努爾哈赤一統建州五部，其表面歸順大明，實則暗中厲兵秣馬壯大勢力，為了實現其圖謀中原的野心，努爾哈赤決定舉行比武大會。武當弟子耿京士與愛妻何玉燕為逃避婚約隱居於遼東，不想卻被武當長老無極尋到，勸說其二人回家，郭璞告知耿京士努爾哈赤即將舉辦比武大會而且賞金頗豐，翌日，耿京士直奔比武大會。

三關過後除耿京士外，所剩英雄已寥寥無幾。眼看賞金即將到手，努爾哈赤卻突然宣佈，得賞金者必須做他的金鼎武士，眾人皆被迫投降，耿京士卻拒不屈服。一翻惡戰，耿京士獨力難支，此時無極剛好趕到。二人力戰眾敵，無極被黑衣人打傷，二人即刻飛身逃走。無極回客棧後告知耿京士他是被武當無極掌所傷，這讓他預感到武當內部可能有奸細。

耿京士為了躲避追殺只能帶著玉燕沿小路逃回武當。耿京士遙想當年私奔時的情景反覆思量覺得應該先去跟師傅認罪，便連夜動身去了何其武家。當晚，耿京士回到久別的家中，卻發現師傅已經被人謀害，這一幕剛好被管家何亮看到，誤以為是耿京士殺害了何其武，何亮將這一切告訴了戈振軍，戈振軍於破廟前質問耿京士。二人搏命之際何玉燕誕下一子，趁著耿京士分心之際戈振軍一劍將耿京士殺死，面對這一切的何玉燕已經生無所戀，她毅然的決定追隨耿京士而去。

此時的藍玉京已經長大成人，他與姐姐藍水靈共赴土家族的女兒會。女兒會是土家族男女對歌相親的集會，在集會上藍水靈第一次見到了讓他心動的東方亮，二人彼此矚目卻又裝作漠不關心，而玉京則結識了與他一樣調皮搗蛋的鄭巧兒。十多年的時間無相一直希望能夠破解無極之死及何家滅門的懸案，眼看玉京即將成年此事卻還一直沒有頭緒。為了給此事做個了斷，無相囑託弟子不戒下山將耿京士與何玉燕的屍骨併入何家祖墳。

不戒來到神農鎮，依照無相的囑託正在挖墳的時候。卻遇上了唐門門主唐二與那個當年殺害何其武的黑衣人，不戒中了那黑衣人的無極掌。武當山上鼓聲陣陣打破了這裡的清淨，眾人聽到鼓聲均是頭疼不已，原來屢戰屢敗的東方亮又來挑戰武當了，這個人應該算得上是名副其實的劍癡，而他的劍術卻隨著挑戰一次次飛速成長。逃到山上的藍玉京和同樣逃出爺爺控制的鄭巧兒又湊到了一起。

玉京懷疑是不是義父傳授的劍法有問題，同時他也感覺到了自己身世的離奇，這一切都讓藍玉京越發心煩，為了能讓這個武當山上的大王開心起來，鄭巧兒將話叉開，她向藍玉京打聽武當貢果榔梅。為了向巧兒彰顯自己的威風，玉京設下計謀騙開了看守園子的道士，帶著巧兒大搖大擺的進了榔梅園。

兩顆紅丸送到無相的手裡，他讓不戒先吃了一顆紅丸，為了能有十足的把握，牟一羽勸無相也服下一顆，此時，服下紅丸的不戒突然口噴鮮血一命嗚呼，此時無相發現，他所服下的紅丸掉包加入了斷腸草。如果此時運功療毒無相尚有一線希望，可為了救活玉京，無相毅然選擇放棄自己。

藍玉京在無相爺爺的親自教導下，功夫長進神速，這讓老無相看在眼裡喜在心頭。為了安全，無相要讓這個孩子儘快下山，他必須做出最後的決斷，這一天，他在紫霄宮做出了將“將藍玉京逐出武當”的決定……也就在這一天，無相掌門把渾然不知的藍玉京叫到了面前，這裡只有無相和聾啞爺爺，無相命藍玉京和聾啞爺爺比劍。

玉京來尋不岐，卻被唐二抓住，二人行至不岐住處卻聽到屋內常五娘與不岐的談話，玉京得知自己身世，更知道自己的劍法果然是不岐動了手腳，玉京百感交集內火攻心引發紅丸之力攪亂經脈再次暈了過去。不岐得知玉京知曉了真相心中忐忑。夜裡不岐反覆思量終於下定決心想要了結玉京之時，黑衣人突然出現救走了玉京。

