第1話【最強的世界！】，夢想是製作動畫的高一學生淺草綠，和同學金森沙耶加一同參加動畫研究社的放映會。就在此時，著名精英讀者模特水崎燕向她們搭話。水崎不知為何，被一群黑衣男人追趕。淺草和金森救下水崎，趕走了黑衣人。兩人意外得知水崎的志願是成為動畫家。於是，淺草和水崎的即興合作開始，意氣相投的三人，開始邁向「最強的世界」…。

第2話【映像研 爆炸誕生！】，水崎被家長限制不能加入動畫研究社，於是只能和淺草·金森一同成立能製作動畫的新社團。三人走向了教職員室。因為已經有了動畫研究社，不能說出自己要做動畫的目的。知道老師希望她們開展實拍的社團活動，金森提出以映像研之名製作動畫。於是「映像研」爆炸誕生！3人打開了動畫研究社曾經使用的倉庫，那裡竟有一大片寶藏？

第3話【創造實績吧！】，映像研三人被分配的活動室，是個老舊的倉庫，天花板和牆壁上都是洞。首先需要進行修繕。開始修繕的淺草，幻想著自己在進行宇宙船的修復訓練。三人決定，在「預算審議委員會」上公佈動畫，宣佈自己的社團活動。三人從淺草的素描本上選擇舞臺設定，不斷進行構想。淺草提出戰車的主意。水崎則主張作畫的“演技”。而作為製作人的金森，則為淺草與水崎的創作增加動力。

第4話【握緊手中的開山刀！】，映像研3人正在加緊準備要在預算審議委員會上映的動畫短片。然而工程進度卻遲遲無法推進。淺草使用了各種技術，加入只有風景的鏡頭，重複特寫等等，然而執著於細節的水崎作畫進度大大落後。金森又是威脅又是提出妥協辦法。最終迎來了委員會當天，對方學生會是號稱「別對學生會出手」的存在。映像研究竟能否獲得預算？

第5話【鐵巨人登場！】，淺草在校內發現了可疑機械人人的蹤跡，於是開始追蹤。最後找到的是正在測試機器人動作的學生們，而金森和水崎不知為何也在其中。原來是因為機械人研究社邀請映像研製作要在文化節上映的機器人動畫，主題是「機械人大戰怪獸」。映像研3人為尋找作品靈感，前往據說在芝濱高中創立前就已存在的詭異地下空間進行取景。

第6話【比前作更進一步！】，映像研開始著手製作要在文化節上映的機甲動畫。這次美術社會來協助製作背景。片頭曲由機研社作曲，劇中音樂則交給了水崎的朋友。金森為了改善效率安排電腦。涉及到的人員越來越多，淺草內心開始不安。再加上，收到了關於音響社的情報，金森和淺草前往活動室造訪。在那遇見了守護大量音源的，音響社唯一成員，百目鬼。

第7話【由我來拯救我！】，要在文化祭上映的機甲動畫，製作並未如意進行。由於作畫進度滯後，音響社的百目鬼也無法開始準備音效。主動要求擔任聲優的機研社的小野等人演技爆走，令人非常不安。再加上，美術社的藝術細胞爆炸，導致大量背景需要重做，淺草重新負責。金森對這樣的狀況十分火大，然而負責作畫的水崎，卻無論如何也不願在動作的細節上讓步。

第8話【大芝濱祭！】，文化祭當天早上，現場進行配音，總算是將機甲動畫完成。淺草和百目鬼直到最後還在調整音樂和音效。金森利用精英讀模水崎的知名度，召集觀眾。然而，小野等人也加入的大規模宣傳而被學生會盯上。再加上，一直被水崎隱瞞動畫製作一事的父母，突然來到了文化祭現場！

第9話【目標是彗星-A！】，在文化祭的放映會大獲成功，收到了不少DVD的預定。然而，機甲動畫的利益主要由客戶機器人研究社獲得，映像研獲得的利益少得可憐。金森提出走出學校，參加獨立作品展示販賣會「彗星-A」。金森帶著淺草和水崎不知道去了哪裡。眼前出現了芝濱的街道，複雜的城市規劃結構和水路，以及地下商店。

第10話【各自世界的對立！】，淺草一個接一個地提出想畫的場景，水崎使用SNS定制音樂，金森則策劃聲優試音會——。為迎接獨立作品展示販售會「彗星-A」的新作發表，映像研正一路突飛猛進。然而她們的活動卻被教師們注意到。學生會也警告了校外活動的風險，然而三人還是堅持繼續做動畫。為了定下故事大綱，與音響社·百目鬼一同外出采音。

第11話【各自的存在！】，為了在彗星-A上發表新作動畫，委託手抄本研究社進行DVD複製，然而卻因不正當交易被警備社檢舉。教導主任和學生會對映像研的監視變得愈發嚴格。但金森正在策劃讓學校不得不認可社團活動的策略。另一邊，淺草一直無法確定的敵方設定和故事核心終於敲定。分鏡稿完成，水崎的作畫也進展順利，作品馬上就要完成。

第12話【芝濱UFO大戰！】，發生了SNS上委託的音樂和影像完全不合的問題。大團圓的舞蹈場面，正由水崎配合樣音進行作畫，但如果更換曲子，就無法成立。淺草得出了取消舞蹈場面，直接重做結局的大膽結論。淺草解釋稱，一直對結尾抱有疑問，但只要進行變更，就能更有說服力，於是金森和水崎接受了變更。到了彗星-A當日。映像研新作動畫「芝濱UFO大戰」究竟如何？