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第1話【我一直在等待這一天】，新光暦238年。由人類、新人類、機兵這三個種族組成了在行星之間飛行的船團，通稱「神諭」。如今他們邁向了外宇宙，穿梭在無數的銀河之中。一旦在外宇宙發現了新的行星，就會派遣「Arks」做為調查隊降落至行星，展開調查及交流。這個為了殲滅潛伏在許多星球上、名為「達卡」的生命體所創立的組織，在和平造訪宇宙之前，他們的旅程將會繼續下去…。現在，新人Arks「亞修」即將朝向廣大的宇宙跨出第一步――。

第2話【可怕的那貝利烏斯】，亞修和亞方終於平安地從造成許多人犧牲的新人訓練中生還。首次以Arks的身分開始執行任務的兩人和在進行新人訓練時拯救的神祕少女瑪特伊一起再次造訪了那貝利烏斯。三人跟隨著指揮官可哈娜開始殲滅在那貝利烏斯上活動愈發頻繁的達卡。然而，他們卻在途中遭遇到了新的威脅…。

第3話【完美的Arks】，正當一行人在行星那貝利烏斯執行任務時，亞修與最強的Arks「六芒均衡」六名成員之中的其中一名少女相遇，並且得知了Arks和「黑暗法爾斯」過去曾經發生過戰鬥的歷史…。

第4話【初始之器】，亞修等人在Arks船團享受短暫的休息時光，並且認識了目標成為Arks的少女烏爾克。烏爾克表示在和亞修等人同期的Arks之中，有一個搶先自己一步成為Arks的兒時玩伴…。

第5話【達卡突襲】，第一百二十八號艦「泰美斯」遭到達卡襲擊。因為十年來第一次有達卡出現在船內，出擊戰鬥的Arks們都感到相當的困惑。另一方面，留在「泰美斯」修復武器的奇格…。

第6話【終末的開端】，亞修在前往醫護中心的路上，和傑諾與艾可再度相遇。在順利與瑪特伊會合後，一行人終於感到放心了。然而過沒多久，哥德哈特突然現身了…。

第7話【黑暗法爾斯】，黑暗法爾斯．愛爾達（巨軀）終於復活，並且對神諭的船團展開襲擊。Arks們為了守護船團和宇宙，挺身對抗他可怕的力量…。

第8話【已經不在那裡了的我】，因為巨軀（愛爾達）的強襲，導致Arks付出了莫大的犧牲。烏魯古動身尋找提歐德爾；而艾可雖然故作堅強，內心還是非常的擔心傑諾。而梅爾馮席娜則因為失去了哥德哈特亂了方寸…。

第9話【刺客與暴走龍】，亞修在得知原以為應該已經擊敗的「巨軀」（愛爾達）還活著後感到相當苦惱。之後的有一天，亞修獲得了為尋找傑諾而降落至那貝利烏斯的Arks們遭到暴走龍的襲擊、使得搜索工作被迫中斷的情報…。

第10話【最後的道別】，亞修在那貝利烏斯尋找傑諾時，遇見了居住在廢墟中的老人，並從他口中得知了傳說會吞食Arks的「暴走龍」的真相。然後，一直在尋找暴走龍下落的庫娜她…

第11話【改變】，亞修和亞方一起來到星球沃帕爾進行調查任務，並在那裡和艾可再度重逢。艾可懷抱著嶄新的決心，再一次投身於戰鬥…。

第12話【過去與未來】，為了阻止路薩的野心，亞修決定要協助夏歐等人。當亞修在調查過去曾進行過實驗的遺址時，夏歐道出了路薩的目的，以及關鍵人物錫安的真面目…。

第12.5話【總集篇】本集為重新整理「夢幻之星Online 2 Episode Oracle」的故事內容，由夏歐進行報告的特別篇。觀眾將一面回顧1話12話中亞修等人的活躍，一面和夏歐一探故事的軌跡。

