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1997． 全49集 ．保護級 ．HD畫質
熱血動作
日語
4.2
故事開始於8年前的雪夜……天海夫妻在北海道的雪原上遇見謎之機械獅，並從它手中接下一名嬰兒。那名嬰兒便是人類存亡的關鍵。2005年，一架巨大機器人突然出現在東京灣填海地，並以新宿新都心為目標展開襲擊。受此事件波及的孩子們中，便有天海夫妻養育的那名嬰兒——天海護。巨大機器人持續往新宿新都心進攻。對此，秘密防衛組織GGG的機動隊長獅子王凱與機械獅克雷恩出動了。沉眠於GGG機庫的克雷恩，宛如感應到小護的危機而覺醒。獅子王凱與克雷恩融合成為改造人・凱牙，並前往巨大機器人EI02的所在地。凱牙更進一步與我王機體融合，成為重機動機器人・我王凱牙，成功擊破EI02。在將其核心取出，準備破壞它的時候，有人出現制止了我王凱牙。那便是全身環繞光芒的小護。
2年前，天才宇宙人獅子王凱與外星智慧生命體1號——EI01接觸、受了瀕死重傷而成了改造人。現在，凱與EI02站在同一戰場上。我王凱牙打算破壞EI02的核心，小護卻以神秘的力量將它變回了人類。腦核，即為異械金屬，會附身在人體上，利用其陰影將人轉化為異械機器人。雖然城鎮回歸和平，但也受到了極大的被害。驅使未完成的融合程式戰鬥的凱與我王凱牙也受到相當的傷害。回到家裡的小護，也為自己的力量而困惑。此時，以黑臉摔角手為核心的EI03出現了。凱與我王仍在調整，並非最佳狀態。融合途中甚至遭敵方干擾，但仍成功擊退EI03。我王凱牙取出異械金屬時，小護再次出現在他們面前。
兩年前，EI01來襲時，克雷恩救下了凱。日本政府收到克雷恩所發出的警告，進而設立了秘密防衛組織——GGG。小護從克雷恩身上感受到不可思議的親近感，在他的陪同下，小護來到了GGG bay tower基地。小護在基地內受到各式各樣的檢查，但仍然無法判明神秘力量的原因。不過，小護在基地內遇見為改造人機能不足而苦的凱。小護的能力與凱的G石共鳴，進一步拯救了凱。此時，EI04在人口密集地出現了。由於畏懼對市區造成被害，我王凱牙無法展開手腳戰鬥。GGG投入才開發完成不久的超級工具・分割起子。我王凱牙使用該工具扭曲空間展開戰鬥領域，進而擊破EI04。
EI04的本體逃進城鎮了。小護等人努力搜索名為「異械」的逃亡者，卻仍然無法掌握其行蹤。同一時間，小護的父親就職的宇宙開方公社正準備發射太空梭。小護感應到危險正在逼近太空梭，但沒有任何證據。太空梭升空後，如小護所料異械潛藏在其中。但是，GGG派出了前太空梭駕駛員——凱。異械與太空梭合體成了EI05。雖然凱被他排出艙外，但仍成功終極合體，並擊破敵人。
搭載於車輛機器上的2個AI被命名為「冰龍」與「炎龍」。然而，他們因為GS發電器控制不良而無法轉換為車輛機器人模式。就在這時，異械機器人EI06出現了。雖然小護擁有感應異械出現的能力，卻因為玩得太開心而沒注意到，導致凱牙延誤出擊了。
冰龍與炎龍爭吵不斷，同步率也難以上升，進而導致對稱連結遲遲無法成功。此時異械機器人EI07出現於鹿島臨海工業地區，冰龍與炎龍兩人雖然仍在爭執，但仍成功出擊。弁奇儂指揮異械進行作戰。他們的目的是誘導我王凱牙擊敗EI07，將我王凱牙捲入EI07的汽油爆炸中。雖然我王凱牙注意到了對方的意圖，但仍逼不得已使出必殺技地獄與天堂。冰龍與炎龍目睹我王凱牙身陷危機，同步率一路上升至100%，終於成功對稱連結為超龍神。超龍神使用超工具ー中和粒子砲抹消了EI07自爆的衝擊，順利拯救了我王凱牙。
異械人為了將地球機界昇華，而持續使用異械金屬將地球人轉變為異械。其犧牲者所引起的事件至今仍頻繁發生。迷之漆黑300型新幹線在深夜現身，沿線奔馳並散布電磁波，造成附近諸多被害。GGG以米拉塗層作為電磁波對策，派出冰龍、炎龍，以及凱所駕駛的列車我王以捕獲該異械。兩機與一人的合作下，作戰十分順利，但300行新幹線卻變身為異械機器人EI08。面對EI08所釋放的強大電磁波，GGG機動部隊以分割起子及中和粒子砲兩種超工具應戰，並成功擊破EI08。
某天，關東地區的太陽消失了。原因是空中出現了涵蓋廣大範圍的雲狀異械機器人EI09。EI09的目的似乎並非破壞，而是自身的成長。小華等人不巧正好參加熱氣球大會，而被異械連人帶氣球一起吞下。由於EI09體內積蓄有大量氧氣，GGG也不敢貿然攻擊。待擬定好作戰之後才展開行動。作戰內容為隱形我王與凱牙關閉引擎潛入並救出人質，之後以分割起子擊墜敵人，並以中和粒子砲抹消其爆炸。作戰雖然成功了，但凱在作戰時卻在異械內部目擊了神祕的物體。
GGG認為組織對應異械事件太過被動，終於完成了期對策。成功開發了能感應到異械所散發的特殊基本粒子ZO的Z感知器。同時，街上出現了迷之暴走機車。火麻等人認為這應該是異械所為，便逕自取出Z感知器前往調查。Z感知器成功感應到異械，也讓火麻順利逼近異械。但其反應並不安定，也無法找出混入大量機車群的異械。雖然成功遇見異械，但卻讓他逃走了。GGG機動部隊也出動協助捕獲異械，但異械與大量機車融合，成了異械機器人EI10。EI10不斷反覆分離又結合，讓我王凱牙陷入苦戰。新開發的Z感知器也因為敵方散布大量基本粒子ZO而無法確認敵方本體。最終仰賴小護的感知能力，我王凱牙終於找出敵方本體並將其擊破。
異械出現在最新型深海探查艦的入水儀式上。它與深海艦融合成為EI11。不僅如此，還將參加該典禮的小護及小華困在艦中。GGG機動部隊與GGG諜報部協力開始拯救作戰。首先由潛航艦"Marine One"承載多次元諜報潛水艦及我王凱牙出擊。於深海6000公尺處放出我王凱牙，我王凱牙再使用分割起子所創造的彎曲空間繼續往深海追擊。但分割起子在深海只能維持彎曲空間30分鐘。作戰順利進行，我王凱牙成功潛入深海一萬公尺並擊破EI11，但是超過了時限。最終又被小護未知的力量所救。
獅子王麗雄博士與史旺依同前往拜訪博士過往的學生野崎。立地於東苫小牧的巨大粒子加速器「伊索德」，野崎是該設施的實驗主任。但是，野崎其實早已化為異械，並捕獲獅子王博士與史旺兩人。在暗中保護兩人的博爾霍克聯絡下，GGG得知了狀況並立刻派出機動部隊前往現場。凱、冰龍、炎龍、博爾霍克分別從東西南北四個門進攻。然而機界四天王卻出現在他們面前。機界四天王利用巨大粒子加速器「伊索德」產生的大量能源建設異械金屬工廠。我王凱牙擊破伊索德融合而成的異械機器人，成功破壞異械的重要設施。博爾霍克也成功回收了異械金屬。
GGG持續研究之前成功入手的完整異械金屬。勇者們在G石的保護下不會受到異械金屬影響，但一般的機械會被他們吸收。將人類變成異械的，正是這個異械金屬。我王凱牙與超龍神為了準備接下來的戰鬥而進行模擬戰，凱與博爾霍克也持續進行敵我雙方的戰力分析。另一方面，異械人也在為明天的攻防做準備。四天王分為兩派，皮茲與弁奇儂想以綠髮少年小護做為目標，波羅涅茲與普莉瑪達則想優先處理該隱的遺產克雷恩。雙方懷抱各自的想法，各自策畫作戰。
