昔日有一妖狐作祟，此狐有九尾，狐動其尾其山崩落、海嘯起，百姓不堪其擾，召集村中所有忍者，其中有一忍者奮力對抗將妖狐封印，最後也力盡而亡。

木葉丸是第三代火影的孫子，為了證明自己的實力，並擺脫火影孫兒的名號，木葉丸無時無刻都在計劃著如何打敗自己的爺爺，好讓大家認同他的實力。

鳴人一直都很喜歡小櫻、只可惜小櫻心目中的對象是佐助，而不是鳴人。鳴人為了一親芳澤，決定利用分身之術先困住佐助，再變化成佐助去接近小櫻…。

卡卡西擔任鳴人他們那一組的上忍老師，雖然一開始就上了鳴人的當，不過接下來鳴人就沒有好日子過了，除非他們三個人能拿到卡卡西身上的兩個鈴鐺，否則就不能吃午餐。

剛開始由於鳴人他們的各別行動，使得卡卡西說出要他們放棄當忍者的判斷，經過卡卡西的一番訓誡之後，鳴人他們才懂得團隊精神的重要性…。

鳴人他們終於開始執行正式的任務，只不過首次出任務，竟然是為了去抓一隻走失的寵物貓，鳴人為此極為不平衡，後來在他的極力爭取之下，總算接到了Ｃ級的任務…

在達茲納全盤托出之後，卡卡西終於明白這次任務決不是件輕鬆的差事，就在他們剛踏上波之國的領土不久後，馬上遇到一名壯漢擋路，他就是桃地再不斬。

沒想到連卡卡西老師都中了再不斬的詭計，眼看著再不斬已掌控大局，卡卡西只好命令鳴人他們趕緊逃命，佐助卻說什麼也不肯逃，硬是上陣挑釁。

在鳴人跟佐助的賣力演出之下，卡卡西終於脫困了，卡卡西脫困之後，馬上讓鳴人他們見識到寫輪眼的厲害，更驚人的是沒多久之後就用再不斬的招式打敗了再不斬。

卡卡西老師躺了一個星期後終於清醒了，不過隨之而來的，則是再不斬可能還活著的事實，雖然如此卡卡西還是找機會替鳴人他們上了一課。

鳴人跟佐助仍然繼續進行爬樹的修練，而小櫻則是負責保護達茲納的安全，達茲納決定把波之國之所以變得這麼貧窮的原因告訴鳴人他們，但是這麼一來就得從伊那利的繼父－凱沙說起。

好勝心強的鳴人，為了讓自己更加成長茁壯，不斷地進行修練，甚至連夜晚也不放過，而佐助當然也不遑多讓，兩個人都成長了不少。

再不斬與白出現之後，佐助立刻鎖定白迎戰。而鳴人則是在樹森中發現異狀，也因此救了伊那利與津奈美。然而佐助與白立刻陷入了激戰。

雖然鳴人即時出現，但是在卡卡西他們看來，鳴人就只有礙的事份，反而讓他們陷入更深的危機當中。

陷入困鏡的佐助雖然多了鳴人這個幫手，但結果卻是兩人同時陷入困境，而卡卡西雖然想擔心，卻也因為顧及達茲納的安危而動彈不得。

雖然鳴人加入佐助與白的戰鬥，但是並沒有讓情況有好轉的跡象，反而讓佐助必須犧牲自己來掩護鳴人，以為佐助為了自己而死的鳴人憤怒至極。

當憤怒到達頂點的鳴人發現，白就是他在樹林中遇到的美少年時，便下不了手殺死白，而白也在此時回憶起自己不堪回首的往事…。

白為了感激再不斬的收留之恩，甘心為再不斬砍斷所有的感情，甚至連命都可以不要，因為白認定自己只是再不斬的工具，當工具不再是工具時，就已失去存在的價值。

白為了救再不斬，而死在卡卡西的手裡，雖然再不斬仍然視白為忍者的工具，鳴人也為此替白抱屈，然而實際上再不斬心中也是悲痛萬分。

鳴人他們回到木葉忍者村之後，幾乎每天都是執行一些莫名其妙的任務，才覺得無聊的時候，就在路到遇到從別的忍者村過來，想找鳴人跟木葉丸他們麻煩的下忍。

由於卡卡西等人的推薦使得包括鳴人等九個下忍，都有資格參加晉升中忍的考試，但是這次考試充滿詭譎多變的氣氛，除了參試者中龍蛇雜處之外，連不放心的伊魯卡老師也化身為雨忍。

李洛克為了向小櫻示愛，決定向佐助下挑戰書，而自覺受到冷落的鳴人則是立刻向李洛克單挑，但沒兩下就被打敗，接著輪到佐助上場，沒想到佐助的命運居然跟鳴人一樣。

在卡卡西的推薦之下鳴人、佐助、小櫻都在自願的情況下參加晉級中忍的考試，沒想到考試都還沒正式開始，一場實力相爭的角力戰已經悄悄的在檯面下展開了。

才進入考場，主考官便開始宣佈考試內容與規則，而且考題之難連佐助都得靠寫輪眼作弊才行，更不過說是鳴人，但主考官也明示，作弊超過五次被發現的人就當場淘汰...

