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第1話【石之戰爭的起源】，人類因為神秘的現象被石化了數千年…。獨自一個人在文明滅亡的石之世界（新石紀）甦醒的千空，憑著智慧過人的腦袋和科學的力量，從零開始創造了文明。過程中，為了和企圖以武力壓制科學的獅子王司對抗，千空與科學王國的夥伴們一起完成了諜報戰中最強的武器「手機」！並繼續研發新的科學道具。準備與司帝國開戰的千空，從幻的口中得知了一項祕密作戰計畫…。

第2話【熱線】，石之戰爭終於掀起開戰的幕帷！為了將完成的手機設置在司帝國，必須先抓住司軍的監視員焰。千空製作了驚心動魄的科學道具閃光彈，也就是聲音炸彈誘導焰；但曾是體操選手的焰，動作十分迅速，差一點就抓到她了。在焰追到搬運手機的阿鉻一行人前，千空使用科學追蹤道具追上她。

第3話【來自死者的電話】，抓到司軍的監視員，科學王國與司帝國的「熱線」終於連上了。潛入司帝國當間諜的大樹和杠，睽違一年終於與千空以電話的方式再次聯繫上。另一方面，阿鉻他們被司帝國的弓箭手守衛京羽發現，幻好不容易回到科學王國；立刻開始進行超級機密假莉莉安作戰計畫。先拉監視大樹他們的妮琪入夥吧。

第4話【全軍出擊】，千空和幻用秘密作戰，招攬到司軍的監視者妮琪入夥。妮琪是莉莉安的死忠粉絲，千空和幻打算透過她的斯巴達訓練，企圖增加更多夥伴。然而回到村裡的岩漿，帶來阿鉻被司軍抓走的消息，大家急忙準備去救人。另一方面，被羽京抓到，來到奇蹟洞穴的阿鉻，終於以石神村科學師的身分，與武力為主的司帝國，其領袖照面。