第八號颱風侵襲日本後，倉田濱的工業化計劃區整個垮倒，在靜之浦海灘出現不明巨蛋的消息，正當每朝報社記者酒井和純子前去採訪時，這顆巨蛋已被快樂集團的熊山買下，想藉由建造快樂樂園圖利，巨蛋的守護人要求人類盡速歸還，原來這顆巨蛋為摩斯拉所產下，否則會帶來更多的麻煩，但熊山仍不為所動，守護人對人類失去信任而回到伊房島，此時倉田濱突然出現哥吉拉從地底下爬出，對整個日本造成極大傷害，酒井和純子與三埔博士前往伊房島尋求摩斯拉的幫助，正當哥吉拉逼近巨蛋時，摩斯拉及時趕到，雙方展開一場殊死之戰。