原來伊比喜是木葉忍者村裡的暗部，擅長拷問與盤問，施加身心壓力更是他的專長，這也難怪鳴人會在考試中備受煎熬。

在火影的同意下，木葉丸開始了中忍第二場考試前的採訪活動，在木葉丸他們採訪的同時，也一起介紹了從第一集開始到現在所出現過的人物與忍術。

在第二場考試的主考官御手洗忍者公佈完考試規則之後，大家都心知肚明，這是一場不是你死就是我活的考驗，除了自己的隊友之外，四周圍的人都有可能是敵人。

才剛解決掉一個想搶卷軸的忍者，又馬上冒出一個草忍來，不但把鳴人吞進巨蟒的肚子裡，還利用殺氣讓佐助跟小櫻動也不能動，還好佐助用刺傷自己的方式，克服恐懼，也救了小櫻。

面對前所未有的強敵，著實讓佐助亂了方寸，在草忍的強力攻勢之下，讓佐助做出交出卷軸的決定，卻因為鳴人的不認同而跟草忍鬥了起來。

眼看著鳴人在奮力戰鬥之後敗在草忍手中，而佐助仍然因為害怕而裹足不前，小櫻再也忍不住，破口大罵佐助是膽小鬼，此舉著實讓佐助清醒了不少。

當佐助跟鳴人都倒下的時候，小櫻只能獨自肩負起保護他們的責任，但是怎麼說她都不是三個意之忍者的對手，就在小櫻陷入險境的同時，剛好被小李發現。

眼看著連小李都不是音之忍者的對手時，小櫻瞬時下定決心，因為此刻除了她，沒有人可以保護鳴人他們了，為了奮力一搏，小櫻不惜把為了佐助而留了多年的長髮斬斷。

在井野小組出現替小櫻他們護航之後，剛開始的確展現出驚人的氣勢，但是面對為了求勝連自己的隊友都敢殺的人，井野他們似乎也是一籌莫展。

犬塚牙的忍犬赤丸察覺到驚人的查克拉後，便害怕得躲在牙的身上，這是前所未有的情況，雖然牙一行人還是決定前往查探情況，沒想到竟然因此目睹我愛羅手刃三名雨忍的驚人慘狀。

第二場考試進行到了第四天，鳴人他們這組還是沒有把卷軸湊齊，而鳴人跟小櫻還差點因為好奇心想打開卷軸來看，還好再打開前被兜給阻止了。

面對朧所施展的幻術分身，鳴人毫無畏懼的以影分身應戰，除了分身之外，甚至還用分身扮演了兜、小櫻跟佐助…。

進入到塔內的鳴人等三人，打開卷軸後出現的人，竟然是他們昔日的老師伊魯卡...

聽完第三代火影的說明之後，大家總算瞭解這次中忍選拔考試的真面含意...

佐助受困於脖子上的傷痕而無法施展全力，只能在對戰中讓鎧佔盡上風...

當卡卡西自以為已經把佐助脖子上的咒印封印的時候，大蛇丸出現了，雖然卡卡西打算與大蛇丸同歸於盡，但最後還是沒辦法如願...

在勘九郎解決了劍美澄之後，緊接著登場的是小櫻跟井野，這對過去曾經是好朋友的女忍者，將會如何面對這場比賽...

