太平洋製藥宣傳部為了提升收視率試圖在索羅門群島的法魯島採訪巨大魔神—金剛。另一方面，聯合國派出特勘隊搭乘核能潛艇，探查海上發光的冰山，冰山突然崩裂，原子大怪獸－哥吉拉出現，並且摧毀聯合國的艦艇。於是把牠弄暈帶到日本，但在運送金剛的船遭日本政府攔截，此時金剛也從麻醉中甦醒，從運輸船上跑出來，游向日本，在那須高原初次與哥吉拉對決。打鬥過程中金剛一直被哥吉拉壓倒性的攻勢打得節節敗退，直到下了一陣雨促使金剛體內的電能引發，利用電流攻擊的金剛才得以反敗為勝，最後雙方激烈扭打，波及了熱海古城使之倒塌，到最後雙雙不慎落入海中...