宋慈屢破奇案，成為提點刑獄司。慈帶同兩位懷有身孕的妻子到湖南上任，途中破了一宗命案，竟令兩位妻子葬身火海。慈傷痛，辭官歸隱，途中遇上暴風雨。縣捕快展傑在沙灘發現奄奄一息的慈，將他運到鄒子龍負責看守的義莊。替死人化妝的紙紮舖太子女阮玉珠與龍返義莊，見慈拿著菜刀走向一懷孕女屍，以為慈對女屍有不軌企圖，原來慈只為女屍接生。珠有一好姊妹楊丹鳳，其母香姑號稱可請鬼，慈欲與亡妻訴衷情，終因無錢而被拒。曾對慈有一包之恩的牛嫂被控謀殺親夫，慈替她伸冤，驗屍期間，珠誤中有毒的針而昏迷。

慈隱瞞為牛哥驗屍一事，並不斷給龍提示，令他找出牛死因。珠將辛苦儲來的錢去購買燕窩補身，慈為救被米袋壓傷的小朋友而推跌珠，令珠的燕窩被搶走。慈見珠母病重，遂留下來幫手打理紙紮舖生意。慈到妓院收數，見一妓女與嫖客吵架，眾人以為是狐狸精作怪。鳳與其母遂找龍扮狐狸精上身，以取得在妓院驅妖的生意。事後鳳作弄龍，龍氣極帶慈去揭開客人發狂真相，龍與鳳更雙雙中毒。慈與珠為女屍秀化妝，慈推斷出秀不是自殺且懷有身孕，但其父母不信。

珠到衙門欲擊鼓為女屍伸冤，為秀父溫員外阻止，糾纏間驚動傑，溫反指珠意圖勒索。珠、慈與溫對簿公堂，慈舉出疑點，統統被駁回，慈突然頭痛，累珠及他被打。慈臨急提出要剖秀屍，果證實秀有身孕，並舉證說不是自殺而是被謀殺。傑等捕快四出找尋秀所失的玉珮，竟發現龍曾將秀玉珮押給當舖，再加上樵夫對龍不利的證據，龍成為殺秀的嫌疑犯。龍提出不在場證據，說曾見鳳，鳳卻說未見過。傑四出找尋龍曾碰見的美貌拿扇少女，傑終找到阮玉寶，證明樵夫講大話，龍無罪釋放。寶母何淑蘭與珠在衙門前爭執。

龍向慈講出珠與寶關係，珠指其母被蘭陷害。鳳到溫府打齋，見溫夫人面青唇白說：「救我！」，溫砌詞說妻憶女成狂。傑請慈再查秀案，卻得知溫員外私取秀屍，慈等要溫員外交還屍體。慈搬出「驗屍法則」，成功取回秀屍。慈從秀背上找到傷痕，再得悉秀本不是姓溫，決到溫府一趟。慈在溫員外書房中找到與秀傷痕吻合的武器，殺秀的真兇終於被捕。珠與人爭執，慈指珠不應擺出兇惡樣，更以自己慘事勉勵珠。慈怕珠對自己殷勤，答應捕頭展堅之邀，做其忤作。慈第一件差事要檢驗一斷腳女屍。龍欲親近寶而到酒樓打工，被蘭拒，當得知寶會見紀大人，心生一計。

龍在等候寶時見慈經過，這時寶與蘭突然被幪面人襲擊，幸龍拚死相救，慈則在巷中遇見幪面人。又一女子被割頸及斬腳而死，慈驗屍斷定兇手是廚師，遂找全縣廚師查證，但無所獲。龍從慈的物件中找到當歸及紅鞋，認定慈是兇手，時慈推斷出誰是兇手，龍打暈慈去通知傑。兇手要置慈與珠於死地……龍在寶面前吹噓捉兇手經過。寶知義莊多異鄉客屍，假仁假義說要搞齋宴起義塚，得鄉紳讚揚。慈突暈倒，診斷出腦有瘀血，需要梅花神針救之，村民籌錢給慈上路找神針傳人郡馬爺夏侯國棟，棟亦束手無策。珠知粥店老闆陳明乃神針傳人，求明救慈，終打動他。

慈終醒來，明勸慈不要放棄生命。棟得知慈無礙，猜到誰懂得神針。棟揭穿明本是太醫，因落葯太重令驍騎大將軍死亡而成逃犯。慈決為明洗冤，偷偷開棺驗屍，少將軍馬伯豪與棟突出現，慈與龍被捉。慈被逼公開身分，眾不信，豪答允給慈五日時間讓他的驗屍守則手稿送到衙門作印證。慈奇怪棟為何阻止翻案，眾感事件另有別情。傑與堅在驛站遇上送手稿兵士，搶去手稿趕到衙門。明正要為慈落針醫病時，棟率眾到獄中捉明往處斬，幸手稿至，慈冒頭痛寫字以證身分。紫霞郡主至，堅稱慈乃假冒，幸送稿兵士原來是十皇爺，慈身分得到證實，明終可翻案，但明突然認罪。

