第二次世界大戰後，日本因為戰敗而必須將忍者組織廢除，然而仍有為數20萬的忍者隱藏在現代日本社會的各個角落，部分精銳忍者，在國家級的對抗中負責執行秘密任務，相當活躍，下級忍者卻是經常拿不到工作，其中之一的雲隱九郎也一樣，過著宛如尼特族般的生活，他在歷經長期失業後，接下滲透進講談高中的任務…