新光暦238年，在星球間飛行、通稱「神諭」的太空船團已經進入了外宇宙，在銀河之中航行著。「神諭」一旦發現了未知的新星球時，就會派出「ARKS」降落到星球上進行探索及搜查。這個為了殲滅潛伏在許多星球上、名為「達卡」的生命體而設立的組織，在和平造訪這個宇宙之前，他們的旅行都將繼續下去…。

新光暦238年，在星球間飛行、通稱「神諭」的太空船團已經進入了外宇宙，在銀河之中航行著。「神諭」一旦發現了未知的新星球時，就會派出「ARKS」降落到星球上進行探索及搜查。這個為了殲滅潛伏在許多星球上、名為「達卡」的生命體而設立的組織，在和平造訪這個宇宙之前，他們的旅行都將繼續下去…。

第15話【再誕之日】，在取得六芒均衡的協助後，亞修和瑪特伊一起趕往錫安身邊。而這時，出現在正急著要去拯救錫安的一行人眼前的是…。

第16話【無盡跋扈的終結】，路薩解放了自身，變身成為黑暗法爾斯「敗者」，並在盛怒之下對Arks們展開了襲擊。面對擁有壓倒性力量的「敗者」，Arks們團結一致加以迎戰，戰鬥的結果究竟會是如何呢…？

第17話【十年前的我】，亞修被夏歐找去，並從錫安留下的記錄中得知了「與瑪特伊有關的資料」以及「十年前某個時期的事象記錄」被完全消抹掉的事實。亞修為了調查真相而回到了過去，這個時候出現在他眼前的是…。

第18話【我誕生下來的理由】，「若人」為了報復而對Arks的船團展開了襲擊。二代克拉雷斯將克拉利薩交給他人後被若人的殘酷手段逼入了絕境。亞修為了拯救二代克拉雷斯奔向她的所在處，然而…。

第19話【被消除的記錄/殘留下來的記憶】亞修在親眼見證二代克拉雷斯的結局後回到了現在。另一方面，亞方在遇見「若人」後，一直獨自一人針對黑暗法爾斯進行調查…

第20話：新光暦238年，在星球間飛行、通稱「神諭」的太空船團已經進入了外宇宙，在銀河之中航行著。「神諭」一旦發現了未知的新星球時，就會派出「ARKS」降落到星球上進行探索及搜查。這個為了殲滅潛伏在許多星球上、名為「達卡」的生命體而設立的組織，在和平造訪這個宇宙之前，他們的旅行都將繼續下去…。

第21話【莎拉與克拉雷斯】，亞修和瑪特伊在路上巧遇了莎拉。然而莎拉一看到眼前的瑪特伊就突然內心動搖，然後立刻逃走了。亞修在追趕莎拉的過程中遇見了瑪莉亞，並且從瑪莉亞口中得知了莎拉過去的「罪」…。

第22話：新光暦238年，在星球間飛行、通稱「神諭」的太空船團已經進入了外宇宙，在銀河之中航行著。「神諭」一旦發現了未知的新星球時，就會派出「ARKS」降落到星球上進行探索及搜查。這個為了殲滅潛伏在許多星球上、名為「達卡」的生命體而設立的組織，在和平造訪這個宇宙之前，他們的旅行都將繼續下去…。

第23話【充滿缺陷的最高傑作】，亞修和瑪特伊被囚困在雙胞胎的內部空間之中。他們在那裡與成為雙胞胎身體一部份的路薩再次重逢。然後，路薩道出了亞修的空白過去的真相…。

第24話【深遠的黑暗】，「深遠的黑暗」復活了。雷吉亞斯與夏歐為了擊敗「深遠的黑暗」做出了無情的決定。而過程中，一直對瑪特伊感到憂心不已的亞修…。

第25話【你誕生到這世上的理由】最後的戰鬥開始了。在所有的Arks們為了拯救瑪特伊齊心協力展開戰鬥的過程中，亞修也終於與變身為「深遠的黑暗」的瑪特伊重逢了…。