第0話(免費看)【守墓人與貓及魔術師】：鐘塔的君主之一、現代魔術科學部長—艾梅洛閣下II世，今天也帶著極富個人色彩的學生們學習。在課後的鐘塔會議結束後，他咒罵了這些每天都熱衷爭權奪利的君主們，卻被自己隨口說出的咒語反撲。隔天，與宿舍弟子格蕾外出時，目擊了最近經常出沒在自己住處的野貓，遭到車輛輾過。艾梅洛閣下II世察覺到有人企圖要他的命，開始帶著格蕾、費拉特、史賓追查犯人。

第1話【巴比倫與倒吊人與王的記憶】：參加過冬木市第四次聖杯戰爭生存下來的少年－韋佛．維爾威特。聖杯戰爭結束３年後，他受恩師肯尼斯．艾梅洛．亞奇伯的義妹萊涅絲．艾梅洛．亞奇索特之邀，在亞奇索特宅邸內會面。萊涅絲對於韋佛不惜大量貸款，也要把艾梅洛教室買下來的行為感到非常有興趣…。

第2話【七大行星與永遠的牢籠】：萊涅絲為了一個棘手的案件來拜訪艾梅洛閣下II世，原來是II世以前的學生瑪麗．法果，她的父親突然驟逝，疑似遭人暗殺。II世帶著弟子格蕾造訪以天文魔術著稱的艾寧姆斯菲亞一族分支－法果家，發現瑪麗的父親阿涅斯特的遺體被分屍，並以不合邏輯的陳列方式四散家中…。

第3話【雷鳴與地下迷宮】，艾梅洛閣下II世在課堂上情緒失控，讓特地來英國聽課的露維雅感到相當不滿，課後露維雅逼問格蕾之下才知道…。鎮上咖啡廳的電路系統明顯遭人蓄意破壞，接著驅鼠公司的技師下落不明，艾梅洛閣下II世在調查途中負傷送醫，這時候就是弟子們大顯身手的時候了。

第4話【工作室與墓地與死靈魔術師】：這些年來，艾梅洛閣下II世仍然掛心於聖杯戰爭，甚至拜託索菲利亞的當家布拉姆幫忙關說參戰名額，布拉姆提出了一個條件…。媲美神殿力量的魔術工作室，接二連三的落雷意外讓法政科不得不出手干涉，所有的陰謀和嫌犯都被困在今晚的暴風雨中。

第5話【終焉之槍與妖精眼】：災禍連天的宅邸內又出現新的犧牲者，無論證據多麼的薄弱，化野仍然一口咬定兇手就是威爾斯，然而艾梅洛閣下II世嘗試新的方法召喚事件關係人，果然成功召喚出一名妖精，而兇手竟然是一個意想不到的人，而法政科誣陷威爾斯又是為了另一個目的。

第6話【少女與百貨公司與禮物】：難得格蕾主動找萊涅絲聊天，卻馬上被她猜中自己的來意。萊涅絲和格蕾來到大型百貨公司卡納克，購物途中遇到露維雅，露維雅表示三人難得相遇乾脆一起逛街。第一次體驗百貨公司購物的格蕾，被奢華的商場裝潢還有美麗的衣服弄得暈頭轉向。突然間，萊涅絲的魔眼一個刺痛，某個術式發動把三人關進魔術空間內。

第7話【魔眼蒐集列車1/6 旅行啟程的汽笛與第一個殺人案】，艾梅洛閣下II世為了追查偷走聖遺物的犯人，根據犯人留下的邀請函，跟格蕾一行人搭上傳說中的魔眼蒐集列車─齊柏林列車。此行得知天體科亞寧姆史菲亞家的千金小姐也參與這次的魔眼拍賣會，目標是最高等級的虹之魔眼…。

第８話【魔眼蒐集列車2/6 神威的車輪與征服王的記憶】，受害者的死因相當不尋常，而且所有的手段都找不到犯人的線索，彷彿是透明人犯案一樣。另一方面，獅子劫和露維雅調查聖遺物被盜走的房間，發現房間周圍的結界沒有被破壞的痕跡…。時時惦記著伊斯坎達爾的艾梅洛閣下II世，此時眼前出現一位女子向他宣戰。

第9話【魔眼蒐集列車3/6 巫女與決意與腑海林之子】，車掌羅丹發現鐵軌被人竄改，列車被迫朝向死徒之森前進，並且困在裡面動彈不得。列車繼續受困的話，拍賣會很有可能被迫取消，極欲擺脫魔眼的卡拉博召集了願意協助的魔術師，準備對付有思考能力並且會獵食人類的魔物森林。

第10話【魔眼蒐集列車4/6泡影的魔眼與覺醒的偵探】：艾梅洛閣下II世陷入昏睡中。露維亞在瑪麗的闡述中，得知亞寧姆史菲亞君主7年前曾經調查過聖杯戰爭…。化野一口咬定卡拉博就是殺害特麗莎的兇手，傳喚案件新證人只見奧爾嘉瑪麗捧著一個大盒子走進車廂，打開後裡面竟然是…。

第11話【魔眼蒐集列車5/6 殘像與拍賣會】，為了奪回卡拉博的魔眼，面對來勢洶洶的競標對手，梅爾文使計讓拍賣會延長到午夜，讓艾梅洛閣下II世等人得到準備應戰的時間。獅子劫開車把史賓和費拉特從課外教學帶走，說有個工作要交給他們。拍賣會開始，稀有的魔眼喊價金額逐漸攀升，艾梅洛閣下II世突然中途喊停…。

第12話【魔眼蒐集列車6/6 雷光與流星】：萊涅斯在獅子劫跟露維雅等人的幫助之下抵達魔眼蒐集列車，看見化野施法將卡雷斯緊緊捆住。覬覦聖杯戰爭利益、以及被過去回憶所糾纏的人們，全都聚集在這個拍賣會場裡。眼看戰爭一觸即發，此時從萊涅斯身後走出另一個卡雷斯，原來真凶一直假冒身分混在人群之中，他的真面目竟然是…

第13話【鐘塔與日常與邁向未來的第一步】：遇劫歸來的艾梅洛閣下II世與格蕾，躺在醫院裡療傷，包括卡雷斯等人艾梅洛教室的學生們分別去探望兩人。史賓在眾人祝福之下完成傳綬典位的儀式，儀式後的慶祝派對，每個人臉上洋溢著開心的笑容。酒過三巡，艾梅洛閣下II世最後不勝酒力回到書房，在迷迷濛濛的夢境中…。

第14話(特別編)【韋佛與同學會與幻燈機】，一封捎來給艾梅洛閣下II世的信件，通知昔日的鐘塔的同學會。然而就在即將舉辦同學會的某天早上，艾梅洛閣下II世看見映照在鏡中的自己，他感到十分驚訝。他的身體居然返老還童，回到了十年前韋佛．維爾威特的容貌了。艾梅洛閣下II世推測這可能是某種高級幻術造成的，為了解開自己身上的異常變化展開了調查。同學會當天，他來到熱鬧的會場，揭開引發這個變身術的人物與目的。然而蒼崎橙子的登場，讓事態朝向難以預料的方向發展。