在小五郎的帶領下，柯南一行人來到位於太平洋中的美麗小島「神海島」渡假。這座島嶼自古流傳著一則有關於沉沒在海底的古代遺跡「海底宮殿」，以及300年前實際存在的女海盜「安．寶妮」、「瑪莉．麗德」所遺留下來的寶藏傳說。在海底宮殿附近的海底享受潛水樂趣的小蘭和園子，意外遇到了一群正在尋找寶物的寶藏獵人，不料其中一名獵人突然遭到鯊魚群的攻擊，小蘭和園子雖然幸運逃離，但該名獵人最後還是不幸身亡，聞訊趕來的柯南發現這名獵人的死因相當詭異，於是便與灰原一起展開調查。
