第1話【轉捩點】乾事務所遭受到打著反擴張主義旗號的恐怖組織襲擊。在那些襲擊者之中，有梅雅莉一直在尋找的哥哥維克托的身影。隨著歲月的流逝，十三、梅雅莉及維克托三人間的因緣將會彼此交錯。而這一切很快地，也將為十三的秘密、貝魯聯的企圖與鐵朗的命運帶來巨大的影響…。

第2話【委託人】，梅雅莉和自己的親生哥哥．維克托重逢了。然而現在的他已經不再是梅雅莉所認識的維克托了，這使得梅雅莉感到百思不解。而和維克托曾有過一段很深的因緣的十三也感到驚訝不已。在擊退斯匹茲卑爾根派來的恐怖份子後，十三與梅雅莉為尋找維克托動身前往九星窟。半路上，十三向梅雅莉提起了自己曾受到維克托委託，拜託十三保護梅雅莉的往事。然後，兩人終於抵達維克托的基地。正當十三打算一探維克托真正的意圖時，EMS突然現身了。

第3話【歸宿】十三和維克托在斯匹茲卑爾根的基地內展開了激烈的戰鬥。維克托趁隙接近十三身邊，然後彷彿是在宣示自己的外號「解體者」一般，維克托在轉眼間開始解體十三的身體。在十三的身體開始發出悲鳴時，維克托道出了十三的過去。身體因為遭到拘束而無法動彈的梅雅莉利用出乎意料的方法嘗試脫逃。為了打倒維克托，十三和梅雅莉決定採取某個起死回生的戰術…

第04話【技師】十三和維克托之間的戰鬥終於結束，但EMS的艾比．柯波卻在這時現身了。他為了抓住維克托，將梅雅莉擄為人質，質問維克托的本體的下落。十三雖然介入了兩人的交涉，然而現在的他渾身滿目瘡痍，實在看不出來他能有什麼辦法。但是，十三的身體卻突然變形，變成了沒有人能料想到的模樣…。

第5話【貴腐】與斯匹茲卑爾根之間的抗爭終於告一段落，十三來到了斯卡蕾特的父親經營的理髮店。他拜託斯卡蕾特的父親整修頭部，享受久違的平靜時光。這時，有一位中年男子來到了店內，並由斯卡蕾特負責為他洗頭。而這名男子每當看見斯卡蕾特做出任何行動時都會發出奇怪的叫聲。完全摸不著頭緒的斯卡蕾特為此感到相當困惑，這時梅雅莉也來到了店內，並且對中年男子的言行舉止感到相當的可疑。

第6話【罪跡】一位名叫艾瑪的女性造訪了乾事務所。看見十三的頭也毫無動搖的她表示想拜託十三尋找她的丈夫。她的丈夫叫愛德蒙，和十三一樣都是全身擴張者。在知道丈夫可能打算要危害某人後，決定前來委託十三處理。為了調查有從軍經驗的愛蒙德，十三動身前往復興廳，但卻得知他的情報已被限制閱覽，而十三也從這一點窺見了上層的意圖。

第7話【瘢痕】愛德蒙在尋找的對象是和十三同為槍奴機件的「斐卜」。但是從十三口中道出的出人意表的真相使得愛德蒙震驚不已。而他也道出了自己和斐卜之間的關係。那是大戰即將結束、導致斐卜對愛蒙德產生恨意的一段過往。另一方面，鐵朗和梅雅莉也對槍奴機件與十三之間的關係產生了某個疑問。

第8話【天馬行空】為自己的過去苦惱的鐵朗佔據了十三的身體，來到了夏沃斯基博士的面前。而他正是與貝魯聯共同創造出擴張技術的人物。然後，鐵朗的調和擁有對槍奴機件而言十分重要的某項機能的事實也終於曝光。為了捉拿鐵朗，島津等人將十三團團包圍，而過去曾經敗給十三的島津這時也決定對十三展開復仇。

第9話【變質】，鐵朗為貫徹自己的理想，與夏沃斯基博士展開了對峙。但是，面對將自己擴張體化的博士，鐵朗陷入了苦戰。鐵朗在戰鬥中發動了調和，然而他選擇調和的目標卻遠出乎博士的意料之外。另一方面，十三在擊敗島津後與功木展開了對峙。因為身體因為被功木扎滿了針而無法順暢活動身體的十三被逼入了絕境。但功木此時卻表示十三接下來要對付的敵人是島津。正當十三感到百思不得其解時，島津令人意外的真實模樣曝光了。

第10話【枷鎖】，正當十三與賽文在激烈交鋒時，此時的功木正盤算著該如何處置眼前昏迷的鐵朗。這時，過去的同門師弟克羅涅出現在他面前。如今已處於不同立場的兩人隨即展開了戰鬥。十三在與賽文的戰鬥中回想起昔日的過往，並且將賽文與過去只是個戰鬥道具的自己聯想在一起，正當十三以為戰況對自己有利時，賽文的身體竟然又進一步發生了變化。

第11話【再次扣下扳機】鐵朗對十三使用了調和，並窺見了他在戰爭期間的記憶。那是一段十三和可說是自己同伴的同型槍奴機件之間的悲劇。當十三和鐵朗仍處於昏迷時，克羅涅和賽文展開了戰鬥。過程中貝魯聯的私兵突然介入，使戰況陷入了混亂。而佩芭在得知眼前的眾多市民都在注視著自己後，對賽文下達了一道出人意表的命令。

第12話【冀望】佩芭在小時候，做為一個孤兒被貝魯聯收留，但卻因為擴張處理適性低落的關係即將面臨被「廢棄」的命運。不過，她在最後一刻得到了一個機會。那就是接受為控制槍奴機件所進行的Hands的移植處理、看身體能否有辦法承受的試煉。然後，佩芭和槍奴機件七號機相遇了。他雖然是個強大的兵器，但卻因為不安定的性格，遲遲找不到適合者。