婆見朱允炆如此矛盾神傷，向朱允炆坦言自己有太祖朱元璋臨終留的遺詔。（六百年後）林如亦和沐天亮發現六百年前建文帝藏身之處，如亦因父親的多年研究有了結果而興奮萬分，龐天龍帶著樊畢非和傑克隨後進洞，龐天龍執著於建文帝留下的財寶，催促樊畢非解讀建文帝留在石上的訊息。

雪兒現身道觀與天一相見，天一開口請求雪兒留在自己身邊，雪兒婉言拒絕，坦言今生無法再愛沐昕以外的人並與天一道別。朱棣履行對朱允炆的承諾，開始了北建故宮南修武當的浩大工程。若干年後，皇家道場修繕完畢。沐昕、朱允炆一同登上武當山的金頂，在金頂之上沐昕坦言已放下所有心結，跟朱允炆談論之前的種種，並決定放下雪兒。最終朱允炆坐化於武當山上，冷婆婆陪葬。