小櫻跟井野的戰鬥，纏鬥了十分鐘還分不出勝負，井野為了求勝還使出了心轉身之術。

雖在天天在跟手鞠的對戰中，採取主動的攻勢，但最後還是難逃失敗的命運。

鳴人終於要上場了，對手是犬塚牙，其實大家並不看好鳴人會嬴。

牙為了打敗鳴人使出混身解數，但是就算牙佔上風，鳴人也怎麼樣就是不認輸。

雖然犬塚牙要雛田若遭遇到寧次就馬上棄權，寧次也正式開打前勸雛田棄權…

雖然雛田屈居下風也不可能是寧次的對手，卻因為想改變自己的想法與不想在鳴人面前出醜的信念…

第九回合的比賽終於輪到小李跟我愛羅上場，剛開始堪九郎跟手鞠都不看好小李，而其他人也覺得小李似乎沒辦法打到我愛羅…

眼看著小李就要輸掉這場比賽，但是在阿凱的同意之下，小李使出了體術中被禁止的奧義，其威力之驚力令在場觀戰的人都為之傻眼…

原本以為被小李打敗的我愛羅，沒想到又再次復活，因為表蓮華而力氣用盡的小李，因此敗在我愛羅的砂縛柩之下…

預選賽結束後，卡卡西馬上去看佐助的現況，剛好遇到想暗殺佐助的兜，卡卡西雖然阻止了兜傷害佐助，卻讓他給逃走了。

卡卡西雖然婉拒鳴人的要求，還是替他物色了一位指導老師－惠比斯，但是鳴人對惠比斯相當不以為然…

自來也是個不折不扣的老色鬼，因此也鬧出不少笑話。雖然如此，鳴人還是從自來也身上學到了不少東西。

當鳴人在進行修練之時，大蛇丸的邪惡計劃也在手下的推動之下，不間斷的進行中，而得知兜就是內奸的疾風竟成了犧牲者…

小櫻帶花想去探望住院佐助卻遇到受重傷的小李，看著他強忍疼痛繼續修練，實在不了解男生為什麼總是愛逞強。

為了幫助鳴人能隨心所欲的控制體內的兩股查克拉，自來也打算用比較激烈的手段來達成目的，就是利用死亡的威脅…

在自來也的激勵之下，鳴人終於喚醒了內在的九尾查克拉，沒想到也因此把蟾蜍老大給召喚出來…

想盡辦法馴服蟾蜍老大的鳴人，因此住進醫院，沒想到卻和我愛羅對上了…

正式的選拔終於要開始了，但是一開始就面對日向寧次這位強敵，的確給鳴人造成了不小的壓力…

正式選拔仍然如期舉行，隨即展開的淘汰賽，是鳴人與寧次的對戰，不被看好的鳴人，一開始即有令人刮目相看的表現…

鳴人使出混身解數應戰，甚至還出拳擊中寧次，而寧次則是運用另一種絕對的防禦，擋住了鳴人的攻擊，並且更進一步地予以反擊…

於寧次封鎖了鳴人的64個穴道，佔盡了絕對優勢，也因此讓鳴人陷入苦戰，然而這種完全使不出查克拉的感覺，也喚醒了鳴人跟隨自來也修練時的記憶…

比賽即將開始，卻始終沒看到佐助的蹤影，本來第三代火影打算宣佈佐助棄權，卻在風影的極力爭取下，改為將佐助和我愛羅的比賽延後…

一開始鹿丸的表現並不出色，但是後來則是漸入佳境，甚至還帶動起整個現場的氣氛，只不過令人料想不到的，就是鹿丸竟然在要嬴得比賽的同時，宣佈棄權。

期待已久的壓軸好戲－佐助對我愛羅，就在等候時間就要結束時，佐助終於出現了。但是，此時的我愛羅也顯露出非比尋常的表情…

受大家矚目的佐助與我愛羅的壓軸戰終於開打，雖然佐助一開始就以飛快的體術技驚全場，但是面對異於常人的我愛羅，佐助到底該如何因應？

佐助竟使出卡卡西的獨創招式一千鳥，也就是雷切，也因此讓重未受過傷的我愛羅受傷，然而大蛇丸的手下也在此時下達了計劃啟始的暗號…

隨著比賽告一段落，大蛇丸的瓦解木葉計劃也就此展開，雖然音與砂忍者村都已在事前做好準備，但卻因為我愛羅的暴走，使得砂忍者村無法動用最後王牌…

鳴人與鹿丸在小櫻解開幻術後，在卡卡西簡單地交待下，立刻前往執行首次的Ａ級任務。他們即將面臨的是前所未有的全新考驗！

接下了卡卡西交辦的任務後，鳴人等三人和小狗帕克隨即展開追蹤佐助的Ａ級任務，沒想到察覺到此事的兜，也派出了九名音忍追擊…

面對了大蛇丸用穢土轉生召喚來的第一代與第二代火影，第三代展現出寶刀未老的氣勢，也因此讓暗部隊長們目睹了一場精采地火影級的忍術大戰。

當第三代火影看到眼前的大蛇丸，不禁回想起過去那段放大蛇丸一條生路的回憶，雖然悔不當初，但是火影也下定決心，要從大蛇丸手中保護木葉忍者村…

為了從大蛇丸的手中保護木葉忍者村，第三代火影不惜施展必須用生命交換的忍術，眼看似乎快被限制的大蛇丸竟還能施展忍術，猿飛到底該如何因應呢？

我愛羅此時已變身成怪物，眼看沒什麼勝算的佐助，本打算等待志乃過來支援時，再做了結。然而志乃雖然是技高一籌，但是卻也因為中毒而不支倒地。

變身後的我愛羅，似乎有再生能力似的，就算佐助施展千鳥確實地給我愛羅痛擊，但卻都只是暫時性的傷害，被激怒的我愛羅則是打算給佐助最後一擊。

我愛羅雖然變身成怪物，卻也因為不穩定的情緒，讓他不斷地回想起過去種種的片段，尤其當想起令他痛不欲生的就是一起長大的夜叉丸…

在我愛羅的回憶中，一直都是孤單的一個人，即使是自己最相信的夜叉丸，其實也是對自己懷恨在心，這個打擊更讓我愛羅陷入了孤單的深淵…

危急之中，鳴人回想起從前白曾經說過的話，因此表現出前所未有的修煉成果，另一方面我愛羅也變身成為完全體，精采的戰鬥就此展開！

第三代火影為了從大蛇丸的手中保護木葉忍者村，選擇用自己的生命與死神交換，最後雖然沒辦法取大蛇丸的性命，還是用盡全力封印住大蛇丸的雙手…

鳴人用盡全力終於打敗我愛羅，也順利救出小櫻，此外，木葉忍者村在辦完了第三代火影的喪禮之後，大家強忍住悲傷，振作起精神繼續為從建木葉忍者村而努力…

