天空出現不明的流星群，新藤刑事被奉命保護賽爾吉納公國的公主，而公主因為自知將被追殺，便跳機而去，剛好一顆流星擊毀了飛機，隨即以來自金星的預言者身份在日本出現，預言地球將要面臨一場大災難。一顆奇怪的隕石掉落在黑岳山峽谷，它不但具有磁性還會一天天的越長越大。拉頓從阿蘇火山出現，哥吉拉也從海上出現擊毀輪船。隕石發生爆炸，從發射出的巨大火球中，誕生了王者基多拉!!將松本市大舉破壞並且在東京出現。摩斯拉被小仙子喚來，阻止哥吉拉和拉頓的打鬥，並聯合起來打王者基多拉，但拉頓與哥吉拉是否能與摩斯拉達成共識，共同捍衛地球的和平呢？