相澤恭平是日本一個名為「搜查」的秘密非政府間諜組織中的刺客。他沉浸在女友因空難而逝去的悲痛之中。此時，「搜查」的領導者三雲涼連絡恭平執行一項緊急任務：拯救一名同僚特工、回收一種被稱為「RDX@」的新型高爆炸性液體，並阻止殘酷無情的極道老大虎月宗次郎及其幫派接管日本。儘管忍者曾被認為已消失在歷史長河中，但這批新型刺客依然存在，他們致力於保護日本及一切正義之事——新一代的忍者即將現身！