不岐跟隨無量出來，原來無量是來拉攏不岐，他利用不岐的弱點希望不岐幫他當上武當的新掌門。為了幫不岐擺脫窘境，無量假扮黑衣人殺死了藍玉京的養父母。玉京打開了無相留給他的信，信中囑咐他參悟三句話，心如止水，逆流而上，道法自然，玉京此時心中也大致明白了無相的心意，他決定按照掌門的吩咐，去少林寺醫治自己的內傷，並查探自己真正的身世。

正在此時牟滄浪帶領錦衣衛手持聖旨，以雷霆之勢逼迫武當門人屈服，實則牟滄浪是想借朝廷之威達成自己稱霸武林的夢想。牟滄浪控制了整個武當山，得到武當不傳之秘的時候終於來了，牟滄浪找到無相，要他交出無刃古劍和武當秘笈，無相最終以內力焚毀了秘笈，並飛身跳下武當山。

常五娘與唐二期望能從藏經閣內找些秘笈卻遇到了前來搜尋秘笈的鄭巧兒與藍水靈。一翻爭鬥後，雖然找到秘笈卻被唐二與常五娘奪走，唐二為了將秘笈據為己有更是準備一把火燒了藏經閣。鄭巧兒的到來為藍玉京帶來了武當的壞消息，這讓藍玉京心境大亂，他不顧一切地想要回武當，卻被東方亮阻攔，為了能夠保護藍玉京的安全，東方亮和他相約，如果玉京能夠打敗自己，便和他一起回武當。

終有一天藍玉京竟然擊敗了東方亮，原來是巧兒將自己從藏經閣帶出的七十二路奪命劍法送給了玉京，所以玉京才能打敗東方亮。就在他們練劍推演的一路上，一直有一個姑娘在暗中偷偷地看著他們，默默地追隨著他們。東方亮趕到白海城，卻半路遇到了劫持藍水靈的牟一羽，東方亮尾隨牟一羽才得知原來為了得到武功秘笈。東方亮趁夜偷襲希望救得水靈，未曾想有人卻從中搗亂，原來是她的表妹西門燕來了。

藍水靈本不想捲入這二人的事情，卻被西門燕當做情敵擄走。西門燕臨走還告訴東方亮，要想救人就回昆侖山完婚。東方亮深知這表妹表面強硬蠻狠，心底卻是善良，於是便收拾行裝準備拿回打鬥時被牟一羽搶走的劍譜。鄭巧兒和藍玉京日行夜宿，不一日，他們來到了少室山下，在少室山下，藍玉京突然發現了深知自己身世的常五娘，不覺尋跡找去，從常五娘那裡玉京得知自己的父親竟然是個金國的奸細，竟一時急火攻心，失足跌下山崖，鄭巧兒伸手去救卻也被拉了下去。

玉京背著巧兒來到了一個可以存身的山洞，藍玉京匆匆奔出洞外去找材草，當他再次回到山洞時，卻發現一條巨大的莽蛇正向巧兒逼近，情急之下的藍玉京不顧一切地衝了過去，用嘴將莽蛇咬死，怕牠不死，硬是喝乾了蛇血。吃下蛇肉的鄭巧兒很快便醒來了，他們無意間發現了一道石門，石門旁有個小洞大小形狀與武當令牌極為相似，在鄭巧兒的點拔下，他們很快便打開了石門，這裡就是三豐洞。他們不但從水中發現了純陽心法總綱，還發現了張真人當年修純陽心法的物象導圖。

藍玉京、鄭巧兒和東方亮被少林僧人擋在門外，唯一不一樣的是這次本無親自出迎，卻在他頭上連擊三下命他自去，聰明的藍玉京悟出其中道理，決定三更時分從後山入寺，果然如同藍玉京的猜想，本無大師已等在那裡多時，藍玉京遞上無相手書，知道玉京來意的本無大師，決定幫助這個孩子完成心願。此時，鄭鐵崗將耿京士及其母親何玉燕當年之事向藍玉京講了一遍，為了還父母一個清白，藍玉京在本無大師的安排下見到了慧可。

玉京面對圓通，原來這是要試探一下玉京的劍法，第二關則是苦憚方丈，這關主要是想試探一下玉京內功，玉京只守不攻，正應了無相的那句“執著”才使他得以過關，第三關等著他的竟是本無大師，說是比試其實這是藉機根除玉京內傷，比試結束，玉京不但內傷痊癒並且武功還精進了不少。下山時鄭鐵崗將無相託付與他的無刃古劍與武當秘笈一併交給了玉京，並告訴他父母並非奸細而是堂堂的武當弟子，這讓玉京的內心平靜了不少。