慈在驗將軍屍時發現有芒釘留在屍身，推斷有人插贓嫁禍明，真兇終繩之以法。就在處斬時，霞帶同紫龍袍往救之，狂風吹起龍袍，真兇最後難逃天譴。慈留在松山縣擔任提點刑獄司，珠為替慈取回其妻的玉珮而與寶衝突，鳳更間接令寶面部受傷。寶告上衙門，鳳被逼入獄三日候判。慈指自己心如止水，叫珠不必對自己太好。寶著龍引見慈，並歸還玉珮，慈代鳳向寶求情。公堂上，寶要求鳳賠償一百兩。齋宴上鳳提出以賣頭髮籌賠償金，慈帶頭捐錢及富翁關萬福支持，鳳終可賠償寶。關府發生侍婢跌落井命案，慈調查證實關夫人誣衊侍婢偷珠釵，侍婢看不開尋死。

傑母呂氏欲撮合珠與傑，令傑不自然。妓女如夢替鳳解圍，令鳳不被嫖客留難，傑看在眼裏，覺夢有情有義。寶落選秀女選舉，龍以為寶欲跳崖輕生，連忙阻止。寶叫龍拜慈為師，學習驗屍技巧。龍在眾人前拜慈為師，慈初拒，後要求如有命案龍就要在慈面前驗屍。龍第一次驗屍不但遲到，更破壞現場證據及錯漏百出，慈拒絕收龍為徒，寶得知即嫌棄龍。寶遇福，福被其天使面孔吸引。呂向龍打探珠的過去，慈在旁大讚珠，龍質問慈為何要撮合傑與珠。鳳欲開食店但苦無資本，得夢相助。寶為錢決嫁給福為平妻，更在龍面前撒謊說為父還債，龍苦勸無效更被打傷。

龍在鳳前自責未能幫寶，鳳以自己兒時慘況激勵龍。夢見兩女孩行乞，更信她們被拐子佬利用，夢將女孩事告知眾捕快，眾笑夢愚蠢，惟獨傑相信，傑知夢身世非常同情，二人互生好感。呂與嫻欲撮合傑與珠，二人皆感不自然。珠得知傑與夢交往，決為二人掩飾。慈在珠前讚傑，珠故意贊同 激慈。珠、夢跟蹤女孩，被拐子佬捉個正著，二女被綁架，匪徒向國色天香樓勒索，慈、傑等大為緊張，布下天羅地網活捉綁匪，綁匪逃脫並捉了鳳。龍錯手打死綁匪，夢、珠下落不明，眾尋不獲，慈不吃不休意圖從匪屍找出二女藏身點，終找到線索。

一商人失蹤，慈與眾捕快推斷他已死，但遍尋屍體不獲。龍從生爐火悟出尋屍方法，珠、鳳在慈面前大讚龍。原來慈有心讓龍大顯身手，龍便可拜自己為師，二人終成為師徒。鳳對珠說自己會與屬龍的男子配成一對，後得知龍也屬龍，芳心暗喜。龍不小心將重要證物繩結扔掉，徬徨間見珠奮不顧身為自己找繩結，感動。慈要龍和珠重組案件，當龍抱著珠竟有異樣感覺。傑與夢逛街時，夢遭嫖客調戲，傑看不過眼與嫖客大打出手，堅知道二人交往，大力反對。傑決要為夢贖身，但苦無銀兩。龍向珠表白，珠詫異並以為龍開玩笑。

珠向鳳提起龍向自己表白，並表示會嘗試與龍發展。慈要龍穿上特厚棉衣試跌落樓以驗證死者死因，龍跌傷，珠細心照顧，慈、鳳感不是味兒。傑與夢欲私奔，被鴇母傲雪姨和堅阻止，夢只好嘆句「有緣無份」。珠替龍補習驗屍個案外，更要龍儲錢為二人未來打算。夢曾借一百兩給一客人莫振聲做生意，聲賺大錢後要為夢贖身，夢無奈，只想傑為自己贖身。慈與珠同幫助乞兒婆，婆稱二人有緣並送各一蝴蝶結。傑單思夢成病，呂說出夢會跟聲離開松山縣。傑往找夢，夢說從未愛過傑，後經不起傑哀求，夢坦言不想毀傑前程。晚，夢一覺醒來，竟發現聲死在身旁。