離鄉多年的鼬，在濃濃的晨霧中和鬼鮫一起回到木葉忍者村，阿斯瑪和紅沒多久就追到鼬與鬼鮫，只不過鼬與鬼鮫的實力實在超乎阿斯瑪和紅的想像…

在寫輪眼對寫輪眼的衝擊之下，還是擁有正統血繼限界的鼬，功力佔上風。眼看到卡卡西就快被鼬折磨得不成人形時，還好阿凱及時出現…

鼬利用自來也的弱點，使出美人計引誘他，讓鳴人落單好下手。然而佐助在無意之中得知鼬已回來的事實，便火速趕往鳴人與自來也落腳的市集…

鼬支開自來也之後，便找上了鳴人，後來就在鬼鮫打算斷掉鳴人一隻腳的時候，佐助出現了，往日不堪回首的那斷記憶，也在此時一一甦醒…

雖然佐助用盡了全力，仍然不是鼬的對手，一直到後自來也眼看著佐助快被折磨得不成人形時，終於使出至今尚無人能破解的忍術…

自來也和鳴人把佐助託付給阿凱之後，便正式踏上尋找綱手的旅程，雖然自來也並不認為可以馬上找到綱手，不過卻答應鳴人會在旅行的途中指導鳴人修練…

自來也很快地就開始指導鳴人修練，一開始要鳴人從弄破水球，等成功之後才會再繼續第二階段，但是看以簡單的修練，卻讓鳴人花了好久時間…

鳴人通過了第一階段的修練，但還有第二段階等著他去突破，雖然在修練過程中遇到瓶項無法突破，甚至還因此反省過去的種種荒唐行為…

大蛇丸終於找到綱手，也很明日地告知來意，更不避諱將自己親手殺死猿飛的事告訴綱手，雖然如此大蛇丸還是利用誘人的交換條件…

自來也帶著鳴人踏上尋找綱手的旅程，終於劃下句點，因為他們已找到綱手，只不過綱手表明自己沒有擔任火影的意願，甚至還直說只有笨蛋才會當火影…

由於鳴人對綱手接任第五代火影一事非常不服氣，甚至公然挑釁，綱手也坦率地接受鳴人的單挑，甚至還以第一代火影的貴重首飾當賭注…

鳴人為了和綱手的打賭，日以繼夜不斷進行修煉，眼看著打賭的日期就快到了，卻還是沒有將螺旋丸真正練成功…

綱手雖然準時赴約，實際上卻是想殺了大蛇丸，雖然她是那麼地想見到她所愛的兩個男人，但她也了悟到凡是有形的東西都會凋零的道理…

自來也等人及時趕到，剛好替綱手解圍，兩方的對戰一觸即發。大蛇丸和兜挑明了瞧不起自來也和鳴人。

因為鳴人成功地發動了螺旋丸，此舉讓大蛇丸決定要殺了鳴人，沒想到綱手卻用自己的身體保護鳴人，甚至克服了血液恐懼症…

由於鳴人的勇氣與毅力，喚醒了綱手對兩個心愛男人的夢想的記憶，也因此讓綱手為了保護鳴人與木葉忍者村…

在綱手的提議下，大家在回木葉忍者村之前，前往一處溫泉鄉泡溫泉，沒想到竟然在那裡遇到來向綱手討債的人…

手終於回到木葉忍者村，而村子裡的忍者們也都忙著第五代火影的就任事宜，此外，在綱手的治療下，佐助和卡卡西很快地就恢復了。

木葉丸因為無法接受第三代火影爺爺已逝，必須由綱手接任第五代火影的事實而鬧彆扭，鳴人自告奮勇的表明自己可以解決，沒想到吃了閉門羹…

雖然小李是努力型的天才，但是面對身體上的障礙，可能再怎麼努力都不會有結果，後來在阿凱老師的鼓勵之下，終於決定接受綱手的提議進行手術…

鳴人突發奇想，想探索卡卡西面具下的真相，於是邀請小櫻和佐助一起參與，沒想到在追蹤的過程中，遇到三個過去曾和卡卡西有過節的忍者…

在綱手的交待之下，鳴人、小櫻和佐助三人，立刻啟程前往茶之國，執行保護茶之國老大山葵次郎長所推派的參賽者－森乃伊馱天的任務…

鳴人他們接下次郎長委託的任務後，便開始進行保護參加比賽的伊馱天。雖然鳴人他們數次幫助伊馱天，但是對忍者心存戒心的伊馱天，似乎都不怎麼領情…

在鳴人他們的幫助之下，伊馱天終於脫離雨忍們的糾纏抵達岸邊，但沒想到綠青葵早就在岸邊等候伊馱天上岸…。

在鳴人的幫助下伊馱天終於到達折返點，雖然伊馱天也因此重新燃起鬥志，但是葵的阻擋依然存在，即使鳴人和佐助卯足全力，卻仍然不是葵的對手…

眼看著佐助和小櫻跌落到懸崖下的鳴人，決心無論如何都要打敗眼前的葵，即使明知螺旋丸不是雷神之劍的對手，但鳴人仍不氣餒…

佐助回到木葉忍者村之後，在綱手的調養下，病情很快就復原了。此外，鹿丸因為在中忍考試中表現不俗，在綱手的認可下，成為唯一晉升為中忍的考生。

眼看著鳴人和佐助之間的衝突一發不可收拾，還好卡卡西老師即時出手阻止，才沒有釀成無法收拾的後果。

大蛇丸為了得到佐助，一次就派了四名手下前往木葉忍者村，而復仇心強烈的佐助，果然中了大蛇丸的計，決定去找大蛇丸，尋求更強大的力量。

當鋼手得知佐助已離開木葉忍者村後，立刻找鹿丸為首執行將佐助帶回來的任務，並在出發前擬定好如何應付敵人的陣式…。

為了讓佐助的力量增強，音之四忍者在大蛇丸的交待下，製造結界幫助佐助渡過力量增強的過度期，而這段時間木葉忍者村的上忍也剛好發現音忍的蹤跡。

由於鹿丸等人的行跡敗露，使得原以為可以萬無一失的行動，頓時間就被困在對手的忍術陣法裡。

在鹿丸的領軍之下，終於突破次郎坊的土遁結界．土牢堂無，雖然鹿丸立刻做好分工的細節，但是丁次後來卻決定要留下來單獨面對次郎坊。

丁次從小就是個小胖子，也因為動作不夠機靈，常遭到同伴的排擠，但是鹿丸卻觀察到丁次不為人知的優點，也因此成為從小就是好朋友的死黨…。所以即使大家都不看好丁次會是次郎坊的對手，但是鹿丸仍然相信丁次是他最好的夥伴，在鹿丸的影響之下，鳴人、牙、寧次也改變了對丁次和的看法。最後丁次果然不負眾望打敗了次郎坊，但是也面對了吃下紅色藥丸的最大副作用…。

