故事發生於《麻醉風暴》的五年後。康聯醫院的胸腔外科醫師熊崽（李國毅飾）資歷不深就有精湛的技術，但他經常不按SOP作業，也不在乎科內總額和績效點數，讓奉命施行撙節政策的外科部主任謝騰豐（藍正龍飾）和急診室主任王晨宇（許時豪飾）十分不滿。熊崽的藥學系學妹沈柔伊（孟耿如飾）在畢業後成為《醒世代》雜誌社的記者，她企圖透過報導盡社會責任，卻屢遭杜總編（劉長灝飾）以讀者不愛看為由駁回。

熊崽和蕭政勳在廢墟般的捷運站內為大量傷患急救，兩人因替下半身被壓住的傷患劉家倫（賀里歐飾）做現場截肢手術而結識。為了收治傷患，離捷運站最近的康聯將輕傷病患移往外面，熊崽因此與病患發生齟齬。蕭政勳在康聯與楊惟愉久別重逢，兩人關係今非昔比。蕭政勳由於人手不足而被派往支援手術，他在過程中認為熊崽自作主張的心態大有問題。

劉家倫出現咳嗽和頭痛症狀，熊崽推斷是上腔靜脈症候群，想要照電腦斷層掃描（CT）驗證自己的想法，卻被骨科主任（劉明勳飾）以成本控管為由拒絕，但蕭政勳同意了這個想法，而CT的結果也讓熊崽更肯定自己的診斷，不過因為熊崽不是創傷小組的成員，沒有發言的立場。此時劉家倫突然出現呼吸窘迫且需要急救，印證熊崽的診斷正確。儘管手術結果順利，但熊崽在過程中和蕭政勳對血液的運用方式有分歧，且他在術前向家屬做了保證，在蕭政勳提點熊崽後，熊崽以為蕭政勳在貶低自己，柔伊提醒他會省錢的醫生不見得是為了賺錢，可能是想將資源留給更需要的人。在熊崽向蕭政勳致歉後，兩人冰釋前嫌，不過蕭政勳仍在評估熊崽的表現。

受傷的陳顯榮被送往康聯，他被驗出嗎啡反應，且不知為何呈現不該由車禍創傷造成的僵呆狀態，身為他過去的下屬，蕭政勳傾盡所能救治他。柔伊撿到陳顯榮遺落的公事包，在偷看裡面的文件後認為車禍與AM2自救會有關，更認為這起車禍和的捷運爆炸是一連串恐怖攻擊。雖然柔伊和攝影記者阿永（王鏡冠飾）前去自救會採訪時因為說錯話被自救會成員阿和（梁正群飾）趕走，但也和自救會義工邱淳（施名帥飾）搭上線。蕭政勳受創傷後壓力症候群困擾，不時會聽到槍聲或爆炸聲。而在他自約旦寄給楊惟愉的信中，表示他發現自己在死亡面前形同赤裸，並透露自己對楊惟愉的思念。

服刑期滿的葉建德出獄後被柔伊攔截，從她口中得知陳顯榮昏迷住院的消息，並自她那裡取走陳顯榮的公事包。無處可歸的他投靠蕭政勳，並無意間進入蕭家的嬰兒房，蕭政勳制止他後，憶起自己與Basem一段提及楊惟愉曾有身孕的談話。康聯的財務狀況每況愈下，萬大器建議朱院長在董事會內安插自己的人馬，並保證評鑑會因此通過。創傷小組成為評鑑的重點，在一次熊崽自作主張的判斷後，彭伯恩對熊崽的容忍到了極限，兩人有所爭執。在楊惟愉派蕭政勳和熊崽溝通後，熊崽才逐漸融入小組。

雖然熊崽逐漸地融入了小組，但他向家屬做術前保證的行為終於有了惡果，由他主刀的傷患在術後昏迷不醒，傷患家屬便在醫院外聚眾丟雞蛋抗議。事後柔伊勉勵他「只要盡力救人，被救活的人就不會忘記你」，而劉家倫出院時也對熊崽表達感謝。頂盛生技中心落成典禮上發生爆炸，數十位傷患被送往康聯，創傷小組施救的其中一名傷患回天乏術，讓熊崽受到極大的打擊，他回想起自己先前做過的保證，體認到即使自己全力以赴仍無法決定他人生死。