夢作供時，堅處處針對，傑代夢反駁堅，堅更當眾說懷疑傑是兇手，幸慈、龍作為傑人證。曾與聲爭夢的袁日川，指堅為子公報私仇，堅震怒。鳳要看飛星，龍邀珠同行，但珠反對，龍一人看飛星遇鳳。珠得知龍為看星未能完成驗屍報告，當街罵他。龍吃鳳所煮的燕窩粥後肚瀉，珠認為龍講大話，鳳為證龍沒有說謊而吃下粥，果真肚瀉。明設法醫好傑怕血腥的死症，終令傑克服困難。珠不見蝴蝶結，大為緊張，慈看在眼裏，竟將蝴蝶結送給龍。明發現聲送給鳳與珠的是假燕窩，通知慈。龍推斷聲的血混合動物血，而堅也找到兇器，兇器竟由夢的絲巾包著。

夢被收監待審，慈終證實聲身上的血為豬血混人血，鳳說出聲被殺當晚粥舖後巷少了豬血，眾人遂在後巷找尋證據，果然，在牆上找到血戒指印，慈終查出誰是兇手。兇手見衙差找尋自己，慌忙逃脫，傑不怕血腥生擒兇手。經此案後，堅與傑的關係似有改善。龍難得放假，竟跑到賭坊而忘記修髮剃面，鳳請纓幫龍，二人獨對時，龍竟有心動感覺，問鳳他應否與珠一起，鳳默然趕走龍，其後龍還鳳耳環，情不自禁擁著鳳。珠與慈談起與龍一起仿如湊仔，慈安慰她。慈驗屍時，因心情好跟龍開了一個玩笑。苦力朱順墮崖而死，眾推斷應從其美艷妻子李玉貞著手調查。

慈巧計終找到殺順的兇手，就是其妻的姦夫。龍慨嘆順與貞不相襯，結合才引致這宗情殺案。龍偷偷以字條約鳳見面，字條竟一先一後被慈及珠看過。鳳與龍見面，鳳堅持不可有負珠，寧與龍一刀兩斷，對話被慈、珠聽見。珠質問龍，龍坦言喜歡了鳳，珠往找鳳，竟表示沒有因她奪了龍而生氣，反卻鬆一口氣。龍與鳳終名正言順成為一對。媒人婆為珠做媒，竟當面指珠不嫁傻子便無人可嫁，珠與她大吵一頓，並怨自己為何一定要嫁，慈見狀好言相慰。龍終於通過仵作考核試，與此同時，已嫁入關家的寶重返松山縣更遇上龍，更送他一平安符，此舉令龍心如鹿撞。

寶在觀音廟遇關夫人李氏，遭李奚落，龍看不過眼代寶出頭，李反說寶勾三搭四，寶假裝默默承受，龍多謝寶當日提點自己拜師。夢往找福請他捐錢建慈幼局，福一口答應借出大屋，夢與寶往看大屋，遇上工匠喪命，慈、龍往驗屍，龍得以在寶面前表現自己。方州爆發瘟疫，慈奉命與明前往調查，慈一走即發生命案，福死，龍往驗屍，認為福死於馬上風，但李堅持要等慈回來再驗屍。慈、明到方州，與經略使高雲軒大人入疫區，終找出引發瘟疫原因，慈與高惺惺相惜。傑發現寶丫環曾買波斯香料「依蘭依蘭」與「到手香」，覺寶可疑。

龍隱瞞鳳曾見寶，鳳問龍為何欺騙自己。慈在研究香料時，珠突至，並受香料影響質問慈為何不肯承認喜歡自己，二人親吻。傑與明至，竟說弄錯了香料，明說二人姻緣乃天意安排。慈利用蝴蝶結及玉珮測試二人的緣份。珠見寶與一男子擁抱，寶一時情急弄傷珠臉。慈欲向珠表白時，珠失血過多暈倒，慈抱珠跑了四條街找明醫治。明說珠會毀容，慈答應娶珠，珠認為慈同情自己，拒絕。慈懷疑寶與福的弟弟關萬安有染，安排鳳、夢試探二人。慈為珠上山澗找藥治臉傷，不慎跌落山洞及被蛇咬，珠緊張，原來一切乃明安排試二人感情。

