日本大部分的國土沉入海中，海上交通變得發達，守護海洋安全的「藍色人魚」，因而成了女孩們所嚮往的職業。想成為「藍色人魚」的岬明乃，進入了橫須賀女子海洋學校，被任命為教育艦「晴風」的艦長，與同學們準備參與海洋實習，然而……

在首次的海洋實習中，晴風號遭嫁禍叛亂之罪名。為了證明清白，在前往橫須賀的途中，來自德國的留學生艦「施佩伯爵將軍號裝甲艦」突然出現在晴風號面前……

晴風號竊聽到海上安全委員會的廣域通訊，其內容為——晴風號若有脫序或抵抗之行為，便可將其擊沉。就在晴風號趕著回到學校的路程中，水中可疑的影子悄悄接近……

避免接觸其他船艦的晴風號急忙趕往橫須賀，但卻因長時間的航海而導致日用品不足，因此明乃和成員們決定前往購物中心採購……

在物資補給完畢，船艦檢修作業也告一段落後，晴風號成員們暫時各自享受悠閒的時間。就在所有人齊聚在甲板上準備召開明娜的歡迎會時……

距今約100年前，因為板塊運動，日本許多國土因而沉入海中。為了保全國土而接連建成的水上都市不知不覺中成為海上都市，隨著連結彼此的航路擴增，守護海洋安全的「藍色人魚」因而成為女學生們所嚮往的職業。岬明乃與知名萌香這對兒時玩伴，以及其他以「成為藍色人魚」為目標的夥伴們，一同進入橫須賀海洋學校。

距今約100年前，因為板塊運動，日本許多國土因而沉入海中。為了保全國土而接連建成的水上都市不知不覺中成為海上都市，隨著連結彼此的航路擴增，守護海洋安全的「藍色人魚」因而成為女學生們所嚮往的職業。岬明乃與知名萌香這對兒時玩伴，以及其他以「成為藍色人魚」為目標的夥伴們，一同進入橫須賀海洋學校。

距今約100年前，因為板塊運動，日本許多國土因而沉入海中。為了保全國土而接連建成的水上都市不知不覺中成為海上都市，隨著連結彼此的航路擴增，守護海洋安全的「藍色人魚」因而成為女學生們所嚮往的職業。岬明乃與知名萌香這對兒時玩伴，以及其他以「成為藍色人魚」為目標的夥伴們，一同進入橫須賀海洋學校。

晴風號持續搜索武藏號，此時發現了一艘不明大型船艦。在判斷其為明娜所屬船艦「施佩伯爵將軍號裝甲艦」後，她們決定要去拯救艦上遭病毒感染的船員……

晴風號與明石號、間宮號會合後進行船艦維修，此時，麻侖在知道船艦正穿越赤道時，便想號召大家舉行「赤道祭」……

終於發現了武藏號的蹤跡！離武藏號最近的晴風號收到協助藍色人魚的作戰任務的指令，平賀艦隊為了阻止武藏號接近陸地，而採取了作戰行動……

距今約100年前，因為板塊運動，日本許多國土因而沉入海中。為了保全國土而接連建成的水上都市不知不覺中成為海上都市，隨著連結彼此的航路擴增，守護海洋安全的「藍色人魚」因而成為女學生們所嚮往的職業。岬明乃與知名萌香這對兒時玩伴，以及其他以「成為藍色人魚」為目標的夥伴們，一同進入橫須賀海洋學校。

距今約100年前，因為板塊運動，日本許多國土因而沉入海中。為了保全國土而接連建成的水上都市不知不覺中成為海上都市，隨著連結彼此的航路擴增，守護海洋安全的「藍色人魚」因而成為女學生們所嚮往的職業。岬明乃與知名萌香這對兒時玩伴，以及其他以「成為藍色人魚」為目標的夥伴們，一同進入橫須賀海洋學校。

在驚險的海上實習結束後過了一個月，期中審查也告一段落，晴風號成員們迎接考後的假期，各自悠哉地度過，而納沙幸子則被艦長請託了一項任務，但沒想到這任務竟讓在陸地上的晴風號成員們，再度面臨新的危機？！