鹿丸一行在急起直追之下，終於追到了鬼童丸一行人，雖然刻意安排了階段性的戰略，卻仍然不是鬼童丸的對手，後來是寧次找到了攻擊竅門，並決定單獨留下來對付鬼童丸。

隨著丁次的落單，為了顧全大局的寧次也決定單獨留下來對付鬼童丸，即使寧次是木葉忍者村下忍中的佼佼者，但面對實力強大的音忍，還是顯得相當吃力。

眼看著寧次就快死在鬼童丸的手中，但是寧次最後還是在瀕死之中，找到對方的弱點，並加以攻擊，而給他這種原動力的人，就是鳴人。

由於大蛇丸已等不及佐助的到來，於是只好先選擇轉生到其他較適當的容器…。鳴人一行人終於順利的把裝佐助的棺材搶回來，只不過左近和多由也，當然不會輕易的放過他們…。

眼看著鹿丸他們就要順利地把佐助帶回去，沒想到牙為了救受困的赤丸，竟然和左近一起跌落山谷…。

隨著君麻呂的出現，鳴人他們的任務也變得沒有他們想像中的那麼順利，雖然暫時奪回了佐助，卻又馬上被君麻呂劫走，鳴人負責將佐助追回，鹿丸則是留下來對多由也。

牙為了救赤丸，使出傷害自己的方式逼出右近，雖然傷了右近，自己也因此身受重傷…。而對面君麻呂的鳴人，則是被眼前這種來沒見過的忍術，逼得不知該如何因應才好…。

雖然鳴人誓言不會讓君麻呂想帶佐助，但是眼看著君麻呂拔出自己的骨頭當作武器，而自己的影分身之術卻發揮不了大作用時，卻也莫可奈何…。

面對君麻呂一籌末展的鳴人，眼看著所有的分身都被打敗，卻還是無法動到君麻呂一根寒毛，更糟的是，佐助已從桶棺裡出來，隨即離開…。

鳴人在小李的協助下，才有辦法前去追獨自跑掉的佐助，而鹿丸則是繼續和多由也對峙，牙則是在身受重傷的情況下，繼續逃亡…。

眼看著就快成為音之忍者們手下敗將的鹿丸他們，就在千鈞一髮之際，砂之忍者的我愛羅、手鞠、勘九郎即時出現，救了鹿丸他們…。

本來是小李對君麻呂的戰鬥，在我愛羅的現身之下，情況頓時轉變，雖然剛開始看起來好像是我愛羅佔上風，然而事實上君麻呂並非等閒之輩。

我愛羅和君麻呂的攻防仍然繼續，就算我愛羅再厲害，查克拉也會有用盡的時刻，就在我愛羅用盡全力將君麻呂埋在地底下的時候，隨口批評了大蛇丸，沒想到因此被激怒的君麻呂。

在鹿丸一行人的戰鬥一一落幕之後，接著就是鳴人要用什麼方法帶佐助回去了，雖然鳴人終於追上了佐助，但是得到一部分大蛇丸力量的佐助，已不是鳴人能應付得了的對手。

面對已得到大蛇丸力量相助的佐助，鳴人似乎有點招架不住，然而鳴人一心想帶佐助回木葉忍者村的心意，也不禁讓佐助想起了對過去那段不堪回首的記憶。

佐助和鳴人之間的對決仍然是佐助佔上風，然而在交手的過程中，過去的回憶卻一幕幕地浮現在佐助面前…。

來佐助當年之所以存活下來的原因，就是因為他也擁有學會萬花筒寫輪眼的天份，佐助為了得到當年哥哥早就已經學會的萬花筒寫輪眼，面對了最好的朋友－鳴人，卻還是狠下心來想取他的性命。