兩年前，來自宇宙的機械獅・克雷恩將G石送給凱，拯救了他的生命。人類從克雷恩的黑盒中發現了各種超科技，得以做好迎擊Extra Intelligence的準備。現在，為了應對異械連番的襲擊，大河長官正向國會闡述對異械人之對策。同時，四天王之一・波羅涅茲正以克雷恩為目標展開作戰。第一步便是趁小護等人正在海上樂園「水上歡樂城」度假時，將他們所乘坐的雲霄飛車轉變為異械。克雷恩為了拯救小護而來，但卻受到異械機器人EI13的猛烈攻擊。此時GGG諜報部的博爾霍克出現，拯救了小護等人。凱也隨後趕上，與克雷恩終極融合後成功打倒EI13。事件結束後，克雷恩等人也一齊撤退。將一切看在眼裡的天海夫妻，卻害怕小護哪天會被克雷恩帶走。
皮茲夢見過去的事。天空掛著三個太陽，大地布滿紅土。他戰敗了，在紅色土地上徘徊。此時，他遇到了弁奇儂，成為了異械人。皮茲打算首先收拾擁有神秘力量的小護。小護他們來到箱根遠足，但卻在當地遭遇濃霧。在異常濃厚的霧中，美軍的戰車及戰鬥直升機出現襲擊小護等人。這是皮茲的計畫。將士兵轉變為異械後，讓他們操作地球兵器葬送小護。濃霧擾亂了電磁波，使內部無法通訊也無法送出求救訊號。GGG也中了異械人的佯攻作戰，被其他地區出現的運輸機異械誘導而沒有注意到小護的危機。暗中保護小護的博爾霍克使出各種特殊能力，成功保護小護，進一步變身為巨型博爾霍克對抗EI14。但在敵方強大的火力下仍陷入苦戰。此時，我王凱牙終於抵達，並成功擊破EI14。
天才猿頭寺耕助，他一人建立了GGG基地的電腦系統。與他競爭開發主任之座的犬吠崎被變為異械。他入侵了GGG Bay tower基地，改寫了系統。因此，正在進行維護的冰龍、炎龍受到嚴重的傷害，主動力爐也幾近暴走。在基地主動力爐即將爆炸之際，博爾霍克勸小護等人先行避難。但小護並不希望自己一人逃至安全地區，而下定決心與博爾霍克一同打倒異械。小護作為GGG特別隊員與博爾霍克一同入侵基地。在他們與猿頭寺的活躍下，成功將犬吠崎趕出基地電腦，困入多次元諜報潛水艦的電腦中。犬吠崎垂死掙扎與我王凱牙的備用零件融合，變身為異械機器人EI15。他破壞了我王凱牙的融合程式，使凱牙無法與我王機體合體。因此，火麻、麗雄、牛山各自駕駛我王機體，成功進行終極融合。雖然EI15力量與我王凱牙相當，也會使用我王凱牙的技能，但仍在眾人的合作下成功擊破敵方。但是，凱在必殺技地獄與天堂的影響下，改造人身體逐漸出現異狀。
接連的戰鬥讓凱過度使用地獄與天堂，他的改造人體已然無法承受。此時，有名大學及升學校連續於正午遭到爆破。GGG判斷此為巨大列車砲所進行的長距離砲擊，下一個目標即為東京大學。超龍神捨身保護東大免於砲擊，博爾霍克則藉機算出砲擊位置。GGG擬定作戰計畫，暗中送出克雷恩與我王機體。凱治好身體並出擊，在EI16的眼前進行終極融合，以分割起子來抵銷砲擊的威力，並用肉搏戰成功擊破EI16。
使用超工具．分割起子伴隨著巨大的風險，敵我雙方都已然注意到這點。普莉瑪達打算利用它的風險，派出EI17襲擊大阪。凱製造出空間彎曲領域，不顧身體負擔使用地獄與天堂成功擊敗EI17。此時空間彎曲機械出現吞噬了我王凱牙。我王凱牙無法掙脫束縛，如果空間彎曲領域就這樣收束，那麼包含我王凱牙在內，大阪一帶都將消滅。為了解除這次的危機，由美國獅子王雷牙博士所打造的普萊亞士出擊了。普萊亞士合而為一變成超工具・空間修復鉗。我王凱牙與其工具連結後，藉由其空間修復能力成功關上空間裂縫。
反覆使用地獄與天堂之下，凱的改造人身體已經累積了巨大的傷害。GGG連忙開發新的G工具以作為我王凱牙的新戰力。某天，位在GGG Bay Tower基地上層的宇宙開發公社發生了異常狀況。職員們伴隨著異常的言行開始破壞設施。在公社內待機的命也突然襲擊凱。一切都是微米尺寸的異械所引起的事件。GGG使用超短波解開微米機器人對職員們的洗腦，但是微米異械進化成了集合體異械機器人EI18。凱終極融合成為我王凱牙，並使用了長官禁止的地獄與天堂。然而，那正是皮茲的目的。
我王凱牙陷入皮茲的圈套被異械金屬直擊。敵人更進一步利用地獄與天堂的能量創造出超新星，將我王凱牙一併吞入其中。超新星飽含大量的能量，已然可謂地上的太陽。其真面目正是之前在伊索德內破壞的異械金屬工廠。GGG不遺餘力展開我王凱牙救出作戰。同時，小護及博爾霍克開始搜索消失的EI18的異械金屬。超龍神不惜全身重傷，成功救出我王凱牙。博爾霍克也對企圖保護異械金屬的皮茲展開奇襲。為了完全消滅超新星，GGG終於核准使用G工具黃金雷神槌，在它的威力下成功消滅超新星。然而，我王凱牙的機體也無法承受其反作用力。
G工具黃金雷神槌想像，但我王凱牙也因此承受巨大的損傷。GGG只能儘快開始工具的改良工程。另一方面，弁奇儂企圖先行收拾以各種不可思議的力量干擾他們作戰的小護。他將小護的學校切離外界，並讓化為異械的教官襲擊小護。在封閉空間內，電話打不通、小護的呼叫器也無法正常運作，使他無法與GGG取得聯絡。小護等人只能孤身奮戰。博爾霍克在校外巡邏時雖然被立體投影瞞過一回，但總算識破了異械的詭計，讓GGG出動了。救出受困的孩子們後，為了使用仍未完成改良的黃金雷神槌，GGG機動部隊的勇者們以巧妙的合作對抗EI19。GGG將普萊亞士用作衝擊阻尼器揮下黃金雷神槌，成功擊破EI19。
GGG為了減輕黃金雷神槌對我王凱牙的機體負擔而努力進行改良。為此開發了嶄新的勇者機器人，成為足以承受黃金雷神反作用力的強健右手。在此同時，成功控制重力的天才科學家平田昭子卻被變為異械。平田昭子所變身成的異械機器人EI20擁有控制重力的力量。他引起重力異常，帶著極高的重力接近坐擁GGG Bay Tower秘密基地的G島市。冰龍、炎龍前往調查地下交通事故，卻也受強力重力所困。千鈞一髮之際，一名勇者機器人在EI20的重力下也能正常行動。正是方才完成的黃金雷神。黃金雷神在EI20的重力控制能力下陷入苦戰，但仍成功破壞對方的重力控制機關，系統轉換後與我王凱牙工具連結。獲得強力右手的我王凱牙使用新必殺技天堂與地獄重槌，成功打倒異械機器人EI20。
異械機器人EI21出現在美軍基地的展覽上。他與轟炸機融合，得以自由在空中飛翔。前往觀展的軍事迷菖蒲與陪他來訪的小華一同受困在EI21之中。EI21使用猛烈的轟炸攻擊，GGG機動部隊卻顧慮人質而無法貿然攻擊。黃金雷神擅自開始行動，雖然成功攀到EI21機上，卻仍被他甩了下來。我王凱牙的破壞爆裂也被阻止，所有的必殺技都被封印了。此時，原以為已經停止運作的黃金雷神，也在他頑強的機體下毫髮無傷。我王凱牙因此得以使用必殺技地獄與天堂，成功戰勝EI21。
美國NASA正在進行新型機器人的實驗。太空中的實驗順利成功，開發主任獅子王雷牙博士動身前往日本。但是，在潛水艇秘密運輸時，艦隊遇上暴風雨，運輸貨櫃沉入海中。雖然GGG立刻打撈起貨櫃，但貨櫃內的新型機器人已不見蹤影。同一時間，一架開朗的機器人出現在參加無線機器人大賽的小護等人面前。他正是逃出雷牙博士的潛水艇的新型宇宙機器人麥克。麥克憑一己之力登上了G島。他轉瞬之間就與小護打好關係。EI22引起暴風雨，逐漸逼近G島。雖然麥克勇敢地挺身而出，但一瞬間就被擊敗。我王凱牙與黃金雷神趕到，並將異械機器人EI22擊敗。
新型機器人麥克個性相當開朗，與GGG的勇者機器人們也很快就打好了關係。勇者機器人們向麥克說明至今活躍的各種特殊能力。麥克失落的自嘲自己是沒用的機器人，但他身上其實藏有巨大的秘密。深夜，麥克連接到GGG的資料庫，暗中複製了GGG至今的戰鬥資料。某天夜晚，凱及小護前來觀賞遊樂園的電子遊行，麥克卻出現在大伙面前。看到麥克與小護交好，凱也只得苦笑。此時，皮茲發動了攻擊。巨大遊艇倒下。小護碰上了巨大的危機，此時拯救了他們的是一台謎之機器人，小護暗自察覺了它的真面目。
