「蘭道夫藍道魯夫」席捲全世界。研究開發新資源的公司「南極戰線」開始募集新的開拓員，想成為英雄的時雨應徵入隊。立刻被錄取，但卻在入隊之後因隊伍成員拉利和小鳩的惡作劇而暈倒，醒來之後就見到了副隊長雷斯理。雷斯理告訴他，這個工作並不是開拓夢想，而是關乎性命的危險工作。對這個工作來說，最重要的特質是抵抗力，而時雨擁有這個特質。故事就在南極的巨大洞窟．阿塞拉姆開始了。

為了發掘新資源，在阿塞拉姆中前進的時雨，在任務途中因屢次表現出了自己的無知，被隊友菫嘲笑。為了和大家搞好關係，他努力向其他隊友搭話，卻只得到奇怪的回答，亦或是反應平淡，這讓他備受打擊。就在他煩惱之時，無意間得知菫曾是一名偶像。想成為英雄的時雨和想成為偶像的菫，兩人討論起自己的夢想，就這樣解開了對彼此的誤解，逐漸成為夥伴。

《Deep Insanity》的故事中，全世界蔓延著一種會讓人陷入昏睡狀態的神祕病症「藍道魯夫症候群（?????症候群）」。而在病症蔓延的同時，被視為是病源的巨大地下世界「Asylum」在南極被人發現。Asylum 有著與地面完全不同的生態系以及未知資源，因此人類為了解決藍道魯夫症候群以及為了取得生態系的基因情報，前往未知的世界展開探險。

時雨終於決定接受特殊任務，卻沒想到這個任務的目標居然是艾爾希。休息時間，被副隊長的精湛劍術吸引的時雨、拉利、小鳩一行人，討論起了關於雷斯理的傳聞，一起調查了雷斯理的過去。在和雷斯理吃飯的時候，時雨接到電話，離席來到了外面的小路，在那遇見了神秘少女納迪亞。好奇心驅使令他追上了納迪亞，但沒想到納迪亞突然帶來了“異端者”，時雨遭受攻擊。救出時雨的雷斯理告訴他，異教徒是“放逐者”中最瘋狂的一族。話說到一半，新的敵人“艾登”襲來，雷斯理阻止艾登，讓時雨逃走，但擔心副隊長的時雨又跑了回來。

看見小鳩卸下義肢的模樣，時雨的反應令小鳩感到不快。雷斯理也發現了兩人之間始終有距離感，於是要求時雨和小鳩進行配合強化訓練。拉利和堇他們，擔心配合度不好的小鳩和時雨不能好好相處，於是開始策劃歡迎會。在購物時，發現了兩人共同的愛好，兩人也終於有了話題。但是納迪亞突然又出現在時雨面前，發起了攻擊，為了救出被襲擊的時雨，小鳩伸出了手。與此同時，艾登也接到了抓捕艾爾希的指令。

探險隊隊長薇拉堅信少女艾爾希擁有毀滅世界的力量，對艾爾希這個目標十分執著。她所提出的計畫，終於得到了組織的認可。時雨、拉利一行人進入阿塞拉姆。他們的新任務是偽裝成流亡者潛入搜查。拜訪戒備的村莊的一行人，分頭開始行動。目標是潛入艾爾希的生日會。然而，他們的作戰走漏風聲，雷斯理也再度遭遇艾登。

雷斯理遭遇連續攻擊犧牲，小隊中充滿了悲傷的氛圍。向維拉詢問作戰意義的時雨，開始猶豫要不要繼續進行計畫。維拉也給了他3天時間，重新進行考慮。維拉代替雷斯理帶領小隊，再次潛入了村莊。發現了他們的艾登和納迪亞放棄了人質準備逃走。時雨追蹤艾登等人，要阻止他們的行動，但還是在巨大的實力差距下失敗，被趕來的維拉救下。艾登對維拉放話稱，看誰能先抓到艾爾希，就這樣消失了。為了不讓雷斯理的犧牲白費，時雨終於決定繼續計畫。

艾登和納迪亞策劃著抓住艾爾希的行動。另一邊，時雨在調查雷斯理的遺物中的手賬中所寫內容。拉利等人也為了紀念雷斯理，提出用雷斯理過去的照片製作相簿。在收集照片時，副隊長的過去中隱藏的資訊也逐漸明朗。被敵人的戰鬥機突襲的小隊一行人分散進行防衛，不敵對手的成員們向隊長維拉提出支援請求，然而維拉自己也陷入了困境。

敵人艾斯曼知道薇拉擁有能讓時間重來的能力。作戰計畫失敗兩次，薇拉遭到公司的斥責，薇拉擔心成員們也會被辭退。然而，小隊的成員們為了鼓舞士氣，正在策劃和薇拉一起開燒烤派對。在屋頂上，薇拉為了探討失敗原因，回顧了和艾斯曼的戰鬥。途中小隊成員看到空中的煙花，想起和雷斯理的回憶而悲傷起來。看到這場面，時雨對薇拉說，不管失敗多少次，也想一起繼續進行作戰。然而，看到充滿人情，關係融洽的小隊成員們，薇拉感到有些不對勁。最終對時雨提出了離隊指令。

時雨在夢裡見到了雷斯理。夢中，兩人討論起了薇拉對計畫如此執著的原因。一覺醒來，就是帶著行李要離開小隊的時候了。離隊的理由，是他曾擅自潛入阿塞拉姆。時雨承認自己的錯誤，但還是覺得有些不對勁。拉利等人為時雨開送別會，大家都說不能接受時雨離隊的理由，也提起了副隊長雷斯理的事，和時雨入隊時與現在的不同，十分熱鬧。另一邊，密探將薇拉等人的計畫傳達給納迪亞，和艾登傳達的情報不同，令納迪亞感到困惑。

送別會結束，回去路上的時雨遇到了受重傷的密探，密探拜託時雨給盧斯塔莫爾隊長傳話“不要讓戒指被奪走”之後氣絕身亡。戒指是戰鬥中的關鍵道具。與此同時，艾登和納迪亞侵入薇拉所在地，艾登和薇拉開始正面交鋒。在戰鬥中，艾登不斷用言語動搖薇拉的意志，這時時雨突然出現，支援薇拉，在混亂中，艾登奪走戒指離去。

而在病症蔓延的同時，被視為是病源的巨大地下世界「Asylum」在南極被人發現。Asylum 有著與地面完全不同的生態系以及未知資源，因此人類為了解決藍道魯夫症候群以及為了取得生態系的基因情報，前往未知的世界展開探險。