晴生等人以奈米金屬為武器，跟「哥吉拉‧Earth」決一死戰再度敗北，人類也因機械哥吉拉組成的武裝都市淪陷而感到絕望。另外，艾克西夫一族的梅德菲斯將晴生自戰鬥中生還一事奉為奇蹟，藉此順利增加不少信徒，但這一切只為了隱藏艾克西夫一族的「究極目的」。感到梅德菲斯有異心的瑪依娜、蜜雅娜，對他保持警戒。「哥吉拉‧Earth」稱霸地球，然而此時，出現了全身纏繞著金色光芒的「基多拉」，撼動天地的超次元大戰即將展開……