在東京某個位於西國立市的神社內，有三名可疑男子正在密談，此時突然有個戴著面具的黑影男子出現，以武士刀和弓箭瞬間將三人殺害；而在此事件之後，大阪、京都也相繼發生了殺人事件。警方經過調查後發現，被殺害的五人都是出沒於東京、大阪、京都三地，專門偷竊著名佛像及藝術品的竊盜集團「源氏螢」之成員。這個集團以日本歷史上最有名的悲劇武將——源義經的故事《義經記》為師，首腦化名「義經」，部下則以「弁慶」為首，各自以家將之姓名相稱。位於京都的古老寺院——山能寺中的一尊國寶級佛像於八年前遭竊，寺院的住持為了解讀一張謎樣的圖案以得知佛像藏匿地點，於是請來了小五郎幫忙，而柯南、小蘭和園子也因此跟著來到了京都。
