病例1【流冰,奇美拉病的男人】：克羅斯瓦德是一位資產家，住在一座孤島上的城堡裡，他罹患了一種會重複攝取並排出大量水分的怪病。想要解開這個怪病之謎的黑傑克，最後發現這座島上，並不是只有克羅斯瓦德受到這種怪病的侵襲...。

病例2【送葬遊戲】：黑傑克在雪夜裡邂逅了里枝，二個月後再次相遇，這短短的時間內，她就因為車禍意外和自殺而失去了二位友人。里枝害怕失去第三名友人，所以懇求黑傑克拯救她的另一位朋友。

病例3【瑪莉亞等人的勳章】：阿爾提卡共和國的將軍，因為涉嫌販賣毒品，而被聯合連邦逮捕。被屬下救回來的將軍，已經是癌症末期，為了讓將軍活著返回故國，他的女兒瑪莉亞找上了黑傑克。

病例4【厭食 兩位無照密醫】：第一次參加電影演出的女演員蜜雪兒，在她初次的螢幕大作即將完成之前，罹患了原因不明的厭食症。黑傑克受到委託前去幫她治療，但以安樂死的天才聞名奇利柯醫生，卻出現在黑傑克面前...。

病例5【聖瑪莉達的貓頭鷹】：正在歐州旅行的黑傑克和皮諾可，遇到了一位受到戰爭的幻像和神祕出血所苦的年輕人，黑傑克在他的身上發現了天才般的外科手術痕跡，為了和那執刀醫生見一面，他開始去探尋根源。

病例6【雪夜的故事-戀姬】：黑傑克收到二年前寄出的，將近380萬日圓的委託金，於是黑傑克和皮諾克前去造訪病人所在之處，但在雪中等待著他們的，卻是受到病魔侵擾的美麗公主，和侍奉在她身邊的鎌倉時代武將。

病例7【白色正義】：黑傑克在一個內戰中的國家，成功的為一名少女完成了心臟手術。為了她的術後療養，史丹菲爾德教授將她接到了紐約，並且非常感謝黑傑克天才般的技術，為了感謝他，教授召開了會議，打算給他國際醫生執照...。

病例8【綠之意念】：黑傑克前去為一名英國少年治病，這位少年罹患一種奇病，身體會長出植物的芽。同一時間，少年的雙親所居住的南美小村莊，有一名老人正為了守護一棵即將因為道路開發而被砍掉的巨樹而奮鬥。

病例9【人面瘡】：黑傑克受到委託，前去治療某個大財團的總裁，結果驚訝的發現病患的腹部竟然有一個長像近似人臉的腫瘤。那天晚上，病患失蹤。同一時間，在大街上有一名女子，將路過的男人引誘到飯店裡，用刀子將其殺害了。

病例10【沉入水中的女人】：黑傑克受到邀請，要他前去三月市擔任公害病「三月病」救援委員會的主治醫生。他在那裡遇見了一名少女，少女因為沒有戶藉，而無法被認定為受害者。在為她治療的期間，黑傑克的內心產生了一種近乎戀愛的情感...。

病例11【來訪的回憶】：皮諾可原因不明的病變發作，同時又有人委託黑傑克進行困難的手術，而那病患的名字，讓黑傑克回想起過去的某個重要的「回憶」。這次的內容是以古都為舞台，是一個與皮諾可出身之謎有關的悲哀故事。

病例12【美麗的復仇者】：黑傑克被一個神祕的組織綁架到某個軍事獨裁的國家，強迫治療該國的國家主席。但那位重要的人物對麻醉有重度過敏，會引起過敏性休克。在內戰動亂的國情中，黑傑克與負責護衛他的神祕美女一起被捲入了時代的旋渦。