時間來到1957年冷戰高峰期，偉大的冒險家印第安納瓊斯在荒野沙漠與蘇聯間諜展開激烈追逐，千鈞一髮逃出的他遇見了騎著重型機車的小子馬特，馬特向他提出請求，希望能一同去尋找考古大發現－傳說中的”阿卡特水晶骷髏”。二人來到秘魯森林的古代墓地，尋找傳說中的黃金城，但很快的他們發現了蘇聯女特務也想取得水晶骷髏，好讓蘇聯帝國能統治全世界。為了阻止威力強大的神秘古物落入壞人手中，二人突破重重阻礙，展開了最驚險的冒險旅程…