麥克之謎尚未解明，獅子王雷牙博士等人卻決定返回美國。麥克並不想與小護等人分離，偷偷從運輸機逃回日本。此時，異械機器人EI23與EI24出現了。GGG機動部隊的勇者機器人受到兩體異械機器人的聯合超音波攻擊，相當於人體血液的G液體迅速蒸發，讓勇者們無法動彈。當大河下定決心使用秘密武器彈丸X時，麥克勇敢地向敵人突擊，但仍不敵異械機器人，輕而易舉地就被擊敗了。那一瞬間，麥克成功系統轉換為音波機器人，使用孤波打倒異械機器人，解除了小戶等人與GGG的危機。
經過再三的作戰失敗、工廠也遭到破壞，異械人們終於只剩下一個異械金屬。帕斯達指使波羅涅茲與普莉瑪達進行新計畫，並讓皮茲與弁奇農負責佯攻以擾亂GGG的行動。這次變為異械的人是在海上失去了父親的少年透。異械機器人EI25襲擊在海邊遊玩的小護等人。他將孩子們逐一吞入並列空間。博爾霍克雖然也被其吞噬，但在它的靈機一動下，成功留下給GGG的線索。我王凱牙與小護發現博爾霍克留下的噴射扣環消失在半空中，進一步以次元修復鉗成功進入並列空間。他們成功救出同學，並打倒EI25。無須小護淨解，核心就自己變回了人形。雖然成功解決了事件，但異械人卻也成功引走GGG的注意。
異械人失去了所有異械金屬，終於決定實行最終計畫。波羅涅茲與普莉瑪達親自成為異械機器人EI28與EI29，將東京都中心封印到多層障壁「Contra Fall」內。小護等人正好前往東京鐵台校外教學，因此也受困在障壁內，與一千萬東京都民一起成了人質。面對這前所未見的危機，GGG傾全戰力展開突擊作戰。皮茲與弁奇儂也變身為EI26與EI27迎擊GGG。勇者機器人們連續使用各種超工具，逐一解除Contra Fall的四層構造，最終成功將我王凱牙送入障壁內。然而我王凱牙在裡面卻目擊了不可置信的光景。
我王凱牙進入Contra Fall之後，發現首都全域都已成為異械金屬工廠。我王凱牙奮力攻擊波羅涅茲與普莉瑪達，解除了Contra Fall。至此，機界四天王與勇者機器人的壯烈決戰終於揭開了序幕。博爾霍克與弁奇儂同歸於盡，消失在爆炎之中。我王凱牙則成功擊敗皮茲。超龍神不惜滿身創傷，成功捨身阻止波羅涅茲與普莉瑪達。但是，異械金屬即將完成。這樣下去全部東京都民都會變成異械！千鈞一髮之際，麥克解除了限制，發動光碟X！
麥克使用光碟X發出孤波攻擊，將異械金屬逐一破壞。才以為東京得救了，沒想到這竟是下一場恐懼的開端。帕斯達囚禁潛入地底的小護，還稱小護為「該隱所造的破壞兵器」。克雷恩與凱為了救出小護，也動身前往地底。但沒想到皮茲仍未陣亡。他阻擋在凱面前，向凱挑起最後決戰。凱還未能與皮茲一決雌雄，兩人便來到帕斯達面前。皮茲與凱交手時逐漸回想起身為戰士的尊嚴，替凱擋下帕斯達的攻擊而倒下。帕斯達也終於露出真面目。正是凱的宿敵EI01！
EI01帕斯達終於露出了真面目，揭開了最終決戰的序幕。它吸收了全東京的能量，企圖逃往外太空。勇者機器人們為了阻止EI01而發動總攻擊，但ES發電機的能量卻被EI01抵銷。凱在力竭之前發出申請，才終於讓大河下定決心使用彈丸X。彈丸X是GGG的最終兵器，可以一口氣釋放封印在G石內的能量。勇者機器人們發揮出超越極限的能力對抗EI01。終於，我王凱牙揮下黃金雷神槌，帕斯達隨光而逝。但是，彈丸X是以勇者的生命為交換而得的力量。勇者們絕命危機當前，小護的淚水喚起了奇蹟！
與異械人的戰鬥畫下句點，地球終於重獲和平。目送雷牙博士與麥克回國後，小護卻掛心失蹤的同學戒道。此時，嶄新的強敵逐漸逼近眾人。凱與命正在享受一時寧靜。此時謎之巨大物體飛來攻擊GGG Bay Tower基地。我王凱牙被他強大的力量壓制，基地也遭敵人破壞。眾人無能為力，即將被擊倒時，一台巨大戰艦出現在我王凱牙面前。白色戰艦J方舟變形為巨大機器人王者傑達，轉瞬之間就擊敗強敵。更令人震驚的是，失蹤已久的戒道散發著紅光從王者傑達之中現身。
戒道從王者傑達之中現身，將謎之敵方核心淨解而後離去。此時，巨大的全域雙體補修艦「天照」出現在眾人面前。天照收容我王凱牙之後，小護與凱在艦內得知新敵人「機界31原種」來襲。凱與天照一起來到建設於衛星軌道上的GGG新基地「歐比特基地」，並在該處與命重逢。聯合國直屬新生GGG第一次作戰便是迎擊襲擊地球的機界31原種。麥克部隊派出全部13架機體，但仍陷入苦戰。此時J方舟出現，在他的助力下總算殲滅敵人。但是GGG未能分解原種核心，只能看著28顆原種核心入侵地球。
小護等人在歐比特基地參觀分部艦系統。之前小護所淨解的科學家們，都參與了基地的開發。另一方面，仍無法尋獲墜落地球的28體原種核心。雖然勇者機器人們機體已經修復完成，但AI卻仍未復甦。因為戰鬥範圍擴張到全球，GGG也向大眾公布其存在，已然不是秘密防衛組織。小護回到地球時，之前下落不明的戒道突然出現在小護面前，甚至邀請他進入J方舟。在裡面，小護見到了之前的強敵皮茲。他現在名為索爾達特J，負責指揮J方舟。此時戒道感應到了原種，便指揮J方舟趕到北極海。抵達現場時，他們發現巨腳原種ZX-04佔領了海上油田。但是在原種的絕對零度攻擊下，J方舟沉入了冰點下的海中。
戒道等人的目的是收集淨解原種核心之後可以獲得的原種水晶。皮茲遇到覺醒後的亞爾瑪，取回索爾達特J的身分一同對抗原種。「你的記憶被封印了」小護則因為戒道的這麼一句話而動搖。另一方面，我王凱牙面對巨腳原種ZX-04陷入了苦戰。我王凱牙身陷絕境之中，空中則出現了極光，正是范艾倫輻射帶消失的徵兆。此時，博爾霍克、冰龍、炎龍、黃金雷神復甦之後長驅而來。勇者軍團以超引科技引擎進一步強化，眾人合作之下終於擊敗巨腳原種。但是小護無法淨解原種核心，只能讓J方舟取走了。
為了指導新型車輛機器人風龍與雷龍的AI，冰龍與炎龍在凱、獅子王麗雄博士的陪同下前往中國。但是，脊椎原種ZX-05與萬里長城融合之後復活了。冰龍與炎龍立刻前往現場戰鬥，但是同行的風龍與雷龍優先進行戰鬥，導致許多觀光客被ZX-05囚禁。這是由於開發他們的楊博士對他們施以軍事教育，也使他們與優先救助人命的炎龍、冰龍發生衝突。此時，大河長官拜訪天海家，向天海夫婦說明了小護擁有的能力，並詢問他們是如何與小護相遇的。小護因為無法淨解原種核心而失落，但在博爾霍克的激勵下振作前往中國。受困的觀光客逐一變為異械，與脊椎原種一同現身。雖然冰龍、炎龍也迅速趕往現場……
脊椎原種ZX-05與萬里長城融合。他將末端延伸至成層圈，並吸收地函的能量準備攻擊歐比特基地。勇者機器人們為了阻止它而兵分兩路。我王凱牙從宇宙攻擊脊椎原種ZX-05、而冰龍等人則在地面阻擋異械機器人。我王凱牙在一番激戰之後成功破壞脊椎原種本體。另一方面，超龍神為了救助民眾而奮戰。風龍與雷龍受其感動，終於成功對稱連結，變身為擊龍神拯救民眾。但是逃向地底的原種核心再次被王者傑達奪走。
在冰龍與炎龍的影響下，風龍與雷龍漸漸理解勇者之心。楊博士也體悟到了這點，便決定將兩人調職至GGG。GGG對J方舟與戒道的興趣仍然不減。在調查戒道的出身時，發現他與小護相同，是在八年前被戒道夫人收養的孩子。GGG獲得風龍雷龍兩大新戰力，為了解開謎團而開始新實驗。他們將天海夫妻所持有的G石項鍊交還給小護，並讓小護嘗試接觸克雷恩的黑箱。但是GGG並未從此實驗中獲得他們所預期的新情報。小護為此失落。但在他獨自面對克雷恩時，眼前卻突然浮現空中高掛三顆太陽的星球景色。
