在冬木之地舉行過的聖杯戰爭後10年，追求聖杯之力的七位魔法師與七名從者，再次展開激烈的爭鬥。在魔法師家學淵源下成長的遠坂凜，也打算投身參與父親遠坂時臣所曾經參加過的戰爭。嘗試召喚最強英靈Saber的凜，出現在她眼前的，卻是連本身的名字都不知道的英靈。#00 序幕

10年前冬木市發生的一場大火裡，衛宮切嗣救出了衛宮士郎。某天的放學後，士郎目擊了英靈之間的戰鬥。Lancer察覺了有人目擊到這場不能被他人看見的戰鬥，遵從了御主的命令，要殺士郎滅口。雖然凜救了士郎一命，當天晚上卻又再次被Lancer襲擊。死命抵抗Lancer攻擊的士郎，有個遵從召喚而來的英靈，出現在他的眼前。#01 冬之日，命運之夜

在遭受Lancer攻擊之後，士郎與趕到衛宮家的凜一起前往聖堂教會。由身為監督人的言峰綺禮向士郎說明與聖杯戰爭有關的所有情報。士郎卻因為內容而受到不小的衝擊。不過得知連自己都被牽連的那場火災，就是因聖杯戰爭而起，士郎下了要以御主身份作戰的決心。#02 開幕之刻

離開聖堂教會的凜和士郎，遇見了一個帶著從者，自稱為伊莉亞絲菲爾的少女，擋住他們的去路。在Berserker壓倒性的攻擊力之前，凜與士郎陷入了苦戰。在第一次的戰鬥中，士郎了解到自己有多麼的無力。#03 首戰

為了幫藤姐送便當，士郎與Saber一起前往學校。士郎雖然成功的把Saber的真實身份給蒙混過去，卻不知為何演變成藤姐和櫻也留宿在衛宮家。另一方面，凜不斷四處尋訪瓦斯漏氣事故的現場，因為感應到現場有魔力的殘渣，而斷定這都是Caster幹的好事。#04 戰意之所在

士郎在沒有Saber的隨行之下，獨自一人到學校去。看到士郎這種行為的凜大為光火，在放學後趁著四下無人，對士郎發動攻擊。卻在此時傳來了女性的慘叫聲，於是凜及士郎暫時停火，前往慘叫聲傳來的地點，卻發現…#05 躍動放學後

為了擬定對付潛藏在學校裡其他御主的對策，凜和士郎締結了停戰協議。此時，慎二卻突然表明自己就是Rider的御主，想要尋求士郎的協助。當天晚上，士郎一如往常在倉庫進行訓練，回過神來，卻發現自己身在Caster的據點柳洞寺。#06 海市蜃樓

為了救出士郎，趕到柳洞寺前的Saber，卻被Assassin擋住了去路。無法想像是Assassin職階的劍技，讓Saber屢攻不下，陷入了苦戰。另一方面，士郎所在的柳洞寺中庭，Archer和Caster正對峙著。從他們的對話中，士郎漸漸對Archer起了反感。#07 死鬥的報酬

在結束與Saber的練習之後，士郎去上學了。午休時間再次確認過跟凜的互助關係後，校內所設下的魔法陣突然發動了。使用令咒召喚Saber的士郎，為了要停止魔法陣的運作，而前去找慎二。#08 冬之日，心之所在

為了保護慎二不受Caster的攻擊，Rider因此喪命。凜雖然因此判斷Caster的御主就在學校，卻為了讓士郎和Archer之間的關係不要這麼緊張，決定擇日再擬定對策。另一方面，失去了從者的慎二，為了尋求教會的保護，前去找綺禮。看著對Rider抱怨連連的慎二，綺禮表示有個新的無主英靈…#09 兩人的距離

凜從一成的證言得以確認，葛木就是Caster的御主，當天便與士郎一起訂立襲擊葛木的計畫。士郎看到葛木對凜的偷襲並沒有反擊，而打算行動，Caster卻在此時現身了。士郎對葛木說出Caster殘酷的手段，打算藉此說服葛木，葛木卻在此時揭露了他的本性…#10 第五個契約者

士郎和凜聯手擊退了葛木和Caster，士郎卻因為過度使用魔術，而失去了身體左半邊的知覺。隔天凜因為士郎沒有定時回報，而親自到衛宮家拜訪，卻不知道為什麼就這樣留宿了。看到士郎這樣的症狀，Archer說他也有過這樣的經驗。#11 來訪者翩然降臨

