沉睡在麥格納福薩的遠古化石匯聚在一起，變成了一個巨大的怪物-大魔神。 目的地是襲擊東京。這次襲擊，對人類來說是場天災，只有群妖怪物們知道真相和結局。如果這樣下去，世界就會滅亡。能夠阻止這一切的人是渡邊圭，他繼承了傳說中妖怪獵人血統。被選為「拯救世界的英雄」的男孩和與群妖怪物的偉大冒險從現在開始。