頭腦原種ZX-06與太空梭融合，成功進擊至衛星軌道上。他在太空中開啟了直連小行星帶的ES窗口，從小行星帶召來無數的小行星，讓他們像隕石群般往地球墜落。GGG機動部隊為了阻止隕石群而死命擊墜它們。在戰鬥中，ZX-06對我王凱牙使用精神攻擊。此時，謎之少女出現在凱的視線中，拯救了凱。我王凱牙成功脫離危機，擊敗了ZX-06。小護也在該隱的協助下解放了新的力量，成功淨解原種核心。但是，超龍神為了將超巨大隕石推回ES窗口內，與隕石一同消失在ES窗口另一側。
機界31原種中最強的七位個體開始行動了。它們與七支軍艦合體成為原種艦隊，包圍了歐比特基地。小華等人前往軍港觀賞軍艦時，也受困在其中一支原種體內。原種們的目的是奪取GGG持有的原種核、殲滅GGG，以及抹殺克雷恩和王者傑達。原種們使用它們的特殊能力，將自己分解成0.02毫米的粒子穿過障蔽縫隙潛入歐比特基地。經過一番激戰，凱被敵方攻擊拋至太空。此時拯救了凱的又是之前那位少女。凱成功回歸戰鬥對抗原種。但是，與腕原種有著深厚淵源的索爾達特J也出現了。索爾達特J與腕原種激烈戰鬥，在此同時其他7原種卻已經佔領了主指令室。
原種們被小護釋出的G力壓制，只能撤出主指令室。這回它們打算將動力爐改造成異械金屬工廠。小護感應到受困的小華，便與克雷恩一同前往救助。但是，腸原種正在那裏等待他們。戒道也趕緊前來支援小護。小護從腸原種口中得知自己並非地球人，而是該隱之子拉提歐；戒道幾巳則是以小護為原型所造的生物兵器「亞爾瑪」。在小護與戒道的合作下，兩人成功救出小華等人。但是戒道看到腸原種與自己母親融合而動搖，因而被捕。另一方面，麥克使用針對原種核心的光碟X成功阻止動力爐變為金屬工廠。原種們撤出歐比特基地，重新與戰艦融合。GGG判斷現在正是時候反擊，並派出艦隊回擊。
GGG派出分部艦隊對抗原種艦隊。戒道被敵人擄為人質，索爾達特J與超級戰艦J方舟也因此參戰。經過一番激鬥，GGG等人成功擊破肝原種，並由小護淨解，讓原種們失去再生能力。剩下的原種們融合，成為巨大的合體原種。在六種特殊能力的集中攻擊下，我王凱牙也陷入了苦戰。此時謎之少女再次出現，給予凱勝利的啟示。凱利用格林螺鑽做出透鏡狀的歪曲空間，藉此集中孤波打倒合體原種。GGG等人救出受困的戒道，此時卻發現收回的原種核心中並不包含腸原種與腕原種。
超龍神將巨大隕石推回ES窗口內之後便消失了蹤影。然而小護等人卻在6500萬年前的地層中挖掘出超龍神。機體風化相當嚴重，但核心AI與GS發電器在未知力量的保護下僅只是陷入沉眠。同時，我王凱牙在護送異械水晶時遭遇王者傑達。兩者由於水晶而爭鬥，卻被原種坐收漁翁之利，使兩人同時無法動彈。風龍與雷龍出動以迎擊出現埃及的腕原種，腸原種此時卻同時出現在墨西哥。
在小護的祈求下，超龍神從沉眠中復甦了。為了協助風龍與雷龍，超龍神解除了對稱連結。冰龍前往埃及、炎龍則前往墨西哥。冰龍炎龍當時推著隕石穿過ES窗口後，在木星遭遇了未知能量「The Power」。在The Power的力量之下，兩人被送回遠古地球。冰龍與炎龍獲得了The Power的力量，成功與風龍、雷龍合體。幻龍神面對腕原種與胃原種合體而成的合體原種，而強龍神則面對腸原種與鼻原種合體而成的合體原種。在麥克的光碟M之下，我王凱牙與王者傑達也重獲自由參與戰局，一口氣打倒了合體原種。戒道成功淨解腸原種救出了母親，但又再次讓腕原種脫逃了。
小華目擊了小護散發光芒進行淨解。「你是外星人嗎？」小華在苦惱之際向小護追問，小護一時語塞無法回應。此時，電視局的製作人變為異械，干擾了全世界的電波。GGG機動部隊立刻出擊，但是由於人質及異械強力的電波攻擊而陷入苦戰。小華與菖蒲由於播放內容異常而前往電視局，也一同成了人質。小護正與雙親一同享受溫泉旅行，但其腦中仍然為小華的詢問而苦惱。他在雙親的鼓勵下決心前往戰場，我王凱牙也在小護的協助下打倒異械。小護向小華坦白自己的身分，而小華也坦然接受了。但是，原種的最終作戰已然成功。J方舟從ES窗口中出現，艦內卻只有戒道一人不省人事。
聖誕夜。小護在雙親的目送下前往宇宙。原種利用電視局異械進行擾敵，成功在木星啟動最終計畫。傑達在木星遭受原種們的猛攻，決定一人殿後，讓戒道與J方舟逃向地球。我們終於得知，若是集齊31個異械水晶，就能構成原種本體「Z主體」。它是控制全宇宙的異械、異械人的程式系統。GGG為了拯救全地球人類而前往木星，但是原種已經在木星設好陷阱等待GGG。當GGG艦隊穿越J方舟所造的ES窗口時，就在原種們的計謀下受困於克萊因場中。但是，GGG艦隊與J方舟合作，成功讓傑達逃出克萊因場。在王者傑達的活躍下GGG也重獲自由。但獅子王麗雄博士受到翼原種的攻擊，於木星葬送了生命。
獅子王麗雄與他的妻子「絆」重逢。她在木星殞命後，因The Power之力而變為精神生命體，無數次解救了凱的危機。凱在眼前目擊父親獅子王麗雄墜落，我王凱牙也追在麗雄之後墜入木星。在凱意識矇矓時喚醒他的，是保存在克雷恩之中的該隱複製人格。該隱闡述自己是小護真正的父親，並將一切都託付給了凱。我王凱牙藉The Power的力量重獲新生，其他勇者機器人也利用The Power戰勝原種。但是，當勇者們的勝利就在眼前時，腕原種藉The Power的力量與心臟原種合體。他們奪走J方舟體內的29個異械水晶，成為完全體Z主體，並開始向地球散部異械粒子。
在Z主體的強大力量之下，分部艦「須佐」與「伊邪那岐」陸續遭到擊墜，麥克部隊也僅剩十三號一人倖存。就在即將敗北之際，命成功分析Z主體體內的能量流向，找出它從木星吸收The Power的吸收點。僅存的辦法，就是乘著The Power的流向與J方舟一同潛入Z主體體內。勇者機器人們將下最後的豪賭。雖然眾人成功潛入Z主體體內，但至今的31原種全在裡面等待眾人。勇者機器人們一路奮戰並前往Z主體中樞的心臟原種。一同抵達心臟原種的王者傑達使用毀滅之力讓The Power暴走，使Z主體從內部崩壞。勇者們也成功脫離。
小護淨解了集結了所有異械水晶的Z主體，使全宇宙的異械停止運作。王者傑達在Z主體一戰中摧毀，GGG艦隊花費三個月回歸地球。所有人都認為與異械的戰鬥已經結束，得以喘一口氣。凱與命來到EI01墜落時喪生的雙親墓園報告和平，但命卻在墓前昏倒了。將命帶回歐比特基地讓她休息，此時她卻發出奇聲變形為異形般的存在。命成為了機界新種，無止境地吸收歐比特基地的能量。機界新種與天照合體降落至地球。地球難道就會這樣物質昇華嗎？
三年前EI01墜落時，它在命體內注入了機界種子。致使命現在變身為機界新種。新種打算將地球物質昇華，其性質甚至超越機界昇華。歐比特基地失去能量，無法順利運作。GGG將勇者們的AI及GS發電器裝到我王機體上，計算出飛行軌道，使勇者成功降落地球。小護及克雷恩正在地表與機界新種對峙，但新種實在太過強大。此時，凱與我王機體參與戰局。凱與搭載了勇者機器人AI的我王機體終極融合，成為了集結勇者軍團之力的我王凱牙。但是最強的我王凱牙也難以擊敗新種機器人。我王凱牙不惜戰鬥至機體破碎，成功拔出機界新種的核心。但是小護在戰鬥中耗盡力量，無法淨解核心拯救命。「殺了我吧」命在核心內懇求凱。凱抱著對命的感情，緩緩念出淨解咒語，引發了奇蹟。命變回了原樣，凱也變回人類肉體。金屋子與卡本特部隊逐步修復街道，這次和平真正來訪了。小護與雙親及友人約定自己一定會歸來，便在克雷恩的陪伴下，踏上拯救宇宙中受苦的人們之旅。
