劇情接續上集，描述因高大外牆遭到超大型巨人破壞，前往執行修復作戰的艾連一行人，陷入被殘酷巨人無情襲擊的險境。幸賴有「人類最強男子」之稱的調查兵團隊長敷島將他們從危機中解救出來，艾連卻為救出巨人口中的阿爾敏，反被巨人吞噬。就在眾人絕望之際，艾連突然變身謎樣的巨人，開始反擊其他巨人。究竟艾連為何能變身？米卡莎又為何神秘出現？巨人從何而來？人類又為何而戰？人類最終的逆擊即將展開，連串驚人的謎團，也將首度揭曉！