凜留宿的隔天，她提議要出去約會，於是帶著士郎及Saber一同出門。暫時放下戰鬥喘口氣的三人，卻再度遭受Caster的攻擊。Caster以藤姐為人質脅迫士郎成為她的同夥，士郎卻斷然拒絕，被士郎的話語激怒的Caster，將士郎的令咒連同Saber一併奪走了。#12 最後的選擇

襲擊教會並殺害綺禮的Caster，在教會原址的下方建造了新的據點，把Saber囚禁在此處。為了要一舉把Caster陣營消滅，並奪回Saber，凜和Archer擬定了作戰計畫後，便來到教會。原本對自己的計畫信心滿滿的凜，卻突然被Archer陣前倒戈…？#13 決別之刻

士郎與凜正擬定在Saber被完全操縱之前的作戰計劃。這時Caster卻回憶起之前把自己召喚出來的御主。那段Caster被當作魔女而被輕視，心生不滿之下自行解除了契約，並殺害前御主，狼狽地逃到葛木的面前的記憶。#14 科爾基斯的公主

雖然士郎與凜已經來到了艾因茲貝倫城,Berserker和吉爾伽美什兩人,卻早已打得如火如荼。一邊保護伊莉亞,一邊應戰的Berserker,在吉爾伽美什壓倒性的強力寶具前,漸漸趨於劣勢......#15 神話的對決

因為憤怒而不顧凜的制止，士郎衝到吉爾伽美什的面前，吉爾伽美什雖然打算當場解決掉他們，看到凜之後卻決定離開。凜雖然否定了士郎的生活方式，卻換了一個角度重新接受了士郎的想法。＃16 冬之日 願望之形

Archer和Lancer的對戰一發不可收拾。在激戰中,Archer以自己所擁有最強的盾,來對抗使用必殺寶具的Lancer。另一方面,士郎與凜為了在此次作戰中,與Caster分出勝負,而再次前往挑戰。雖然因為實力的差距過大,讓兩人陷入困境,其實凜早就有了因應之策......＃17 暗劍 張牙舞爪

雖然在Caster死後,Archer與她的契約變成無效,Archer卻再度攻擊士郎,企圖殺掉他。Saber試圖窺知Archer的本意而介入其中,但是在無契約的狀態下,無法發揮應有的實力,為了解救陷於困境的Saber和士郎,凜詠唱起締結契約的咒語…＃18 這因緣即為肇始

Archer的真實身份逐漸明朗。不管是現在還是過去,甚至是還看不見的未來，英靈都有可能被召喚。衛宮士郎與自己理想的結果─相信並貫徹自己信念之下的產物「正義使者」，正式面對面了。＃19 理想的終結

想把凜當作聖杯容器的綺禮，和想把凜佔為己有的慎二，都虎視眈眈地向凜逼近。另一方面，士郎面對Archer凌厲的攻勢，只能採取防守的態勢與之周旋。但是士郎之所以不放棄，決定要親眼看到Archer最後抵達的世界。那是他作為一個魔法師的證明－整片的荒野插滿了無數劍戟的固有結界。＃20 Unlimited Blade Works.

為了要消除絕望而戰的Archer,以及為了貫徹自己信念而戰的士郎。在幾次的劍戟相交之下，士郎的敵人已經不再是Archer，而是自己─就算了解到，比起自己要更重視他人是偽善，也相信這絕對沒有錯。#21 answer

士郎他們從吉爾伽美什口中得知聖杯戰爭的真相後,開始擬定前往祭壇所在之處的柳洞寺的作戰計劃。對於士郎提出Saber跟吉爾伽美什的寶具相性不合的說法,凜所提出的對抗手段是.......#22 冬之日,遙遠的歸途

好不容易來到顯現的聖杯之前的士郎和凜,吉爾伽美什卻擋住了他們的去路。同時,Saber正與在山門前迎戰的Assassin對峙著。吞噬了七位魔法師與七位英靈的願望,聖杯戰爭即將迎向結局。＃23 顯現

吉爾伽美什認為士郎是贗品而予以否定。但是士郎卻對自己是贗品,以及想法是偽善這些事情全盤接受。堅定伸張理想的意志,編織出將心靈化為具體的話語。那是完全沒有悔恨,充滿了覺悟的詠唱。以聖杯為中心的故事,勝負即將在此分曉。#24 無限劍製

聖杯戰爭落幕了。接著延續出終章。#25 終章