由於巨大生物「怪獸」的出現，驅逐這些怪獸之怪物「哥吉拉」也現身了。「怪獸」與「哥吉拉」纏鬥了半世紀，人類不斷受到波及，最後只好計畫離開地球，遠離這場無盡的戰爭。當年搭乘移民船到另個星球的青年晴生，年幼時目睹雙親遭哥吉拉殺害，因此這20年來他不斷想回到地球打倒哥吉拉，遂成為移民團中主流的「回歸地球派」的中心人物。然而當他們回到地球時，地球已過了兩萬年，成為一個以哥吉拉為地面生物系頂端的未知世界……
