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第1集【發生 創始genesis】，啟示病毒爆發，日本被跨國組織GHQ接管。就讀天王洲第一高中的櫻滿集，遇到了網路上蔚為話題的女歌手楪祈。但楪祈被突然出現的GHQ的軍隊帶走，集拿著她所留下來的圓柱瓶，前往發生「失落的聖誕」慘劇，已成為廢墟的六本木堡壘。與反抗組織的領袖恙神涯相遇，並被捲入遺傳因子武器的爭奪戰。

第2集【適者 適者生存survival of the fittest】，集用小祈胸口抽出的劍打敗終極咆哮，解決了一場危機。他們兩人一起回到涯的面前，從他口中得知有關＂王之能力＂以及＂空洞＂的事。同時，涯也對得到力量的集提出加入戰鬥的要求。當集感到迷惘之時，他看到了GHQ對六本木地區居民的＂淨化行動＂…

第3集【顯出 空洞採樣void-sampling】，集拒絕了葬儀社的邀請，決定回歸平靜的生活，但是小祈卻轉學到他的班上。除此之外，集與葬儀社在六本木活動的樣子，被校內的學生目擊了。面對不知道該怎麼辦的集，涯對他說「你要是珍惜平穩的日常生活，就自己去保護吧」。

第4集【浮動 變遷flux】，因為谷尋的背叛，讓集因為涉嫌與恐怖份子接觸而被拘留。逮捕集的GHQ噓界少校，巧妙地利用言語不斷動搖集的內心。「我到底該相信誰？」正當集苦惱不已之際，葬儀社決定進行劫獄的作戰計畫。在真相不明卻又面臨選擇之時，集的眼前出現了一絲光明。就在此刻，他下定了決心。

第5集【訓練 準備 a preparation】，集前往了葬儀社的基地，但卻連休息的時間都沒有，立刻為了實行白血球作戰計畫展開基礎訓練，集也從中再次體會到葬儀社成員高強的戰鬥力。面對問他為何來到這裡的小祈，集原本想對她表白自己的心意，卻因為她的回答而大受打擊。模擬戰即將開始，集能被葬儀社認同，成為他們的一份子嗎？

第6集【牢籠 白血球 leukocytes】，GHQ的奇襲讓葬儀社失去了不少夥伴。但是受傷的涯卻堅持繼續進行作戰計畫。此次作戰的關鍵，就是集的王之能力還有城戶研二的空洞，但集卻拒絕參與這個會造成多人犧牲的計畫。懷疑涯是否有資格當領袖的集，在聽到涯的心聲之後改變了主意。

第7集【輪舞 誘惑 temptation】，以湮滅集與事件有關的證據和噓界交換條件，集回到了久違的校園。當集飽受其他同學好奇的眼光時，學生會長供奉院亞里沙讓集重回了平靜的學校生活。另一方面，葬儀社為確保物資與資金來源展開了新行動。而涯帶著集潛入的，竟是供奉院財團主辦的晚會。

第8集【夏日 求愛行為courtship behavior】，涯命令集在下一項任務中抽出魂館颯太的空洞，但集卻不太擅長與颯太相處。雖然打著影研社集訓的名義跑到「大島」，但集始終找不到抽出空洞的時機。此時，涯打算利用祈來打破颯太的心防，集雖然強裝冷靜，但當他知道颯太想跟祈告白時，他做出了出乎意料的行動。

第9集【捕食 prey 那我要拍囉】，暫時不用執行葬儀社任務的集，在電車上與谷尋巧遇，並得知他正帶著被追殺的弟弟．潤過著逃亡的生活。就在此時，追殺谷尋與潤的「抗體」再度將兩人逼到絕境。集用「王之能力」拯救了兩人，但聽完潤訴說他對哥哥的感情後，集才領悟到谷尋體內空洞的真正意義。而集也被自己的大意與自信拖向深淵…

第10集【退縮 retraction】，集對無法拯救潤感到懊悔不已，並開始對使用人心形成的空洞感到恐懼，導致無法完成葬儀社的任務，也讓同伴們身陷危機之中。涯強迫沮喪的集參加下一次作戰，集卻拒絕使用自己的力量。而此時，離開集身邊的祈，逐漸發現自己對集的感情。傳遍市區的歌曲，彷彿要撕裂兩顆彼此錯過的心──失落的聖誕又將再次揭開序幕。

第11集【共鳴 resonance】，東京的人們再次陷入失落的聖誕所造成的恐慌。因楊少將死亡而掌握實權的莖道，向民眾發佈了防疫警報。另一方面，留在學校的集從新聞中得知，這次的事件是葬儀社所發起的恐怖行動。於是他下定決心，向好朋友們說明自己是葬儀社成員的身份，並請他們協助自己救出祈一行人。