卡卡西出任務回來後，得知綱手派一群菜鳥去追佐助，感到相當不可思議，當下就放下新的任務，追尋兩人下落…

佐助挑明了告訴鳴人自己想擁有更強大的力量，而鳴人則是想把自己視為至親好友的佐助給帶回去，一段得不到共識的對話就此打住。

卡卡西在帕克的帶領下一路狂追…而鳴人和佐助則是彼此打得難分難解，雙方甚至都使出最極致的奧義，想替這場從過去到現在，甚至會延續到未來的戰鬥做最後的註解…

鳴人被送回木葉忍者村治療後，得知除了佐助之外，其他出任務的人都回來了，雖然丁次和寧次身受重傷，但也總算是不幸中的大幸。

小櫻決心自行去尋找佐助的下落，知道小櫻會這麼做的鳴人，當然也不可能坐視不管。於是自來也為了保護鳴人和小櫻，決定向綱手請求，由他帶著他們兩人一起出Ｓ級任務。

自來也以蒐集情報為由，前往煙花柳巷，沒想到卻遇到專門打劫的盜賊，卻也意外得到大蛇丸的相關消息。

鳴人和小櫻為了保護莎莎不遺餘力，後來在自來也的幫助下，終於擊退音之忍者，沒想到後來莎莎竟然背叛鳴人他們，在達成任務後，莎莎也發現自己原來也受騙。

在自來也的帶領下，鳴人和小櫻他們終於進入大蛇丸的宅第裡，沒想到才剛進去不久就得兵分三路，他們也因此各自遇到自己必須克服的陷阱…

小櫻在落單之後，走到了一扇門前，本來想打退堂鼓，卻因為聽到兜的聲音而繼續前進，就在小櫻飽受兜與大蛇丸的威脅，即將面臨死亡的時刻，鳴人及時出現…

眼看著小櫻就要被阿嵐他們給殺了，還好鳴人及時相救，並給小櫻加油打氣，然而眼看著鳴人陷入困境，小櫻卻還是無法幫上忙，小櫻也因為這一連串的事件，悄悄地在心中下定決心…

木葉忍者村裡有一處專門看管重罪犯人的監獄，這次的故事就是從那裡發展出來的。當綱手在調閱過去的檔案時，懷疑當年誘騙鳴人竊取重要卷軸的水木，與大蛇丸之間有非比尋常的關係。

鳴人發現阿斯瑪與紅倒在監獄裡之後，就知道出事了，再加上本來和靜音一起去追擊水木他們的咚咚突然跑回來，表明靜音出事，鳴人於是帶著咚咚立刻出動打算解救靜音…

隨著水木與伊魯卡的交戰，昔日的恩怨情仇也逐一浮現。至於對付風神與雷神兄弟的鳴人，似乎絞盡腦汁也找不出可以對付他們的好辦法…

就在鳴人陷入危機的時候，鹿丸、井野和丁次即時出現，化解了危機。但是，力大無窮的風神雷神兄弟也不是好惹的，還好在鹿丸他們三人合作無間，總算暫時控制住風神雷神…

在鳴人和帕克即時趕到後，將伊魯卡從爆炸後的瓦爍堆中救出，後來水木的未婚妻－小樁要求同行，但伊魯卡不肯答應，於是小樁表示自己一定可以帶他們找到水木…

水木喝下了用大蛇丸的藥方所調配出來的紅色藥水後，變成了力大無窮的怪物，鳴人和伊魯卡老師都不是他的對手。

大蛇丸的相關線索再次斷了線，然而在油女志乃的提議之下，幾乎又露出了一線矚光，也就是尋找相當難得一見的微香蟲。

在志乃的帶領下，鳴人他們仍然持續進行微香蟲的搜尋工作，而志乃、牙和雛田都在搜尋過程中察覺到另外有三個人的存在。

得知雛田已被上水流一族的人擄走之後，鳴人他們也下定決心要把雛田平安救出，同時也堅持保護雛田到底。

經過一番激戰後，由志乃率領的小隊看似已全被上水流一族的人所控制，但後來雛田憑藉著一股不放棄的決心，終於掙脫蜂蠟的束縛…

酢醬草金山是川之國內少數的礦山村落，卻因為黑鍬家族的強行介入，使得整個村莊變了個樣，帶頭者的雷牙，喜歡以葬送生者的方式懲罰村民，六助等人為了向木葉忍者村求援，不惜長途跋涉來到目的地。