柔伊告訴葉建德自己的推理，而葉建德用蛋糕向阿永換來他拍攝的影片，再假冒記者和柔伊一起造訪AM2自救會。透過與邱淳的談話和影片，葉建德判斷策劃典禮爆炸案的兇手就是邱淳，他還建議蕭政勳將AM2加入陳顯榮的藥物反應檢驗項目，並讓陳顯榮轉院，避免被萬大器動手腳。熊崽向有戰地行醫經驗的蕭政勳詢問傷患在手中死亡的經驗，蕭政勳建議他平靜面對。一名孕婦因車禍受傷被送入康聯，由創傷小組救治。吳次長率領衛福部官員進入康聯，他們見到熊崽等人未按SOP急救孕婦，認為有嚴重的疏失。

十數年前，邱達一是不良藥物的檢驗員，他發現AM2有副作用後便和立委助理熊蔚成召開記者會，當時身為《華週刊》編輯的杜總編在製作專題報導後，雜誌社和印刷廠皆發生火災。杜總編向柔伊說明了這段過去以勸她收手，但柔伊堅持繼續追查。陳顯榮的驗血報告印證葉健德的推論，但他在轉院的過程中已被史佩萱安排的專車下手導致心律不整。葉建德的獄友HANK（陳以文飾）出獄後與葉建德重逢，協助葉建德追查萬大器的底細。邱淳將柔伊和葉建德約至自己的藏身處以安排專訪，希望萬大器的惡行能被報導。他表示萬大器試圖將陳顯榮滅口，更施壓媒體讓父親邱達一的主張不受重視，進而使父親死諫，而自己是為報復他才設下炸彈。

杜總編向柔伊透露自己被雜誌社封殺的過去，並將自己珍藏的筆傳承給柔伊，允許她繼續追查頂盛。葉建德發現萬大器和史佩萱在飯店秘密往來，柔伊接到通知後前來偷拍，而邱淳也埋伏在飯店停車場伺機殺害萬大器。在萬大器和史佩萱翻雲覆雨後，兩人和朱院長、吳次長一同前往飯店餐廳。朱院長試圖詢問吳次長關於突擊檢查的事，但不領情的次長中途離席。

柔伊清醒後，熊崽與她談話並找回自己行醫的初衷。萬大器派助理警告柔伊不得聲張，但堅持追查的柔伊帶傷暗自離院，帶走邱淳藏身處的資料，熊崽為了保護她，便將她安置在自己的家。康聯醫院沒有通過評鑑，被降級為地區醫院並面對裁員減薪的困境，朱院長和萬大器翻臉，萬大器安插的董事便召開臨時董事會改選董事長，達到目的的史佩萱隨即辭職。葉建德找上身兼康聯董事的仁新總裁尹德威（陶傳正飾），希望他動用人脈讓朱權綱續任康聯的董事長。葉建德把計畫告訴朱權綱，並認為改選董事會的關鍵人是社員代表外科部主任謝騰豐。

萬大器以偽造的單據威脅朱權綱，讓他決定放棄董事長和院長的位置以保護女兒，這讓承諾了尹德威的葉建德的立場變得尷尬。萬大器下令撤除創傷小組，並安插史佩萱擔任董事長特助，讓她管理醫院帳目。邱淳藏身處的資料中有他的遺書及他偷拍到的影片，內容提到萬大器造成熊蔚成死亡、陳顯榮車禍、邱達一被誣陷、AM2強行上市。熊崽讀畢遺書後猶豫自己是否該殺萬大器復仇，柔伊則取得偷拍影片做為證據。

HANK入侵史佩萱的電子郵箱，找到異常的資金流動資料，將該資料與楊惟愉交給葉建德的資料交叉比對，發現萬大器透過康聯洗錢；雖然阿永的相機拍到萬大器教唆助理毆打邱淳的影片，但相機記憶卡被為了錢而聽從萬大器指示的阿和搶走，葉建德出面取回記憶卡後，將之做為證據並寄給升任部長的吳偉胤；陳顯榮的行車記錄器則拍到萬大器的助理在車內動手腳的過程。

(完結篇)葉建德將蕭政勳的遺書交給楊惟愉，裡面傾訴著蕭政勳對她的愛意。為了取回董事長之位，王晨宇提議董事長改選並提名楊惟愉，由於謝騰豐關鍵的一票，楊惟愉成為康聯新任董事長，而謝騰豐則被任命為院長。在風暴告一段落後，楊惟愉和養父母的關係有所改善、葉建德和HANK有了新的落腳處、創傷小組的業務仍持續進行、而柔伊認為一切尚未結束，改變即將開始。