第1話【擁有天生牙這件事】，與麒麟丸一戰，讓剎那失去了性命。在深深懊悔的永遠面前出現的殺生丸說「要讓剎那生或者死，都取決於你」，將折斷了的天生牙交給了她。永遠想像菊十文字那樣製作出妖氣刀身，然而天生牙卻沒有變化。反而是失去妖氣的永遠，像朔那樣頭髮逐漸變黑。讓剎那復活已經不可能了嗎？刀刀齋用瑠璃玻璃和灰土製作出了與剎那的血刀相稱的薙刀相贈。

第2話【海之妖靈】，為了尋找刀刀齋所提到的，能對抗麒麟丸的武器．吸妖魂之根而來到海邊村莊的永遠，得知了會襲擊擁有美麗長發的女性的「海蛇女」的傳聞。她似乎原本是守護這一帶海域的妖靈「海神的玉姫」。另一邊，諸葉和剎那救下的海邊尼姑庵的女尼，正是那海蛇女。面對只要目視對方眼睛就會被變成石頭的海蛇女，沒有有效的攻擊手段，二人陷入困境，這時永遠和退治屋趕到.......

第3話【銀鱗的詛咒】，十四年前是露給鈴施下銀鱗詛咒。施加了詛咒的銀鱗覆蓋全身之時，鈴就會死亡。為了延緩進度，向時代樹精靈詢問方法的邪見，在由於森林火災和永遠分開的年幼剎那脖子上掛上了夢之蝴蝶的蛹。另一邊，尋找樸仙翁的永遠等人，遭遇要消滅殺生丸之女的妖怪們的追擊。讓另外二人先離開，剎那獨自一人面對敵人，這時理玖出現，擊退了妖怪。剎那詢問理玖的真實意圖。

第4話【產靈山的結界】，根據朴仙翁的說法，永遠她們踏進吸妖魂的根所在的產靈山，被邪惡的妖力設下的結界困住。只有擁有靈力的諸葉通過結界來到妖靈樹面前，在那裡遇見麒麟丸的女兒璃音。另一邊，永遠和剎那被問到想守護的東西和想捨棄的東西是什麼，如果不正確回答這個問題，就無法離開結界。諸葉為了救永遠她們，再次進入結界裡…。

第5話【名為璃音的少女】，小時候，被麒麟丸帶著走遍全世界的璃音，從某個時候開始被封印在產靈山的結界裡。璃音請求剎那斬斷找到自己的父親與自己之間的孽緣，並交給永遠一個麒麟丸唯一害怕的武器，吸妖魂的根做成的「星碎之笛」，但是為了防止女兒逃走設下的陷阱妖靈獸對她們展開攻擊。吹奏橫笛的永遠，在她的手中出現星之神賜予的兩把劍中的其中一把「斬星劍」。

第6話【除妖師翡翠】，剎那一直在睡覺。放心的永遠留下剎那，出門去查看被妖怪破壞的田地。這段時間裡，睡著的剎那被拐走，始作俑者是扇谷柊家的愛矢姬，目的是為了讓體型與自己相似的剎那當自己的替身。剎那被愛矢姬的眼淚攻陷，假扮成不情願的替身公主，但前來教導她的尼姑竟然是化身成姊姊金烏的翡翠。另一邊，享受自由的愛矢姬跑出去看妖怪，不幸被捉走。

第7話【竹千代的委託】，為了解決家鄉的騷動，前往故鄉狸穴島的竹千代僱用諸葉當自己的助手。因為過去把在島上的邪惡滿月狸封印起來的人是阿籬，所以八衛門狸認為有她的女兒諸葉在肯定如虎添翼而感到高興。另一邊，琥珀帶著剎那一起去收拾雪乃國的妖怪，永遠被留下來。小時候曾經與殺生丸和桔梗一起旅行過的琥珀，想起無論遇上什麼對手都不退縮的只有這兩個人，絲毫沒有任何破綻。擔心永遠的戰鬥方式太過危險。

第8話【七星的小銀河】，用香木「小銀河」把人們的悲傷轉化成香氣享受的公家妖怪七星。盯上永遠性命的是露在七星的庭院裡設下陷阱。決定與理玖和璃音同行的永遠面前，麒麟丸出現了！另一邊，為了收拾北方的除妖師首領拜託的妖怪，帶著翡翠與剎那等人前往雪乃國遠征的琥珀，抵達受到「五穀的恩賜」，過著富裕生活的五穀村。與夥伴除妖師九頭等人重逢，出發去收拾焚燒山林的炎牛。

本作《半妖的夜叉姬》是接續《犬夜叉》的續作，但主角群改為原作主角們的下一代。是由殺生丸的雙胞胎女兒永遠、剎那，還有犬夜叉與阿籬的女兒諸刃三人一起冒險的故事。