因駕駛衛人的優異能力成為操縱士訓練生仰慕對象的長道，卻一心掛念著忽然從外生研消失的胞衣星白。一方面，決定放棄當操縱士的岐神也冒著被抓捕的風險來到了落合昔日的研究室……

在與奇549苦戰中的長道等人面前，出現了自稱白羽衣紬的神祕奇居子。在衛人隊打算趁著它們自相殘殺的局面下手時，長道卻出手救下紬，認為她不是敵人。一行人也察覺她的聲音竟與死去的星白極為相似。

處決了大多數不死船員會的成員，與奇居子的對決事到如今已無法迴避，小林艦長下令讓希德尼婭前往雷姆恆星系的第九行星，並宣言將從死角發動總攻擊，徹底殲滅正接近第七行星的大眾合船。

率先迎擊奇550的融合個體紬誤入陷阱，被奇居子組成的袋狀構造給封閉，駕駛員岐神也抓住此絕佳機會，以測試紬身上裝備了人工芽的爪子的性能。一方面，衛人隊也正與第二群奇居子交戰中。

為了從奇居子的猛攻下保護希德尼婭，以肉身阻擋的紬因此失去了大部分的身體組織，必須接受精密的治療。一方面，長道與纈探望同樣受了重傷的伊札那，卻發現了他身上驚人的變化……

由於新的訓練生搬入，一時半會沒地方可住的長道只好向伊札那求助。看見因為寂寞忍不住悄悄跑來找他們的紬，長道也決定找一個能讓她自由來往的新房子。與此同時，為了與大眾合船的決戰，希德尼婭新武器的啟動實驗也即將展開。

重力子放射線射出裝置的試射成功擊穿浮游小行星，正當眾人認為實驗成功時，卻發生無法解除愛克斯粒子供應源的意外。裝置上的胞衣因此失控，甚至開始侵蝕希德尼婭的船體外殼，造成重力障礙與爆炸事故。

針對損害進行修復作業的同時，由於事故造成的供給限制，司令部開始鼓勵船員間共同生活，纈也因此搬進長道與伊札那家中。

因科戶瀨搖的計畫各懷心思來到名勝千秋鄉的長道與伊札那，也因眼前櫻花綻放的美景拉近了彼此的距離。一方面，纈和紬也為了妨礙兩人決定偷偷潛入千秋鄉。

因故替補成為偵查部隊成員的伊札那，沒想到卻在抵達9號行星後意外遭遇奇居子並失去聯繫，焦急不已的長道與紬最後在岐神向艦長提出的建議之下得以出擊。

在長道與紬面前現身的奇居子，竟是本該已經消失的紅天蛾？將救出伊札那的任務交給長道，紬卻因紅天蛾趁機反擊陷入苦戰。另一方面，失去了燃料和機體的伊札那等人也在探索過程中被在地表徘徊的奇居子察覺……

以胞衣侵入繼衛改二機體內部的紅天蛾，竟再次於長道眼前再現出星白閑的模樣。危急時刻想到關閉機體頸部的氣密隔艙壁或許能夠阻止胞衣的侵蝕的伊札那，機體的電源卻在此時遭到紅天蛾強制關閉……