回到地球的晴生和其他人類飽受哥吉拉的攻擊，視死如歸的他，和兩種族的外星人一起打敗了哥吉拉。然而那隻哥吉拉只是亞種，這時真正的哥吉拉「哥吉拉・Earth」從地底深處現身。身形超巨大的哥吉拉擁有極大破壞力，將晴生一行人打得支離破碎。後來晴生被瑪依娜救活，瑪依娜就是被視為地球上人類後裔「伏斯亞」的子民。「伏斯亞」是他們在地球上首次遇見的人型生命種族，是人類的後裔。晴生決定要聯合地球上僅存的人類，徹底消滅哥吉拉……