離開少室山，經慧可點撥，玉京才知道，要找七星劍客郭東來，必須要先拿到七星劍，而七星劍此刻就在西門夫人手中。此去昆侖山的還有另外三個人，那就是唐二和常五娘和神秘的黑衣人了，這次，黑衣人另有目的，他要和昆侖宮的西門夫人之間做一個了結，唐二擄來了當年西門牧的手下陸志成，黑衣人讓陸志成去挑撥斷魂谷和昆侖宮之間的關係。西門燕與藍水靈終於到了昆侖山地界，這一路的交談中藍水靈漸漸瞭解的西門燕，二人漸漸成為了朋友。

陸志成路上巧遇玉京巧兒與慧可三人，心中默默記下。東方亮與牟一羽坐在客棧裡休息，這時斷魂谷的人前來找人，原來陸志成之前所說的高手遲遲沒有出現，陸志成無計可施只能騙他們說玉京巧兒慧可三人便是昆侖山請來的高手，牟一羽與東方亮聽到此人竟然知道玉京的下落，便出手救了陸志成。西門燕回到昆侖宮，他把一路上的境遇告訴了西門夫人，西門夫人江湖閱歷豐富，從行為中便知道這不是斷魂谷乃是陸志成的詭計，此時水靈以武當派內亂的事情為由想要離開，卻被西門夫人阻止。

牟一羽為了得到武功心法決定下藥，讓東方亮用劍法逼迫玉京演練，東方亮自己下入地牢和藍玉京比劍，借機記下劍譜，日日比劍卻讓藍玉京鄭巧兒和慧可起了疑心，他們認定，這個比劍之人，肯定是東方亮，為了一探究經，慧可和藍玉京計較，決定使計拆穿東方亮，並借機逃出地牢。昆侖山上有人密報，東方亮出現在斷魂谷，從這密報之中藍水靈猜出這幾人定是玉京和巧兒一行人，當下便要和西門燕去救人。

西門燕與藍水靈半路遇到斷魂谷的人才知其中深有誤會，待他們去到斷魂谷之時谷內早已被陸志成的人佔領，雙方一場混戰，班副寨主負傷自入地牢救出眾人，牟一羽見大勢已去，只好帶著自己的人逃出斷魂谷，陸志成因事情敗露被黑衣蒙面人殺死。藍玉京一行要見西門夫人被拒，但西門夫人還是送出話來，“欲找郭東來，須取七星劍”，她說七星劍並不在昆侖宮，而是在昆侖派聖地“死亡谷”，藍玉京報仇心切，他決定獨闖死亡谷，取出七星劍。

死亡谷內十分兇險，為了專心取劍，藍玉京決定自己進谷，誰知鄭巧兒聞言，自己竟率先進了死亡谷，無臉面對好友的東方亮，為了幫助玉京成功取出七星劍，他選擇在暗中幫助著他們。牟一羽向昆侖宮下手了，此時的昆侖宮幾無可用之人，好在昆侖宮機關了得才使來勢兇猛的牟一羽受阻，牟一羽被困山中進退不得，這時，黑衣蒙面人再次出現，他提出了如果得手，他只要西門夫人的要求，牟一羽對此十分不解，如今自己進退不得，見這位前輩功夫了得當下答應。

西門夫人帶著慧可出現在黑衣蒙面人的面前，黑衣蒙面人告訴西門夫人，原來牟一羽竟然是牟滄浪和西門夫人的孩子，關鍵時刻慧出手救出一羽，卻慘死在黑衣人的掌下。死亡谷內，藍玉京和鄭巧兒正在經歷著一場生與死的考驗，他們走過滿是岩漿流出的山洞，他們在致幻花毒中掙扎，他們終於在東方亮的幫助下，他們終於找到了冰山劍柱，面對被冰封的七星劍，他們合力用內功煉化堅冰將劍取出。

牟一羽剃去了鬍子，他告訴母親，以前自己是牟滄浪的兒子，現在自己要做娘的兒子，這讓西門夫人十分欣慰。九死一生歸來的藍玉京他們來到了山下，受到了西門夫人的熱情接待，但是讓他們失望的是，七星劍客郭東來的下落仍然不知所蹤，只知道他在遼東，鄭巧兒有個主意，那就是帶著七星劍去往遼東招搖過市，引郭東來自己出現，這個主意得到了大家讚賞，要分手了，藍水靈也要離去，東方亮很不放心，決定親自將她送回老家神農架。