六助一心想救被活埋的夥伴，於是擅自離開鳴人他們，卻因此被黑鍬家族逮捕，雷牙為了報負六助偷跑，更決定替他舉辦一場葬禮…

在雷牙和蘭丸的合作無間之下，寧次的白眼幾乎無用勇之地，還因此讓鳴人和小李他們的攻擊撲了個空，後來甚至都被雷牙的雷電之牙電到暈死過去…

鳴人們在大家通力合作之下終於擊敗雷牙，但是面對頓失依靠而且死意甚堅的蘭丸，卻也不知該如何是好，後來在了解蘭丸那段不堪回首的過去之後，總算有點釋懷…

雷牙因為蘭丸的犧牲而甦醒過來，誤以為蘭丸已死的雷牙於是決定向鳴人他們討回公道。

雷牙在蘭丸的幫助之下起死回生後，在雷擊的助力下功力更勝一籌，陸續打敗了鳴人他們，而山椒婆婆則是打算用生命的咖哩為鳴人他們加油打氣…

綱手決定派鳴人等擔任忍者學校野外求生活動的小組長，帶領學員完成模擬的任務，為了搶第一，鳴人不惜帶領組員們通行危險的路徑…

鳴人他們在綱手的指派下，出發前往石之國緝捕一名偷走茶之國諸侯名壺的小偷－五寸釘，本以為只是小事一樁，沒想到在抵達石之國後，才發現此行的任務並沒有想像中的容易…

鳴人他們得知漣漪的身世後，還是決定繼續逮捕五寸釘，而漣漪則是帶傷和鳴人他們競爭，經過一番纏鬥竟然讓同是獎金獵人的月給漁翁得利…

木葉忍者村某日有一對自稱是來自超菁英份子忍者村的男子潛入，竟然還喬裝成遠行出任務的阿凱與小李的模樣，經卡卡西發現後向綱手報告，綱手於是決定藉此機會惡整兩人…

地處的偏闢的鳥之國，因為飽受在夜裡出現的詛咒武士的困擾，諸侯兒時好友隻身前來木葉忍者村求助，綱手雖然不怎麼願意接受這個酬勞微薄的託委，卻也因為道義也勉強接下…

就在寧次懷疑策士．紅明可能就是這起詛咒武士的幕後黑手，沒想到就在湖畔邊看到鷺的同時，出現了刺客要刺殺鷺…

詛咒武士出沒的傳聞與鷺大人的暗殺事件，隨著紅明的招供而告一段落，但寧次他們也因為事情進行得太過順利，而懷疑事有蹊蹺…

卡卡西現身後竟然要寧次他們打消營救鳴人的念頭，並隨即轉身趕回木葉忍者村，其實卡卡西是為了甩開在後面跟蹤的忍者，再伺機回頭營救鳴人，並刺探整起事件的真相…

心中充滿了仇恨的朱鷺，執意要為自己的父親與兄長報仇，任憑鳴人再怎麼勸也勸不動。

鳴人中了流浪忍者頭目使出的幻術，差一點就葬身在湖底。在千鈞一髮之際，還好朱鷺的哥哥鷺及時顯靈，不但再次喚醒鳴人，更透過鳴人的傳話，讓朱鷺從仇恨中清醒…

鳴人和丁次都想嚐嚐很久沒吃到的一樂拉麵，沒想到一樂拉麵居然臨時休息，但是不死心的丁次，聞到一樂傳出拉麵的味道，於是和鳴人一起查探真相。

由於海之國委託木葉忍者村護送御用金船與消滅海魔，於是綱手便巧妙地集合村子裡手邊沒事的下忍，並由紅豆帶隊前往海之國執行任務。

鳴人因為受困海中跟大家失散了，還好有漁火出手相救，總算撿回了一命…。至於紅豆他們則是一邊追查鳴人的下落，同時也搜索有關海魔的消息…

紅豆憑藉著昔日的記憶，解開了在海之國的發生神隱事件的真相，並帶領鳴人他們一同前往鬼界島尋找大蛇丸的下落。

鳴人不希望漁火受到阿馬奇的控制，於是使出渾身解數，就是為了喚醒漁火蘊藏在內心深處的那顆善良的心…

鳴人召喚出蛤蟆文太來對付阿馬奇的海怪，沒想到蛤蟆文太因為不習慣海水而頗多抱怨，雖然如此最後還是和鳴人一起合作打敗了海怪。

鳴人在綱手的連哄帶騙之下，接下珠寶商之子邦日左的一日忍者體驗遊，雖然因此見識到有錢人出手之闊綽，卻也從中證實不是所有的事物都能用金錢買到。

正當在鳴人吵著無任務可執行之際，綱手突然召見鳴人、牙與雛田三人，要他們去尋找祁答院一族的海鮮上所委託的尋寶任務。

受困的鳴人他們，在合作無間下終於平安脫困，也立即趕回木葉忍者村通知大家，有人冒充他們，打算大鬧村子的消息。

鳴人在完成任務的回程中巧遇自來也，於是立刻要求自來也指導自己修練，但自來也以趕稿為由拒絕了鳴人，鳴人為了達到目的，於是自已幫自來也寫稿…

綱手同意星忍者村支援護衛的委託後，立刻派由寧次領軍的三人小組前往執行任務，鳴人在得知此消息後也運用脆計成功說服綱手。

星忍者村的“星星”遭竊之後，寧次他們也展開調查行動，雖然早已隱約察覺到事有蹊蹺，但在追蹤之後更發現諸多疑點。

寧次他們雖然是受委託前來星忍者村執行任務，卻在過程中發現疑點重重，於是分頭展開調查，也因此掌握到該村首領赤星的可疑事證…

隨著鳴人跟夏日一起墜落山谷，寧次他們也決定開始搜尋的行動，除此之外，因為小李他們救出了被赤星軟禁的斯麥爾，於是斯麥爾決定帶著寧次他們前往森林裡尋找鳴人的下落。

隨著赤星找到夏日的下落後，一場無法避免的戰鬥就此展開，赤星卑鄙地利斯麥爾當要脅，夏日只好乖乖的交出“星星”，但也因此身體重傷。

一心想報仇的斯麥爾，發現母親夏日已經在修行場內身亡，而赤星則是打算藉機殺了斯麥爾，沒想到夏日利用身前最後一氣，使出可以保護斯麥爾的忍術…。

赤丸因為有感染罕見病毒的可能性，鳴人便在綱手的命令下開始執行監視的任務，沒想到赤丸真的受到病毒感染…

