結人與那歧，兩人士氣高昂地迎來入伍怪伐隊的日子。另一方面，重經常夢到奇怪的夢境…。入伍沒多久，街道上出現了怪異，年幼的少女暴露在危險之中；此時被命令帶機的結人…。

鏡花小隊與賽特小隊，舉辦迎新共同特訓會，此時，不知為何重對結人猛烈攻擊。結束特訓沒多久，下達了出動命令；根據直見的超腦力，預知到重即將面玲危機的未來…。

執行任務途中，胸口被擊中的直見發生了變化。因此產生動搖的結人和重，在尚未得到喘息前又被下達了出擊的任務。然而在現場迎面而來的是，令人意外的場面。

不分緣由，結人一行人與同伴們之間突然打了起來。其中，那岐做出了許多奇妙的舉動。結人和重，被突如其來的異空間吸入，眼前出現的是異樣的景象。

蘇芳市區的超腦網路斷線，怪異橫行於街道，國家呈現混亂狀態；其叛亂首謀卡連，對新日向國民說明他叛亂的理由。結人接受命令，出發保護身為評議會議長的父親條，被捲入了最糟的事態。

鏡花小隊的重一行人，在荒廢的岐高速運輸公路上醒來；但，場景似乎有些奇怪。重，從某個人口中，解開了至今發生的不明事件，並得知了令人震驚的事實。

結人感到身體有所異狀，因此到怪伐軍醫院檢查；在那裡發現行蹤不明的那歧。一夥人追著那歧，來到怪伐軍醫院舊館，那裡是過去與結人有緣的場所。

結人試著說服那歧一起回去，此時，發生了令人難以預料的事。結人從吹雪口中得知舊怪伐軍醫院的秘密；另一方面，重為了見到直見，而前往怪異特異生命研究設施。

新曆2020年，人類受到從平流層而降的異形生物．怪異所威脅。為了討伐怪異而組織了怪伐軍，這是一群將腦內影像具現化的「超腦力」擁有者集團。如願加入的結人和重，被捲入了無法違抗的命運與世界的真相。威脅人類的異形生物．怪異。連結腦力而戰的少年少女們，羈絆帶來的是救贖？還是走向毀滅的指標？

結人一行人為了得到那岐記憶資料，再次來到舊怪伐軍醫院。另一方面，科學證明了結人與岐之門的關聯性，重再次意識到50年後的結人所說的話是事實。重猶豫不知道下一步該怎麼走。此時，鏡花提出了個建議。

為了知道救怪伐軍醫院的秘密，結人被迫成為反叛者。另一方面，重為了救直見，另尋其他方法。身處兩地的人馬，同時煩惱著，是否前往信仰月球的宗教自治區渡月。最終，兩人在渡月會遇見什麼呢…。

在渡月，結人小隊得到新日向建國及岐之門等相關衝擊情報，大家都對於這難以置信的情報感到疑惑。另一方面，重在朦朧的意識中，回想起自己的身世；同時，也想起幼時愛慕著母親的記憶。