胖虎與小夫正在玩鬥獨角仙，大雄也將爸爸買給他的獨角仙「獨角太郎」加入戰局，結果不僅被兩人輕鬆打敗還被嘲笑，不甘心的大雄於是拜託哆啦A夢去500年前的紐西蘭，捕捉已經絕種的大獨角仙，不料「時光膠」卻不小心將絕種的巨大鳥類「莫亞」給抓了回來。
哆啦A夢和大雄為了不讓牠絕種，於是將不小心抓回來的莫亞帶到專門收容絕種動物的「貝雷加蒙島」。穿越時空到達貝雷加蒙島叢林深處的哆啦A夢與大雄，在此遇到住在叢林裡的洛克洛族及兒時的大助(大雄的爸爸)。哆啦A夢一行人和洛克洛族長老的孫女「可洛」成為好朋友，並且在這個充滿嘟嘟鳥等絕種動物的神秘島嶼上展開探險之旅。
然而此時，為了奪取棲息在貝雷加蒙島、擁有傳說中神秘力量的金色獨角仙「黃金海格力斯」，壞心商人「沙曼」開始襲擊這座島嶼。為了保護動物們及洛克洛族，哆啦A夢等人站了出來！究竟哆啦A夢等人能否守護這座島嶼呢？！