1997． 全49集 ．保護級 ．HD畫質
故事開始於8年前的雪夜……天海夫妻在北海道的雪原上遇見謎之機械獅，並從它手中接下一名嬰兒。那名嬰兒便是人類存亡的關鍵。2005年，一架巨大機器人突然出現在東京灣填海地，並以新宿新都心為目標展開襲擊。受此事件波及的孩子們中，便有天海夫妻養育的那名嬰兒——天海護。巨大機器人持續往新宿新都心進攻。對此，秘密防衛組織GGG的機動隊長獅子王凱與機械獅克雷恩出動了。沉眠於GGG機庫的克雷恩，宛如感應到小護的危機而覺醒。獅子王凱與克雷恩融合成為改造人・凱牙，並前往巨大機器人EI02的所在地。凱牙更進一步與我王機體融合，成為重機動機器人・我王凱牙，成功擊破EI02。在將其核心取出，準備破壞它的時候，有人出現制止了我王凱牙。那便是全身環繞光芒的小護。
2年前，天才宇宙人獅子王凱與外星智慧生命體1號——EI01接觸、受了瀕死重傷而成了改造人。現在，凱與EI02站在同一戰場上。我王凱牙打算破壞EI02的核心，小護卻以神秘的力量將它變回了人類。腦核，即為異械金屬，會附身在人體上，利用其陰影將人轉化為異械機器人。雖然城鎮回歸和平，但也受到了極大的被害。驅使未完成的融合程式戰鬥的凱與我王凱牙也受到相當的傷害。回到家裡的小護，也為自己的力量而困惑。此時，以黑臉摔角手為核心的EI03出現了。凱與我王仍在調整，並非最佳狀態。融合途中甚至遭敵方干擾，但仍成功擊退EI03。我王凱牙取出異械金屬時，小護再次出現在他們面前。
兩年前，EI01來襲時，克雷恩救下了凱。日本政府收到克雷恩所發出的警告，進而設立了秘密防衛組織——GGG。小護從克雷恩身上感受到不可思議的親近感，在他的陪同下，小護來到了GGG bay tower基地。小護在基地內受到各式各樣的檢查，但仍然無法判明神秘力量的原因。不過，小護在基地內遇見為改造人機能不足而苦的凱。小護的能力與凱的G石共鳴，進一步拯救了凱。此時，EI04在人口密集地出現了。由於畏懼對市區造成被害，我王凱牙無法展開手腳戰鬥。GGG投入才開發完成不久的超級工具・分割起子。我王凱牙使用該工具扭曲空間展開戰鬥領域，進而擊破EI04。
EI04的本體逃進城鎮了。小護等人努力搜索名為「異械」的逃亡者，卻仍然無法掌握其行蹤。同一時間，小護的父親就職的宇宙開方公社正準備發射太空梭。小護感應到危險正在逼近太空梭，但沒有任何證據。太空梭升空後，如小護所料異械潛藏在其中。但是，GGG派出了前太空梭駕駛員——凱。異械與太空梭合體成了EI05。雖然凱被他排出艙外，但仍成功終極合體，並擊破敵人。
搭載於車輛機器上的2個AI被命名為「冰龍」與「炎龍」。然而，他們因為GS發電器控制不良而無法轉換為車輛機器人模式。就在這時，異械機器人EI06出現了。雖然小護擁有感應異械出現的能力，卻因為玩得太開心而沒注意到，導致凱牙延誤出擊了。
冰龍與炎龍爭吵不斷，同步率也難以上升，進而導致對稱連結遲遲無法成功。此時異械機器人EI07出現於鹿島臨海工業地區，冰龍與炎龍兩人雖然仍在爭執，但仍成功出擊。弁奇儂指揮異械進行作戰。他們的目的是誘導我王凱牙擊敗EI07，將我王凱牙捲入EI07的汽油爆炸中。雖然我王凱牙注意到了對方的意圖，但仍逼不得已使出必殺技地獄與天堂。冰龍與炎龍目睹我王凱牙身陷危機，同步率一路上升至100%，終於成功對稱連結為超龍神。超龍神使用超工具ー中和粒子砲抹消了EI07自爆的衝擊，順利拯救了我王凱牙。
異械人為了將地球機界昇華，而持續使用異械金屬將地球人轉變為異械。其犧牲者所引起的事件至今仍頻繁發生。迷之漆黑300型新幹線在深夜現身，沿線奔馳並散布電磁波，造成附近諸多被害。GGG以米拉塗層作為電磁波對策，派出冰龍、炎龍，以及凱所駕駛的列車我王以捕獲該異械。兩機與一人的合作下，作戰十分順利，但300行新幹線卻變身為異械機器人EI08。面對EI08所釋放的強大電磁波，GGG機動部隊以分割起子及中和粒子砲兩種超工具應戰，並成功擊破EI08。
某天，關東地區的太陽消失了。原因是空中出現了涵蓋廣大範圍的雲狀異械機器人EI09。EI09的目的似乎並非破壞，而是自身的成長。小華等人不巧正好參加熱氣球大會，而被異械連人帶氣球一起吞下。由於EI09體內積蓄有大量氧氣，GGG也不敢貿然攻擊。待擬定好作戰之後才展開行動。作戰內容為隱形我王與凱牙關閉引擎潛入並救出人質，之後以分割起子擊墜敵人，並以中和粒子砲抹消其爆炸。作戰雖然成功了，但凱在作戰時卻在異械內部目擊了神祕的物體。
GGG認為組織對應異械事件太過被動，終於完成了期對策。成功開發了能感應到異械所散發的特殊基本粒子ZO的Z感知器。同時，街上出現了迷之暴走機車。火麻等人認為這應該是異械所為，便逕自取出Z感知器前往調查。Z感知器成功感應到異械，也讓火麻順利逼近異械。但其反應並不安定，也無法找出混入大量機車群的異械。雖然成功遇見異械，但卻讓他逃走了。GGG機動部隊也出動協助捕獲異械，但異械與大量機車融合，成了異械機器人EI10。EI10不斷反覆分離又結合，讓我王凱牙陷入苦戰。新開發的Z感知器也因為敵方散布大量基本粒子ZO而無法確認敵方本體。最終仰賴小護的感知能力，我王凱牙終於找出敵方本體並將其擊破。
異械出現在最新型深海探查艦的入水儀式上。它與深海艦融合成為EI11。不僅如此，還將參加該典禮的小護及小華困在艦中。GGG機動部隊與GGG諜報部協力開始拯救作戰。首先由潛航艦"Marine One"承載多次元諜報潛水艦及我王凱牙出擊。於深海6000公尺處放出我王凱牙，我王凱牙再使用分割起子所創造的彎曲空間繼續往深海追擊。但分割起子在深海只能維持彎曲空間30分鐘。作戰順利進行，我王凱牙成功潛入深海一萬公尺並擊破EI11，但是超過了時限。最終又被小護未知的力量所救。
獅子王麗雄博士與史旺依同前往拜訪博士過往的學生野崎。立地於東苫小牧的巨大粒子加速器「伊索德」，野崎是該設施的實驗主任。但是，野崎其實早已化為異械，並捕獲獅子王博士與史旺兩人。在暗中保護兩人的博爾霍克聯絡下，GGG得知了狀況並立刻派出機動部隊前往現場。凱、冰龍、炎龍、博爾霍克分別從東西南北四個門進攻。然而機界四天王卻出現在他們面前。機界四天王利用巨大粒子加速器「伊索德」產生的大量能源建設異械金屬工廠。我王凱牙擊破伊索德融合而成的異械機器人，成功破壞異械的重要設施。博爾霍克也成功回收了異械金屬。
GGG持續研究之前成功入手的完整異械金屬。勇者們在G石的保護下不會受到異械金屬影響，但一般的機械會被他們吸收。將人類變成異械的，正是這個異械金屬。我王凱牙與超龍神為了準備接下來的戰鬥而進行模擬戰，凱與博爾霍克也持續進行敵我雙方的戰力分析。另一方面，異械人也在為明天的攻防做準備。四天王分為兩派，皮茲與弁奇儂想以綠髮少年小護做為目標，波羅涅茲與普莉瑪達則想優先處理該隱的遺產克雷恩。雙方懷抱各自的想法，各自策畫作戰。
兩年前，來自宇宙的機械獅・克雷恩將G石送給凱，拯救了他的生命。人類從克雷恩的黑盒中發現了各種超科技，得以做好迎擊Extra Intelligence的準備。現在，為了應對異械連番的襲擊，大河長官正向國會闡述對異械人之對策。同時，四天王之一・波羅涅茲正以克雷恩為目標展開作戰。第一步便是趁小護等人正在海上樂園「水上歡樂城」度假時，將他們所乘坐的雲霄飛車轉變為異械。克雷恩為了拯救小護而來，但卻受到異械機器人EI13的猛烈攻擊。此時GGG諜報部的博爾霍克出現，拯救了小護等人。凱也隨後趕上，與克雷恩終極融合後成功打倒EI13。事件結束後，克雷恩等人也一齊撤退。將一切看在眼裡的天海夫妻，卻害怕小護哪天會被克雷恩帶走。