第12集【重臨 誘惑 temptation】，集終於來到祈的身旁，但她卻被突然出現的「神識」守墓者．悠擄走，而涯則是為了救集身受重傷。就在此時，集取回了十年前與姊姊真名和涯一同生活的記憶。為了拯救祈，集來到祭壇挺身對抗悠與莖道。負傷的涯與綾瀨也前來掩護他的行動。為了阻止真名復活，涯對集下達了最後的命令。

第13集【學園isolation】，被啟示病毒肆虐的東京，GHQ對其下達了都市隔離命令。被留在學校的集等人，在無法得知外界情報的狀況下生活著。為了讓眾人打起精神，於是颯太提議舉辦校慶活動，但同樣在此避難的綾瀨，卻因為無法救回涯而懊悔不已。在校慶當天，一群暴徒襲擊了校園，聽著綾瀨哭訴心聲的集取出了她的空洞…

第14集【擾亂 election】，在封鎖的校園中生活，學生們的不安與壓力即將到達臨界點。對學生會長供奉院亞里沙感到諸多不滿的學生們，受到噓界策動的謠言驅使，將綾瀨與鶇抓了起來。失去指揮權的亞里沙，面對這個情況已經無能為力。此時，集向眾人說出自己是葬儀社成員一事，並提出了某個提案。

第15集【告白 獻祭 sacrifice】，集當上學生會長，肩負起領導職位後，學生們也恢復了平靜。然而，「紅色警戒線」不斷前進的威脅下，問題堆積如山。為了跨越這個難關，谷尋提出了「空洞分級制」。集認為這制度會造成學生之間的不平等，而拒絕執行，但抑制啟示病毒的疫苗開始不足，身為領袖的他被迫要做出決定。

第16集【王國 專制君王 the tyrant】，為了救出供奉院亞里沙，葬儀社的阿爾戈潛入被封鎖的東京。阿爾戈千辛萬苦潛入校園後，看到的是採用了空洞分級制，君臨天王洲第一高中的櫻滿集。集為了完成逃離東京的計劃，嚴格控管學生們，那裡是由空洞所建造的，空洞王國。

第17集【革命 出埃及 exodus】，化為暴君的集已全身沾滿罪惡，毫無退路。亞里沙知道足以顛覆集的掌控之祕密，在卻在某人的插手之下，沒有洩露出去。然而，學校裡仍是流言四起，學生們的不滿已經快到極限。而集只是一味依賴小祈，不顧周圍的情況。那些抱怨和憎惡，讓他甚至失去了原本也相信他的朋友。

第18集【流離 親愛的...Dear…】，罪惡不斷累積，集終於受到了報應。突然出現在他面前的，是應該已經散去的盟友，還有──涯。但涯卻和以往完全不同，無情的將集的一切全部奪走，將他推入更深的黑暗。連生存意義都失去的集，和小祈在廢墟中逃亡。但「神識」的魔手，再度逼近二人。

第19集【贖罪 復活 rebirth】，小祈內心糾葛找到了答案，她的想法也為集的罪惡帶來救贖。然後，為了保護集的性命，落到涯手上。為了奪回小祈，失去戰鬥力量和同伴的集，仍下定決心要獨自對抗涯。不過，為了熄滅他最後的希望，噓界開始展開行動，執拗地對葬儀社和集的朋友發動攻擊。

第20集【追憶 一本日記 a diary】，2039年12月25日。現今的世界終結，嶄新的世界即將開始。涯向全世界宣告淘汰的時機，「第四次的啟示錄」。以供奉院家為後盾，正在準備進行戰鬥時，集拿到了父親櫻滿黑周的日記。裡面是錯綜複雜卻沒有結果的友情故事。集決定放手一搏，而許多人都將生命交託在他手上。

第21集【羽化 浮現 emergence】，賭上人類命運的戰鬥，正式展開序幕。在巨大的力量互相碰撞之下，集為了拯救小祈，和同伴們一起攻入24區，而涯正在那裡等待他們。集想要盡快趕到小祈身邊，但最難纏的敵人阻擋在他面前…。

第22集【祈禱 集 convergence】，「第四次的啟示錄」終於開始，「進化」與「淘汰」之光，降臨在地球上所有居民身上。為了將小時候結下的恩怨情仇一併做個了斷，二名少年終於拔刀相向。集受傷倒下，而在他的面前，心的碎片正在閃耀。此時，集將知道自己「罪」的意義。