第1話【光與闇】，邊際的大陸「尤古度」在突然出現的黑之軍團的襲擊下陷入前所未有的危機之中。在統御大陸的聖王倒下、人們陷入絕望的深淵中的時候，無名的戰士尤里號召義勇軍挺身而出，他們在尤古度各地召集同伴，終於抵達黑之軍團的根據地，並與率領軍團的黑之王展開戰鬥。

第2話【所謂的同在】，從不放棄希望勇敢戰鬥的阿蘭姆身上，尤里看見了過去的自己，終於再次取回了重新戰鬥的意志。為了要重整旗鼓，尤里等人決定前往協助義勇軍的公會聯合本部所在的副都。而另一方面，一直以來都獨自戰鬥的阿蘭姆，也因為第一次了解到黑之軍團的擴張所造成的大陸黑化現象而驚訝不已。尤里雖然向他提出加入義勇軍的邀請，然而…。隔天，一行人抵達副都後，卻發現這裡遭受到黑之軍團的襲擊而陷入了一片混亂。

第3話【忠義的印記】，在副都與公會聯合議長吉伯特再度相會後，尤里向他提出想集結新的討伐軍的打算，並且獲得了吉伯特將提供討伐軍支援的約束。另一方面，聖王女尤莉安娜為了讓聖騎士團重整旗鼓，決定與尤里等人道別、回到騎士團的據點所在的聖都、並指派聖騎士布魯克哈路德做為自己的代理人與討伐軍一同行動。然而對尤里抱持著不信任感的布魯克哈路德，對於自己被尤莉安娜留下感到十分的不滿

第4話【擴散的黑暗】，尤莉安娜等人回到副都後，卻發現副都正處於暴動之中。尤莉安娜見到人們慌亂失措的模樣感到非常痛心。另一方面，尤里等人為了調查比利卡的下落而動身前往賢者之塔，然而，等待他們的卻是魔法軍團的攻擊。居住在賢者之塔的三賢者的其中一人・力之賢者梅魯提歐魯表示，想取得賢者之塔的協力，首先就得展先出他們的實力，於是派出了魔法兵團的維爾納等人迎擊，於是尤里等人也決定應戰…。

第5話【雪山的呼聲】，尤里一行人遵循命運的賢者法帝瑪的指示，來到了被冰雪覆蓋的迷宮山脈，然而他們卻遭受到突然現身的黑之軍團的攻擊而陷入苦戰，在戰鬥過程中尤里與阿蘭姆意外遭難。菲娜等人決定先動身前往土妖精們的村莊請求協助兩人的下落。在那裡，有一個被挖掘出土的神秘人工遺物…。而另一方面，尤里等人則挖掘了一個雪洞等待天候恢復正常。

第6話【苦惱的盡頭】，突然現身在尤里一行人面前的修瑟為了打倒黑之王，脅迫尤里等人交出鎖鏈編年史。尤里雖然向修瑟表示希望能夠再次與九領攜手作戰，但認為光靠討伐軍的做法無法取勝的修瑟卻斷然拒絕了他。於是尤里等人與九領軍之間的戰鬥就此展開。在激戰的過程中，艾雷努斯帶著布魯克哈路德與名為歐路索達的魔神現身在眾人面前…。

第7話【各奔東西】，因為受到艾雷努斯等人的襲擊，討伐軍受到了毀滅性的打擊。鎖鏈戰記被修瑟奪去、凱恩失去了意識。然後，尤里加入至黑之軍團的麾下。討伐軍就地解散，瑪莉娜等人決定先帶著凱恩返回副都，另一方面阿蘭姆與菲娜則決定照著尤里的意思動身前往精靈島。在這個時候，黑之王與黑騎士兩人在王都見面了…

第8話【永不言棄的意念】，阿蘭姆與菲娜抵達精靈島後等待著他們的，是黑之軍團的猛烈攻勢。在森林妖精琵恩塔與拉法加父女的幫助之下，兩人朝向世界樹的圖書館出發，然而這時黑騎士卻突然現身。因而大受打擊的阿蘭姆在拉法加的催促下決定繼續向前邁進。然後兩人跟隨著持有這個大陸的編年史的尤古度，為了找尋比利卡的下落進入編年史的內部…。

第9話【沙漠綻放的花朵】，為了令沙漠的新守護龍誕生，造訪沙漠湖都的阿蘭姆受到湖都之王・亞瑟莉娜的請託，要去尋找傳說中的歌姬・穆西卡。然而這個時候，卻傳出尤莉安娜所率領的聖騎士團正與九領軍處於一觸即發的對峙局勢的消息。阿蘭姆拜託菲娜找尋穆西卡、來到了尤莉安娜等人身邊

第10話【斬裂黑暗之利刃】，阿蘭姆等人與守護龍一同回到賢者之塔後見到的，是力之賢者梅魯提歐魯所打造的空間轉移裝置「方舟」。此乃為了直接突擊受黑暗瘴氣籠罩的王都所準備的最終兵器。一切準備就緒，王都奪回作戰終於即將展開。決戰前夕，阿蘭姆正與菲娜在月光下談天，然而這時布魯克哈路德卻率領黑之軍團出現在他們面前。

第11話【為劍而生、為劍而死】，阿蘭姆等人所搭乘的方舟雖然成功入侵王都內部，但卻因為布魯克哈路德的攻擊而在王都上空遭受到嚴重損害。阿蘭姆等人接二連三地從方舟上落下。這時戰場上響起了受守護龍所救的穆西卡吟唱的歌聲、覆蓋王都的黑暗瘴氣開始被消除。如同在呼喚討伐軍一般，在王都外部等待的尤莉安娜等人一鼓作氣攻進王都。為奪回王都所策畫的反抗作戰就此展開。

第12話【赫克瑟塔斯之光】，在王城深處，阿蘭姆與黑騎士終於展開最後的戰鬥。另一方面，在王城外，在尤莉安娜陷入危機時解救了她的修瑟與艾雷努斯開始了激戰。面對攻勢逐漸猛烈的黑之軍團，討伐軍開始出現了疲憊之態。而黑之王則露出了邪惡的微笑靜靜地注視著這一切眼看狀況一路惡化，菲娜賭上了自己的性命，決定與黑之王做個了斷。