皮茲夢見過去的事。天空掛著三個太陽，大地布滿紅土。他戰敗了，在紅色土地上徘徊。此時，他遇到了弁奇儂，成為了異械人。皮茲打算首先收拾擁有神秘力量的小護。小護他們來到箱根遠足，但卻在當地遭遇濃霧。在異常濃厚的霧中，美軍的戰車及戰鬥直升機出現襲擊小護等人。這是皮茲的計畫。將士兵轉變為異械後，讓他們操作地球兵器葬送小護。濃霧擾亂了電磁波，使內部無法通訊也無法送出求救訊號。GGG也中了異械人的佯攻作戰，被其他地區出現的運輸機異械誘導而沒有注意到小護的危機。暗中保護小護的博爾霍克使出各種特殊能力，成功保護小護，進一步變身為巨型博爾霍克對抗EI14。但在敵方強大的火力下仍陷入苦戰。此時，我王凱牙終於抵達，並成功擊破EI14。
天才猿頭寺耕助，他一人建立了GGG基地的電腦系統。與他競爭開發主任之座的犬吠崎被變為異械。他入侵了GGG Bay tower基地，改寫了系統。因此，正在進行維護的冰龍、炎龍受到嚴重的傷害，主動力爐也幾近暴走。在基地主動力爐即將爆炸之際，博爾霍克勸小護等人先行避難。但小護並不希望自己一人逃至安全地區，而下定決心與博爾霍克一同打倒異械。小護作為GGG特別隊員與博爾霍克一同入侵基地。在他們與猿頭寺的活躍下，成功將犬吠崎趕出基地電腦，困入多次元諜報潛水艦的電腦中。犬吠崎垂死掙扎與我王凱牙的備用零件融合，變身為異械機器人EI15。他破壞了我王凱牙的融合程式，使凱牙無法與我王機體合體。因此，火麻、麗雄、牛山各自駕駛我王機體，成功進行終極融合。雖然EI15力量與我王凱牙相當，也會使用我王凱牙的技能，但仍在眾人的合作下成功擊破敵方。但是，凱在必殺技地獄與天堂的影響下，改造人身體逐漸出現異狀。
接連的戰鬥讓凱過度使用地獄與天堂，他的改造人體已然無法承受。此時，有名大學及升學校連續於正午遭到爆破。GGG判斷此為巨大列車砲所進行的長距離砲擊，下一個目標即為東京大學。超龍神捨身保護東大免於砲擊，博爾霍克則藉機算出砲擊位置。GGG擬定作戰計畫，暗中送出克雷恩與我王機體。凱治好身體並出擊，在EI16的眼前進行終極融合，以分割起子來抵銷砲擊的威力，並用肉搏戰成功擊破EI16。
使用超工具．分割起子伴隨著巨大的風險，敵我雙方都已然注意到這點。普莉瑪達打算利用它的風險，派出EI17襲擊大阪。凱製造出空間彎曲領域，不顧身體負擔使用地獄與天堂成功擊敗EI17。此時空間彎曲機械出現吞噬了我王凱牙。我王凱牙無法掙脫束縛，如果空間彎曲領域就這樣收束，那麼包含我王凱牙在內，大阪一帶都將消滅。為了解除這次的危機，由美國獅子王雷牙博士所打造的普萊亞士出擊了。普萊亞士合而為一變成超工具・空間修復鉗。我王凱牙與其工具連結後，藉由其空間修復能力成功關上空間裂縫。
反覆使用地獄與天堂之下，凱的改造人身體已經累積了巨大的傷害。GGG連忙開發新的G工具以作為我王凱牙的新戰力。某天，位在GGG Bay Tower基地上層的宇宙開發公社發生了異常狀況。職員們伴隨著異常的言行開始破壞設施。在公社內待機的命也突然襲擊凱。一切都是微米尺寸的異械所引起的事件。GGG使用超短波解開微米機器人對職員們的洗腦，但是微米異械進化成了集合體異械機器人EI18。凱終極融合成為我王凱牙，並使用了長官禁止的地獄與天堂。然而，那正是皮茲的目的。
我王凱牙陷入皮茲的圈套被異械金屬直擊。敵人更進一步利用地獄與天堂的能量創造出超新星，將我王凱牙一併吞入其中。超新星飽含大量的能量，已然可謂地上的太陽。其真面目正是之前在伊索德內破壞的異械金屬工廠。GGG不遺餘力展開我王凱牙救出作戰。同時，小護及博爾霍克開始搜索消失的EI18的異械金屬。超龍神不惜全身重傷，成功救出我王凱牙。博爾霍克也對企圖保護異械金屬的皮茲展開奇襲。為了完全消滅超新星，GGG終於核准使用G工具黃金雷神槌，在它的威力下成功消滅超新星。然而，我王凱牙的機體也無法承受其反作用力。
G工具黃金雷神槌想像，但我王凱牙也因此承受巨大的損傷。GGG只能儘快開始工具的改良工程。另一方面，弁奇儂企圖先行收拾以各種不可思議的力量干擾他們作戰的小護。他將小護的學校切離外界，並讓化為異械的教官襲擊小護。在封閉空間內，電話打不通、小護的呼叫器也無法正常運作，使他無法與GGG取得聯絡。小護等人只能孤身奮戰。博爾霍克在校外巡邏時雖然被立體投影瞞過一回，但總算識破了異械的詭計，讓GGG出動了。救出受困的孩子們後，為了使用仍未完成改良的黃金雷神槌，GGG機動部隊的勇者們以巧妙的合作對抗EI19。GGG將普萊亞士用作衝擊阻尼器揮下黃金雷神槌，成功擊破EI19。
GGG為了減輕黃金雷神槌對我王凱牙的機體負擔而努力進行改良。為此開發了嶄新的勇者機器人，成為足以承受黃金雷神反作用力的強健右手。在此同時，成功控制重力的天才科學家平田昭子卻被變為異械。平田昭子所變身成的異械機器人EI20擁有控制重力的力量。他引起重力異常，帶著極高的重力接近坐擁GGG Bay Tower秘密基地的G島市。冰龍、炎龍前往調查地下交通事故，卻也受強力重力所困。千鈞一髮之際，一名勇者機器人在EI20的重力下也能正常行動。正是方才完成的黃金雷神。黃金雷神在EI20的重力控制能力下陷入苦戰，但仍成功破壞對方的重力控制機關，系統轉換後與我王凱牙工具連結。獲得強力右手的我王凱牙使用新必殺技天堂與地獄重槌，成功打倒異械機器人EI20。
異械機器人EI21出現在美軍基地的展覽上。他與轟炸機融合，得以自由在空中飛翔。前往觀展的軍事迷菖蒲與陪他來訪的小華一同受困在EI21之中。EI21使用猛烈的轟炸攻擊，GGG機動部隊卻顧慮人質而無法貿然攻擊。黃金雷神擅自開始行動，雖然成功攀到EI21機上，卻仍被他甩了下來。我王凱牙的破壞爆裂也被阻止，所有的必殺技都被封印了。此時，原以為已經停止運作的黃金雷神，也在他頑強的機體下毫髮無傷。我王凱牙因此得以使用必殺技地獄與天堂，成功戰勝EI21。
美國NASA正在進行新型機器人的實驗。太空中的實驗順利成功，開發主任獅子王雷牙博士動身前往日本。但是，在潛水艇秘密運輸時，艦隊遇上暴風雨，運輸貨櫃沉入海中。雖然GGG立刻打撈起貨櫃，但貨櫃內的新型機器人已不見蹤影。同一時間，一架開朗的機器人出現在參加無線機器人大賽的小護等人面前。他正是逃出雷牙博士的潛水艇的新型宇宙機器人麥克。麥克憑一己之力登上了G島。他轉瞬之間就與小護打好關係。EI22引起暴風雨，逐漸逼近G島。雖然麥克勇敢地挺身而出，但一瞬間就被擊敗。我王凱牙與黃金雷神趕到，並將異械機器人EI22擊敗。
新型機器人麥克個性相當開朗，與GGG的勇者機器人們也很快就打好了關係。勇者機器人們向麥克說明至今活躍的各種特殊能力。麥克失落的自嘲自己是沒用的機器人，但他身上其實藏有巨大的秘密。深夜，麥克連接到GGG的資料庫，暗中複製了GGG至今的戰鬥資料。某天夜晚，凱及小護前來觀賞遊樂園的電子遊行，麥克卻出現在大伙面前。看到麥克與小護交好，凱也只得苦笑。此時，皮茲發動了攻擊。巨大遊艇倒下。小護碰上了巨大的危機，此時拯救了他們的是一台謎之機器人，小護暗自察覺了它的真面目。