玉京及巧兒隨著商人蘇老伯一路北行，在黑虎鎮，他們遇到了薩滿呼圖安格格，在她的指點下找到了耿京士和何玉燕住過的小屋，他們找到了當年母親留下的小衣，睹物思人，看到眼前這一切，他發誓，定要為父母報仇雪恨。當玉京返回客棧，那個女薩滿竟然刺殺了同行的商人蘇老伯，好險玉京及時出手救下了蘇老伯，這讓蘇老伯十分感激，當他知道他們是來尋找郭東來時，便決定幫助他們一同尋找。在藍水靈的細心照料下，東方亮死裡逃生。這生死的相伴讓二人孕育出了美好的愛情。

赫圖阿拉的繁榮讓藍玉京和鄭巧兒十分驚訝，他們在集市中穿行，突然，一陣鑼聲傳來，原來，不遠處，正在進行一場比武賽事，原本只是為了看熱鬧的玉京在女真武士的強逼下被迫出手，玉京一出手便贏得百姓一片呵彩。在蘇老伯的帶領下，他們遊歷了赫圖阿拉，強行徵兵的場面讓藍玉京喜悅的心情變的十分沉重，玉京的見解雖然和這位蘇老伯截然不同，但是，蘇老伯面對這對心底純淨的孩子，決定帶著藍玉京和鄭巧兒到兵營看看。

蘇老伯幫助玉京和巧兒將新兵全部放了出去，他將這一百多號新兵帶到野外，讓他們在林中暫避，說自己天黑之後定會將他們平安送回家裡，藍玉京見大事已成，便離開蘇老伯回到赫圖阿拉。尋找郭東來如大海撈針，藍玉京突發奇想，他手持七星劍自稱是玉面小藍龍並在臉上勾畫出一副關外常見的兇相，似圖以此，讓郭東來自己尋上門來，這一招還真的管用，他們雖然沒有招來郭東來，卻將遠在關外的鄭鐵崗引到身邊。

玉京與鄭鐵崗商議加入努爾哈赤的淩雪閣，藉著吃霸王餐的機會要求加入淩雪閣，在閣主的介紹下，一切都進行的很順利。經歷了千山萬水之後，東方亮陪著藍水靈終於回到了闊別多年的家，為了生計，藍水靈決定賣掉自己的首飾，東方亮也拿出了自己的佩劍，可一位老者卻偏偏看上了那個古怪的鐵條，那是弟弟入遼東時讓藍水靈暫為保管的東西。這位宋先生就是遠近聞名的博物學者，他為藍水靈和東方亮講述鐵條的來歷，並說這是上古之物，天外來客。

劍經過宋老前輩的多次試驗終於被鑄造出來，並按照道家經義“一生萬物”為此劍取名“一劍”，東方亮肯求將此劍暫放在此，並說，到時定會有武當弟子前來迎取。耿玉京很快做了努爾哈赤的金鼎衛士，可他卻使終無法一睹努爾哈赤的真容，翌日有人刺殺努爾哈赤，玉京藉機衝入大帳救下了努爾哈赤，玉京竟吃驚地發現，努爾哈赤原來就是那個商人蘇老伯。

鄭鐵崗無論如何也沒有想到玉京會倒戈一方，而玉京也因為不能得到理解而心情沉重。一個瘋老頭的出現徹底地改變了一切，原來，這個瘋癲老人正是失蹤多年的東方曉，東方曉時而清醒時而糊塗。受努爾哈赤密差，玉京很快發現，暗殺努爾哈赤的人竟和詹王府有關，就在這時，突然有人偷襲，這個人正是當年救耿京士的呼圖安格格，他向玉京講述了十八年前他父母離開遼的經過。

鄭鐵崗得知玉京擒住熊廷弼後很是懊惱，在他的叮囑下玉京去見了這位抗金英雄，他的句句話就像錘子一樣敲擊在玉京的心頭，他決定和爺爺一起救出熊大人，丐幫弟子在鄭鐵崗的指揮下，把熊大人救了出來。清醒的東方曉建了一個練劍的冰洞，他斥責兒子偷懶，為了讓東方亮重新拿起寶劍，東方曉在兒子眼前棄劍跳下懸崖，東方亮悲痛欲絕，他再一次拿起可恨的寶劍，為了離開藍水靈，為了那該死的天下第一，東方亮決絕地推開了自己心愛的女人。

牟一羽要到京城去查一查父親和朝廷聯手的事，一但查清楚便去武當勸說父親回頭。為此，他來向母親辭行，西門燕聽說哥哥要下山，纏著非去不可，就這樣，兄妹倆辭過西門夫人向著京城而來。藍水靈面對著頭髮日益變白的東方亮不知該如何是好，東方亮對她的態度也越發冷淡，水靈不明白為什麼東方亮一下子會變成這樣。京城元華觀內牟一羽和西門燕發現武當的藥材被大量的運來京城，而接收的人竟然是錦衣衛，而押運藥材的卻是武當派的無量長老與不岐道人。