寶提出分家，李大力反對，其後李驗出有喜，寶與安覺得分家一事更難實行，寶心生一計。寶約龍把酒談心，鳳從香口中得悉，感不是味兒。未幾，龍飲醉暈倒。另邊廂，李在觀音廟被燒死，鳳路過廟時，見一熟悉背影後即見廟大火。鳳說見過寶在廟出現，但龍則力證寶與自己一起喝醉酒。安見寶與龍談得投契，感妒忌。慈以狗做實驗，試出波斯香料加上「益多散」會令人死亡，慈認為寶殺夫嫌疑大。安救險被調戲的夢，夢請安回家吃飯，並說要燃點寶給的香料及她送來的牛，安以為寶加害自己，往找寶理論。二人奸計終揭破。

龍對慈、傑等瞞著自己查寶感氣憤，發誓不出人頭地不回來。蘭與珠父阮丞昌請嫻、珠救寶，不果，蘭發難。寶終處斬，嫻每晚夢見寶，被嚇至吐血。珠與慈決定成親，瘋癲的蘭詛咒二人會死。明往醫嫻時見蘭來到，蘭自言自語說送禮給嫻。紙紮舖大火，兩神秘人抬出明與嫻，明死，嫻用最後一口氣送鴛鴦枕給珠。慈替明、嫻驗屍，發現明有骨折及曾被鞭屍，嫻則沒有，指兇手目標是明。珠在舖中找到兩副棺材，認為是蘭所為。珠遇見蘭，欲帶她到衙門，二人追逐至郊外，珠失去蘭蹤影，巧遇孫婆婆，孫拉她下山而受傷，孫更替珠摸骨，指她會有災劫。

蘭死，珠頓成為嫌疑犯。慈為蘭驗屍時發現她死前曾被姦污。高到松山縣，向慈引見龍，龍被高提拔為司理，龍替明驗屍傷時發現屍身被塗上櫸樹汁，做成被打的傷痕，慈再三表明沒有塗樹汁，以洗去珠殺人嫌疑，高提議慈不用處理這宗命案。珠向慈說出曾遇孫，但二人往找她時，卻不見其蹤影。龍一改過往性格變得冷漠，更冷指傑沒有替珠驗打鬥傷痕，對鳳亦不講往日情。龍帶人到鳳家，找出珠在孫家所穿的衣服，驗證下發現血跡，珠被收監。慈推測整件事有幕後人策劃，其後慈在紙紮舖調查時遇刺客，手部受傷……

慈往見霞並告之明已死，霞淡然說出到松山縣只為棟的死忌。慈約見龍，指明三人之死皆由龍離開後發生，更說龍是敵人的棋子，龍心內不舒服，反駁慈只想打擊他的自信心。夢義賣福祿壽餅為孤兒籌款，堅見她的熱心終放下成見。七叔在鳳粥鋪找香辟邪，說見過蘭死前與珠在紫竹林出現，鳳通知慈。此時，高的手下丁副將收到消息，聯同堅等往牛頭山找七叔，慈卻比丁早找到七叔屍體。傑在紫竹林搜索時遇上珠，又發現珠的削竹刀及竹筒。公堂上龍指慈幫珠殺蘭，更指他殺害七叔，幸慈有豪作不在場證人，珠旋即被收監。

慈、傑偷入停屍間替明驗屍，被龍捉個正著，連累傑被停職。鳳問龍為何指證珠是兇手，龍表白最想與鳳分享現時成就時，竟迷暈她與自己成其好事。珠在獄中受盡酷刑，仍不肯承認殺蘭。慈說若龍可替珠翻案，自己便退出官場。龍再驗明屍後聲稱有新證據，要求高代為引見霞。龍以此跟霞交易，龍要做提點刑獄司，霞則要慈頸上人頭。慈應龍之約，龍聲稱與慈並肩作戰，二人終找到沾有毒液的銀針及裝有毒液的竹筒。公堂上，龍指殺七叔的兇器有慈指模，慈竟早料他有此一著。龍恐嚇鳳如不與自己合作出賣珠，她與母香姑便有危險，鳳猶豫。

鳳替十皇爺傳達口訊約慈在渡頭見面。另一邊廂，黑衣人血洗監牢帶走珠，將珠帶到渡頭並把劍塞給慈，時高至，說慈劫獄殺人。公堂上，慈找來鳳證明十皇爺約見自己，但鳳反口，慈、珠對鳳的變臉感心痛，二人被判處斬。慈與珠欲在獄中拜堂，被霞阻止。處斬當日，十皇爺與豪劫法場，不果。當龍獻上慈人頭給霞之後，即傳來凡與慈有接觸的皆會中毒。霞與龍雙雙中毒，此時慈、珠出現……。霞在臨吃解藥前忽然發難，以刀刺慈，珠為救慈而擋了一刀，生命危在旦夕，慈以為自己天煞孤星之命會剋死珠，毅然離開，莫非慈真的要孤獨終老？