麥克之謎尚未解明，獅子王雷牙博士等人卻決定返回美國。麥克並不想與小護等人分離，偷偷從運輸機逃回日本。此時，異械機器人EI23與EI24出現了。GGG機動部隊的勇者機器人受到兩體異械機器人的聯合超音波攻擊，相當於人體血液的G液體迅速蒸發，讓勇者們無法動彈。當大河下定決心使用秘密武器彈丸X時，麥克勇敢地向敵人突擊，但仍不敵異械機器人，輕而易舉地就被擊敗了。那一瞬間，麥克成功系統轉換為音波機器人，使用孤波打倒異械機器人，解除了小戶等人與GGG的危機。
經過再三的作戰失敗、工廠也遭到破壞，異械人們終於只剩下一個異械金屬。帕斯達指使波羅涅茲與普莉瑪達進行新計畫，並讓皮茲與弁奇農負責佯攻以擾亂GGG的行動。這次變為異械的人是在海上失去了父親的少年透。異械機器人EI25襲擊在海邊遊玩的小護等人。他將孩子們逐一吞入並列空間。博爾霍克雖然也被其吞噬，但在它的靈機一動下，成功留下給GGG的線索。我王凱牙與小護發現博爾霍克留下的噴射扣環消失在半空中，進一步以次元修復鉗成功進入並列空間。他們成功救出同學，並打倒EI25。無須小護淨解，核心就自己變回了人形。雖然成功解決了事件，但異械人卻也成功引走GGG的注意。
異械人失去了所有異械金屬，終於決定實行最終計畫。波羅涅茲與普莉瑪達親自成為異械機器人EI28與EI29，將東京都中心封印到多層障壁「Contra Fall」內。小護等人正好前往東京鐵台校外教學，因此也受困在障壁內，與一千萬東京都民一起成了人質。面對這前所未見的危機，GGG傾全戰力展開突擊作戰。皮茲與弁奇儂也變身為EI26與EI27迎擊GGG。勇者機器人們連續使用各種超工具，逐一解除Contra Fall的四層構造，最終成功將我王凱牙送入障壁內。然而我王凱牙在裡面卻目擊了不可置信的光景。
我王凱牙進入Contra Fall之後，發現首都全域都已成為異械金屬工廠。我王凱牙奮力攻擊波羅涅茲與普莉瑪達，解除了Contra Fall。至此，機界四天王與勇者機器人的壯烈決戰終於揭開了序幕。博爾霍克與弁奇儂同歸於盡，消失在爆炎之中。我王凱牙則成功擊敗皮茲。超龍神不惜滿身創傷，成功捨身阻止波羅涅茲與普莉瑪達。但是，異械金屬即將完成。這樣下去全部東京都民都會變成異械！千鈞一髮之際，麥克解除了限制，發動光碟X！
麥克使用光碟X發出孤波攻擊，將異械金屬逐一破壞。才以為東京得救了，沒想到這竟是下一場恐懼的開端。帕斯達囚禁潛入地底的小護，還稱小護為「該隱所造的破壞兵器」。克雷恩與凱為了救出小護，也動身前往地底。但沒想到皮茲仍未陣亡。他阻擋在凱面前，向凱挑起最後決戰。凱還未能與皮茲一決雌雄，兩人便來到帕斯達面前。皮茲與凱交手時逐漸回想起身為戰士的尊嚴，替凱擋下帕斯達的攻擊而倒下。帕斯達也終於露出真面目。正是凱的宿敵EI01！
EI01帕斯達終於露出了真面目，揭開了最終決戰的序幕。它吸收了全東京的能量，企圖逃往外太空。勇者機器人們為了阻止EI01而發動總攻擊，但ES發電機的能量卻被EI01抵銷。凱在力竭之前發出申請，才終於讓大河下定決心使用彈丸X。彈丸X是GGG的最終兵器，可以一口氣釋放封印在G石內的能量。勇者機器人們發揮出超越極限的能力對抗EI01。終於，我王凱牙揮下黃金雷神槌，帕斯達隨光而逝。但是，彈丸X是以勇者的生命為交換而得的力量。勇者們絕命危機當前，小護的淚水喚起了奇蹟！
與異械人的戰鬥畫下句點，地球終於重獲和平。目送雷牙博士與麥克回國後，小護卻掛心失蹤的同學戒道。此時，嶄新的強敵逐漸逼近眾人。凱與命正在享受一時寧靜。此時謎之巨大物體飛來攻擊GGG Bay Tower基地。我王凱牙被他強大的力量壓制，基地也遭敵人破壞。眾人無能為力，即將被擊倒時，一台巨大戰艦出現在我王凱牙面前。白色戰艦J方舟變形為巨大機器人王者傑達，轉瞬之間就擊敗強敵。更令人震驚的是，失蹤已久的戒道散發著紅光從王者傑達之中現身。
戒道從王者傑達之中現身，將謎之敵方核心淨解而後離去。此時，巨大的全域雙體補修艦「天照」出現在眾人面前。天照收容我王凱牙之後，小護與凱在艦內得知新敵人「機界31原種」來襲。凱與天照一起來到建設於衛星軌道上的GGG新基地「歐比特基地」，並在該處與命重逢。聯合國直屬新生GGG第一次作戰便是迎擊襲擊地球的機界31原種。麥克部隊派出全部13架機體，但仍陷入苦戰。此時J方舟出現，在他的助力下總算殲滅敵人。但是GGG未能分解原種核心，只能看著28顆原種核心入侵地球。
小護等人在歐比特基地參觀分部艦系統。之前小護所淨解的科學家們，都參與了基地的開發。另一方面，仍無法尋獲墜落地球的28體原種核心。雖然勇者機器人們機體已經修復完成，但AI卻仍未復甦。因為戰鬥範圍擴張到全球，GGG也向大眾公布其存在，已然不是秘密防衛組織。小護回到地球時，之前下落不明的戒道突然出現在小護面前，甚至邀請他進入J方舟。在裡面，小護見到了之前的強敵皮茲。他現在名為索爾達特J，負責指揮J方舟。此時戒道感應到了原種，便指揮J方舟趕到北極海。抵達現場時，他們發現巨腳原種ZX-04佔領了海上油田。但是在原種的絕對零度攻擊下，J方舟沉入了冰點下的海中。
戒道等人的目的是收集淨解原種核心之後可以獲得的原種水晶。皮茲遇到覺醒後的亞爾瑪，取回索爾達特J的身分一同對抗原種。「你的記憶被封印了」小護則因為戒道的這麼一句話而動搖。另一方面，我王凱牙面對巨腳原種ZX-04陷入了苦戰。我王凱牙身陷絕境之中，空中則出現了極光，正是范艾倫輻射帶消失的徵兆。此時，博爾霍克、冰龍、炎龍、黃金雷神復甦之後長驅而來。勇者軍團以超引科技引擎進一步強化，眾人合作之下終於擊敗巨腳原種。但是小護無法淨解原種核心，只能讓J方舟取走了。
為了指導新型車輛機器人風龍與雷龍的AI，冰龍與炎龍在凱、獅子王麗雄博士的陪同下前往中國。但是，脊椎原種ZX-05與萬里長城融合之後復活了。冰龍與炎龍立刻前往現場戰鬥，但是同行的風龍與雷龍優先進行戰鬥，導致許多觀光客被ZX-05囚禁。這是由於開發他們的楊博士對他們施以軍事教育，也使他們與優先救助人命的炎龍、冰龍發生衝突。此時，大河長官拜訪天海家，向天海夫婦說明了小護擁有的能力，並詢問他們是如何與小護相遇的。小護因為無法淨解原種核心而失落，但在博爾霍克的激勵下振作前往中國。受困的觀光客逐一變為異械，與脊椎原種一同現身。雖然冰龍、炎龍也迅速趕往現場……
脊椎原種ZX-05與萬里長城融合。他將末端延伸至成層圈，並吸收地函的能量準備攻擊歐比特基地。勇者機器人們為了阻止它而兵分兩路。我王凱牙從宇宙攻擊脊椎原種ZX-05、而冰龍等人則在地面阻擋異械機器人。我王凱牙在一番激戰之後成功破壞脊椎原種本體。另一方面，超龍神為了救助民眾而奮戰。風龍與雷龍受其感動，終於成功對稱連結，變身為擊龍神拯救民眾。但是逃向地底的原種核心再次被王者傑達奪走。
在冰龍與炎龍的影響下，風龍與雷龍漸漸理解勇者之心。楊博士也體悟到了這點，便決定將兩人調職至GGG。GGG對J方舟與戒道的興趣仍然不減。在調查戒道的出身時，發現他與小護相同，是在八年前被戒道夫人收養的孩子。GGG獲得風龍雷龍兩大新戰力，為了解開謎團而開始新實驗。他們將天海夫妻所持有的G石項鍊交還給小護，並讓小護嘗試接觸克雷恩的黑箱。但是GGG並未從此實驗中獲得他們所預期的新情報。小護為此失落。但在他獨自面對克雷恩時，眼前卻突然浮現空中高掛三顆太陽的星球景色。