牟一羽與西門燕找到了魏忠賢的藏身之處，不料卻暴露了身份，這更加激怒了魏忠賢，他下令絞殺反賊，錦衣衛很快便圍住了鄭鐵崗、玉京等人藏身之處，鄭鐵崗帶著負傷的玉京殺出重圍，鄭巧兒帶著熊廷弼卻被許顯純圍住，熊廷弼被抓，而巧兒卻被許顯純打死。玉京聽說巧兒遇難急火攻心昏死了過去，牟一羽與西門燕雖然救了玉京的人但卻救不了玉京的心。

自從聽說鄭巧兒遇難，玉京急火攻心，一時失語，玉京完全進入一個瘋癲狀態，他跑到大街上，因錯認了人被人痛打，這讓鄭鐵崗、牟一羽、西門燕心如刀攪無計可施。這天，不岐被人追殺，西門燕出手相救，回來之後鄭鐵崗檢查卻發現不岐的身上雖然傷口眾多，卻都是皮外傷，玉京聽說西門燕救了義父匆匆而來，不岐面對此時的玉京，他終於鼓起勇氣承認了自己當年殺害耿京士的事情，並誠心向玉京道歉，面對義父的坦然玉京選擇了原諒他。

無量與許顯純二人合力將玉京打倒，在無量一掌準備了結玉京之時，不岐突然想起了何玉燕對他的囑託，他飛身替玉京擋下致命一掌，幾人帶著不岐逃出，不日不岐便撒手人寰。某天竟然有一個叫宋平的錦衣衛主動來找鄭鐵崗，宋平告訴鄭鐵崗，郭璞早在七年前已經故去，他此來的目的是希望鄭鐵崗等人能夠救出熊廷弼，他願做內應，鄭鐵崗急忙去尋玉京，不想玉京意志消沉借酒澆愁，鄭鐵崗告訴玉京他肩負著武當的未來，可玉京卻沉浸在失去愛人、親人的痛苦中不能自拔。

死而復生的巧兒讓玉京驚喜萬分，也讓他在這個紛亂的世界中再次找到了心靈的依靠，二人決定相依為命結為連理。為了替爺爺報仇，玉京決定刺殺魏忠賢，郭璞將他帶到了魏忠賢的新窩點，他提醒玉京，就算你殺死了魏忠賢還會有其他的人取而代之，玉京在刺殺魏忠賢的一瞬間改變了主意，他一刀削下魏忠賢的一塊頭皮以做警示……魏忠賢惱羞成怒，武當之人讓他無法再做事不管，他以掌門之位拉攏無量，剿滅武當派，誅殺牟滄浪。

遼東淩雪閣的高手已經進入武當山，無量與錦衣衛也即將到達，面對強敵玉京決定先去神農架尋姐姐水靈，回到神農架他才得知原來水靈被牟滄浪抓住，東方亮不知去向，而此時土家族山寨內土司少爺為了搭救水靈正在組織人手，玉京等人非常感動。武當山易守難攻，強敵想要上山談何容易，此時巧兒說出山中暗道，但需無刃古劍開啟。東方亮在宋老前輩的醫治下不但恢復如初武功更是精進不少，宋應星將鑄造好的古劍交給東方亮，東方亮再上武當山卻遇到了巧兒，巧兒告訴他無刃古劍的玄機，東方亮決定上山開啟暗道。

東方亮進入密道終於領悟了武當的最高劍法，並且開啟了暗道迎巧兒與眾土家族戰士上山，玉京尋到解藥分與眾人，武當弟子個個摩拳擦掌準備一雪前恥，決一死戰。玉京和東方亮上了金頂，此時金頂佈滿炸藥，炮聲隆隆，金鼎和安奈不住內心的激動，將三十年的佈局一股腦的全盤托出，原來所有這一切都是他的陰謀。此時黑衣人摘下面具，原來那個對玉京疼愛有加的聾啞爺爺便是這一切的罪孽的根源。

原來這黑衣人便是小五義中的老二霹靂掌王慧聞。面對家仇國恨，玉京再難兒女情長，雙方一場惡戰，王慧聞見此情景飛身逃走。紫霄宮前，玉京與東方亮皆用盡生平所學決戰一場，最後一劍之時，玉京雖有機會擊敗東方亮卻故意讓了一招，天下第一劍，東方亮瘋了，他實現了人生目標的同時他也失去了人生的希望。武當事畢，玉京決定去關外尋找王慧聞做個了斷。