鳴人在森林裡修練的時候，以為遭到鷲的糞便攻擊，沒想到那竟然是傳說中的翁巴的小孩。

因為人手不足，綱手於是派鳴人跟著志乃一起執行任務，本來是最適合志乃的任務，卻因為志乃中了笑不停的藥笑個不停，所以只好由鳴人硬著頭皮代替志乃上場擔任代理喪主…

鳴人一行人在綱手的指派下前往菜之國護衛行商小販，沒想到到達目的地後才發現自己被綱手擺了一道，成了木葉搬家中心的員工，雖然心有不甘，卻也只能硬著頭皮幫忙搬東西。

隨著菊介的死亡被發現後，鳴人他們終於知道自己護衛的對象並非單純的行商小販，而是菜之國的城主的女兒春菜…

經過一番激戰，鳴人似乎察覺到類我所施展的水忍術的弱點，再加上百合之丞的建議，最後總算是打敗了類我。

鳴人被磁鐵忍者打得毫無招架的餘地，雛田不忍心愛的鳴人就此喪命，於是拼了命也要救鳴人。

鳴人跟春菜眼看著就要逃到國境外的村莊，沒想到卻遭到煉瓦的阻撓，再加上煉瓦施展奇特的忍術，鳴人根本無招架之力。

綱手指派新的任務給井野執行，並派遣鳴人擔任助理工作，因為委託人指定井野充當自己去相親的替身。

小李為了讓自己的修練更上一層，便決定蓋一間道場並等人上門踢館，藉此磨練自己的功力，沒想到苦候多時只等到從外地出任務剛回來的鳴人。

由於蜜之國的尊夫人離奇失蹤，於是委託木葉忍者村派人搜尋，綱手找上牙、雛田與鳴人組成一隊前往搜尋，雖然鳴人最害怕幽靈，卻也只好硬著頭皮出任務。

綱手發現小李最近似乎都沒有到醫院做定期檢查，於是命令鳴人去將小李帶過來，沒想到診療的結果好像相當不樂觀。

阿凱為了尋找失足的矢倉跳下山崖，沒想到卻遭到一大群木人的圍攻，甚至還被困在木人圍堵的城堡裡。

隨著暗部所跟監的木工玄能事跡敗露，並引爆自殺後，綱手驚覺木葉忍者村已陷入空前的危機…

暗部為了徹查所有跟玄能有過接觸的人事物，決定利用逆向催眠問出鳴人與玄能兩星期前的談話內容，沒想到鳴人過去的記憶讓暗部們大失所望…。

鳴人跟小李他們在檢查忍者學校時，發現道場裡有個奇怪的原木，學生們還利用那根原木在練習苦無…。

在人手不足的情況下，身為木葉顧問的小春與焰也出面幫忙，雖然綱手在他們面前總是吃不開，卻也不得不指派任務給他們。

在鹿丸看出引爆符只是玄能的欺敵策略，以及鳴人發現玄能的蹤跡後，整起事件的輪廓似乎已逐漸成形。

為了慶祝火影忍者堂堂邁入第五年，特別由鳴人跟小櫻連袂為大家介紹過去的戰鬥中的最佳前五名，甚至還邀請了特別來賓到特別節目的現場。

紅突然決定不再擔任指導第8小組的老師，此舉讓牙他們很錯愕，牙甚至還想找綱手理論。

鳴人為了向八雲求證紅老師的事，卻也因此身陷於幻術之中，雖然如此，清醒後的鳴人仍然死纏著紅不放，因而再次身陷幻術中。

紅帶著八雲逃避雲海的追擊，後來在阿凱他們的協助之下，總算擊退雲海，得以全身而退。

鳴人一行人離開里見山莊後不久，便發現木葉忍者村慘不忍睹的景象，雖然如此鳴人他們還是決定先安置好紅跟八雲，然後才調查村子裡的情況。

八雲想殺了紅以洩心頭之恨，而鳴人則在雲海的協助下從幻術中脫困，後來不但救了大家，也即時阻止八雲殺死紅。

某日綱手交待鳴人跟牙一起執行護送珍貴寶物的任務，但鳴人他們沒想到委託人竟然是個吊兒郎當的傢伙。

森之國內有一個由逃亡忍者所組成的不忍集團，以相當殘忍的手段四處燒殺掠奪，後來官方終於在一次圍捕行動中，逮到了其中的一名成員－丸鐵…

押送丸鐵的船被切斷後，順著土岐所切割出的支流前進，沒想到後來竟從瀑布摔落，因而全毀，鳴人不但跟小櫻他們走散了，還因此跟丸鐵和轟一起被困在迷惑森林裡。

丸鐵想帶鳴人他們離開迷惑的森林，無法揮別過去夢魘的轟，則是時時刻刻都想殺了丸鐵為家人報仇…。

鳴人他們在丸鐵的帶領下，前往不忍的巢穴救明雄。修羅雖然佈下了天羅地網打算困住鳴人他們，但最後還是沒有得逞。

鳴人為了吃到手打口中的夢幻麵麻，於是便在完成任務的回程中，跑到崖邊去摘麻竹，沒想到也因此救了一名失去的記憶的少年到忍者村…

綱手從麵麻施展的忍術判斷，他可能跟田之國的音忍者村有關，麵麻隨即表示願意前往田之國搜尋失去的回憶。

當阿南與村裡的人發現麵麻就是襲擊村子的同夥時，大家都不願意接納他，甚至還攻擊他，後來麵麻向鳴人說出自己的記憶並未喪失的真相…

綱手得到匠忍者村有異狀的情報，便派卡卡西前往察訪。經證實後，情況的確有異，於是派貴多位上忍與中忍出擊。

四天象人擄走小祭後，為了達成某種目的開始兵分三路將我愛羅與手鞠、勘九郎他們區隔開來。

打算各個擊破的四象天人，也的確讓手鞠跟勘九郎陷入困境，還好鹿丸與牙他們即時趕到，不但化解了危機，也幫助手鞠與勘九郎擊敗對手。

寶龜眼看著已經控制住了我愛羅，認為時機已成熟，便開始進行將匠忍者村的極致武器完成化的過程，雖然鳴人執意阻止卻還是徒勞無功。

眼看著我愛羅被生命逼入了絕境，雖然鳴人努力的想幫助我愛羅，卻還是無法如願，然而我愛羅就在一籌莫展之際，回想起昔日與鳴人對打時的對話，因為想保護最重要的人的意念。