頭腦原種ZX-06與太空梭融合，成功進擊至衛星軌道上。他在太空中開啟了直連小行星帶的ES窗口，從小行星帶召來無數的小行星，讓他們像隕石群般往地球墜落。GGG機動部隊為了阻止隕石群而死命擊墜它們。在戰鬥中，ZX-06對我王凱牙使用精神攻擊。此時，謎之少女出現在凱的視線中，拯救了凱。我王凱牙成功脫離危機，擊敗了ZX-06。小護也在該隱的協助下解放了新的力量，成功淨解原種核心。但是，超龍神為了將超巨大隕石推回ES窗口內，與隕石一同消失在ES窗口另一側。
機界31原種中最強的七位個體開始行動了。它們與七支軍艦合體成為原種艦隊，包圍了歐比特基地。小華等人前往軍港觀賞軍艦時，也受困在其中一支原種體內。原種們的目的是奪取GGG持有的原種核、殲滅GGG，以及抹殺克雷恩和王者傑達。原種們使用它們的特殊能力，將自己分解成0.02毫米的粒子穿過障蔽縫隙潛入歐比特基地。經過一番激戰，凱被敵方攻擊拋至太空。此時拯救了凱的又是之前那位少女。凱成功回歸戰鬥對抗原種。但是，與腕原種有著深厚淵源的索爾達特J也出現了。索爾達特J與腕原種激烈戰鬥，在此同時其他7原種卻已經佔領了主指令室。
原種們被小護釋出的G力壓制，只能撤出主指令室。這回它們打算將動力爐改造成異械金屬工廠。小護感應到受困的小華，便與克雷恩一同前往救助。但是，腸原種正在那裏等待他們。戒道也趕緊前來支援小護。小護從腸原種口中得知自己並非地球人，而是該隱之子拉提歐；戒道幾巳則是以小護為原型所造的生物兵器「亞爾瑪」。在小護與戒道的合作下，兩人成功救出小華等人。但是戒道看到腸原種與自己母親融合而動搖，因而被捕。另一方面，麥克使用針對原種核心的光碟X成功阻止動力爐變為金屬工廠。原種們撤出歐比特基地，重新與戰艦融合。GGG判斷現在正是時候反擊，並派出艦隊回擊。
GGG派出分部艦隊對抗原種艦隊。戒道被敵人擄為人質，索爾達特J與超級戰艦J方舟也因此參戰。經過一番激鬥，GGG等人成功擊破肝原種，並由小護淨解，讓原種們失去再生能力。剩下的原種們融合，成為巨大的合體原種。在六種特殊能力的集中攻擊下，我王凱牙也陷入了苦戰。此時謎之少女再次出現，給予凱勝利的啟示。凱利用格林螺鑽做出透鏡狀的歪曲空間，藉此集中孤波打倒合體原種。GGG等人救出受困的戒道，此時卻發現收回的原種核心中並不包含腸原種與腕原種。
超龍神將巨大隕石推回ES窗口內之後便消失了蹤影。然而小護等人卻在6500萬年前的地層中挖掘出超龍神。機體風化相當嚴重，但核心AI與GS發電器在未知力量的保護下僅只是陷入沉眠。同時，我王凱牙在護送異械水晶時遭遇王者傑達。兩者由於水晶而爭鬥，卻被原種坐收漁翁之利，使兩人同時無法動彈。風龍與雷龍出動以迎擊出現埃及的腕原種，腸原種此時卻同時出現在墨西哥。
在小護的祈求下，超龍神從沉眠中復甦了。為了協助風龍與雷龍，超龍神解除了對稱連結。冰龍前往埃及、炎龍則前往墨西哥。冰龍炎龍當時推著隕石穿過ES窗口後，在木星遭遇了未知能量「The Power」。在The Power的力量之下，兩人被送回遠古地球。冰龍與炎龍獲得了The Power的力量，成功與風龍、雷龍合體。幻龍神面對腕原種與胃原種合體而成的合體原種，而強龍神則面對腸原種與鼻原種合體而成的合體原種。在麥克的光碟M之下，我王凱牙與王者傑達也重獲自由參與戰局，一口氣打倒了合體原種。戒道成功淨解腸原種救出了母親，但又再次讓腕原種脫逃了。
小華目擊了小護散發光芒進行淨解。「你是外星人嗎？」小華在苦惱之際向小護追問，小護一時語塞無法回應。此時，電視局的製作人變為異械，干擾了全世界的電波。GGG機動部隊立刻出擊，但是由於人質及異械強力的電波攻擊而陷入苦戰。小華與菖蒲由於播放內容異常而前往電視局，也一同成了人質。小護正與雙親一同享受溫泉旅行，但其腦中仍然為小華的詢問而苦惱。他在雙親的鼓勵下決心前往戰場，我王凱牙也在小護的協助下打倒異械。小護向小華坦白自己的身分，而小華也坦然接受了。但是，原種的最終作戰已然成功。J方舟從ES窗口中出現，艦內卻只有戒道一人不省人事。
聖誕夜。小護在雙親的目送下前往宇宙。原種利用電視局異械進行擾敵，成功在木星啟動最終計畫。傑達在木星遭受原種們的猛攻，決定一人殿後，讓戒道與J方舟逃向地球。我們終於得知，若是集齊31個異械水晶，就能構成原種本體「Z主體」。它是控制全宇宙的異械、異械人的程式系統。GGG為了拯救全地球人類而前往木星，但是原種已經在木星設好陷阱等待GGG。當GGG艦隊穿越J方舟所造的ES窗口時，就在原種們的計謀下受困於克萊因場中。但是，GGG艦隊與J方舟合作，成功讓傑達逃出克萊因場。在王者傑達的活躍下GGG也重獲自由。但獅子王麗雄博士受到翼原種的攻擊，於木星葬送了生命。
獅子王麗雄與他的妻子「絆」重逢。她在木星殞命後，因The Power之力而變為精神生命體，無數次解救了凱的危機。凱在眼前目擊父親獅子王麗雄墜落，我王凱牙也追在麗雄之後墜入木星。在凱意識矇矓時喚醒他的，是保存在克雷恩之中的該隱複製人格。該隱闡述自己是小護真正的父親，並將一切都託付給了凱。我王凱牙藉The Power的力量重獲新生，其他勇者機器人也利用The Power戰勝原種。但是，當勇者們的勝利就在眼前時，腕原種藉The Power的力量與心臟原種合體。他們奪走J方舟體內的29個異械水晶，成為完全體Z主體，並開始向地球散部異械粒子。
在Z主體的強大力量之下，分部艦「須佐」與「伊邪那岐」陸續遭到擊墜，麥克部隊也僅剩十三號一人倖存。就在即將敗北之際，命成功分析Z主體體內的能量流向，找出它從木星吸收The Power的吸收點。僅存的辦法，就是乘著The Power的流向與J方舟一同潛入Z主體體內。勇者機器人們將下最後的豪賭。雖然眾人成功潛入Z主體體內，但至今的31原種全在裡面等待眾人。勇者機器人們一路奮戰並前往Z主體中樞的心臟原種。一同抵達心臟原種的王者傑達使用毀滅之力讓The Power暴走，使Z主體從內部崩壞。勇者們也成功脫離。
小護淨解了集結了所有異械水晶的Z主體，使全宇宙的異械停止運作。王者傑達在Z主體一戰中摧毀，GGG艦隊花費三個月回歸地球。所有人都認為與異械的戰鬥已經結束，得以喘一口氣。凱與命來到EI01墜落時喪生的雙親墓園報告和平，但命卻在墓前昏倒了。將命帶回歐比特基地讓她休息，此時她卻發出奇聲變形為異形般的存在。命成為了機界新種，無止境地吸收歐比特基地的能量。機界新種與天照合體降落至地球。地球難道就會這樣物質昇華嗎？
三年前EI01墜落時，它在命體內注入了機界種子。致使命現在變身為機界新種。新種打算將地球物質昇華，其性質甚至超越機界昇華。歐比特基地失去能量，無法順利運作。GGG將勇者們的AI及GS發電器裝到我王機體上，計算出飛行軌道，使勇者成功降落地球。小護及克雷恩正在地表與機界新種對峙，但新種實在太過強大。此時，凱與我王機體參與戰局。凱與搭載了勇者機器人AI的我王機體終極融合，成為了集結勇者軍團之力的我王凱牙。但是最強的我王凱牙也難以擊敗新種機器人。我王凱牙不惜戰鬥至機體破碎，成功拔出機界新種的核心。但是小護在戰鬥中耗盡力量，無法淨解核心拯救命。「殺了我吧」命在核心內懇求凱。凱抱著對命的感情，緩緩念出淨解咒語，引發了奇蹟。命變回了原樣，凱也變回人類肉體。金屋子與卡本特部隊逐步修復街道，這次和平真正來訪了。小護與雙親及友人約定自己一定會歸來，便在克雷恩的陪伴下，踏上拯救宇宙中受苦的人們之旅。
