14歲的少女．大戶愛，獨自在深夜散步的途中，被神祕的聲音引導，進而獲得了「奇蹟之蛋」。不知道該如何處置「奇蹟之蛋」的小愛，想要再次前往前一晚到達的地方，卻在打開家門時，不知為何來到了學校校舍。對學校散發出的詭異氣氛感到困惑的小愛躲進了廁所，神祕的聲音再度出現並催促著小愛，「奇蹟之蛋」終於被打破……。

在本尊與分身的聲音引導下，小愛造訪了地下庭園並在那遇見了大量購買奇蹟之蛋的少女．青沼音瑠。小愛對於有著與自己相同遭遇的音瑠很感興趣，卻被對方迴避著。小愛再次獨自來到奇蛋世界，打破奇蛋後出現在眼前的是穿著體操服的少女．鈴原南。接受挑戰的小愛，被本尊與分身告知「必須打敗奇蛋殺手」……。

小愛像平常一樣前往地下庭園購買奇蛋，在返家路上，一名少女．川井梨花突然出現在她面前。梨花和小愛她們一樣，是在奇蛋世界戰鬥的少女，卻在初次見到小愛時就向她借錢，並擅自跟著小愛回家，弄得小愛暈頭轉向。梨花不論對誰都是隨心所欲的態度，讓音瑠相當懷有戒心，梨花卻在住進小愛家時說起自己的過往……。

梨花陷入無法戰鬥的狀態，小愛必須一邊保護未子與真子一邊獨自戰鬥，此時未子與真子向屈居下風的小愛伸出援手……。另一方面，正在另一個的奇蛋世界中戰鬥的是名叫澤木桃惠的少女，奇蛋中的少女們被桃惠正氣凜然的模樣深深吸引，但是少女們對她的愛慕之情，卻讓桃惠想起過去發生的種種……。

小愛、音瑠、梨花、桃惠這4名因奇蛋而相遇的少女，彼此間的友情逐漸加深。4名少女每天都在奇蛋世界奮戰著，音瑠投身戰鬥的次數，更是比其他夥伴多出一倍。凡事冷靜思考，並理性看待的音瑠，與各自懷揣著不同煩惱的少女們相遇，卻無法理解少女們的想法。某日，音瑠、梨花與桃惠前往了小愛家……。

在逐漸習慣戰鬥的4名少女面前，一部分的「假裝沒看見」突變成為「酸民」。酸民的攻擊對象不是奇蛋中的少女，而是小愛等人。面對新型態的敵人，4名少女陷入苦戰，因此本尊與分身給了她們「救援小道具」。在奇蛋世界的戰鬥瞬息萬變，而在現實世界中，小愛的母親．多惠提出了一件大大動搖小愛內心的事……

為了慶祝梨花的生日，小愛等人再次相聚。遲來的梨花一開口便說「請大家聽我抱怨」，並拿出5個疑似是她父親的男人的照片。梨花的母親．千秋曾答應過梨花「上了中學後就讓妳和爸爸見面」卻未實現諾言，對父親的思念與對母親的焦躁感，令梨花開始對人惡言相向，更對勸說她的音瑠與桃惠大發雷霆……。

「哎呀，是新的客人嗎……？」『會來到這裡就表示，妳也有想要奪回的人。』「如果是這樣，那妳只要打破這顆奇蹟之蛋就行了。」『讓我給特地來到這裡的妳一個優惠吧。』「妳問什麼是奇蹟之蛋？」『那是打破之後的樂趣喔。』「不須猶豫。妳只要打破奇蛋就可以了。」『如果沒有勇氣的話，來談談我們4位常客的故事吧。』「要不要帶奇蛋回去……妳聽完再做決定就好。」

某天，音瑠邀請小愛等人到她的公司同時也是住所遊玩，並向她們介紹一位因為某項實驗而陷入長眠，名叫做阿波野壽的少女。不願承認小壽無法再甦醒的音瑠，因為奇蛋中出現了小壽的身影，感到十分錯愕。而小壽託付給音瑠的最後「請求」，竟讓4人的友情產生了嫌隙……。

梨花撞見本尊及分身和音瑠的秘書交談，拼命追問3人之間的關係，也因此知曉了本尊與分身的某個祕密。與此同時，她們收到了來自桃惠的訊息，寫著「我被男生告白，並和他約會了」，突如其來的戀愛話題讓小愛等人非常興奮，桃惠卻莫名地消沉。在少女們的日常生活之外，奇蛋世界中的戰爭卻越演越烈……。

突然出現在桃惠面前的，是奪走派尼克生命的異形怪物「灰芬」。奇蛋世界的變化，也影響到了梨花……。另一方面，對於桃惠及梨花的遭遇還一無所知的小愛，獨自踏進了地下庭園的房屋，在放著龐大資料的房間裡遇到了分身，並得知分身就是日本劍尾魚的創始者，過去也是名科學家。接著，分身開始訴說起以前的故事……。

小愛因聽聞派尼克與萬年的遭遇，在奇蛋世界與酸民戰鬥時，也不打算召喚出雷恩。透過螢幕看著小愛處於弱勢，甚至連奇蛋都無法打破的本尊，替她召喚出雷恩，並指示她以任務為優先。小愛在內心掙扎下打破奇蛋，而在奇蛋內的人以及奇蛋殺手，竟然是……。

音瑠將寵物亞當託付給完成奇蛋世界的任務、並回到現實世界的小愛後，從此失去音訊。擔心音瑠的小愛，前去拜訪音瑠的秘書田邊……。小愛、梨花、桃惠三人完成任務後，對有著些許改變的世界感到困惑。與此同時，小愛從澤木老師口中得知小糸自殺的真相，在各種思緒交錯之下，小愛決定——。