第157集【「殼」的足跡】，佐助與祭帶著從貉強盜團首領證城寺取得的情報，前往雨忍者村，調查疑似為神祕組織「殼」的基地的場所。那裡是曾經發生意外事故的地下水道，如今禁止出入。佐助與祭正要展開調查，卻出現了一位名叫唐野辛子的男性。他們得知辛子對「殼」有印象，便由辛子協助帶路，進行調查。

第158集【消失的男人】，第七小隊接到新任務，尋找行蹤不明的醫療產品公司研究員。但是委託人住在遙遠國度，而且那位失蹤的研究員為了尋找醫療技術的材料，走遍各地。在陌生的國家尋人極為困難，因此熟悉當地的麥野以輔佐的身分加入。麥野是剛從長期遠征任務歸來的上忍，也是木葉丸的熟人。麥野跟慕留人等人開始執行任務，然而……

第159集【柱間細胞】，慕留人等人終於找到下落不明的研究員，但是他的外觀截然不同，甚至失去控制。即使不得不與對方展開戰鬥，慕留人等人仍然希望平安把人帶回去。這時醫療產品公司的維克多社長現身。社長與搜索隊同行，尋找這位研究員。他們將研究員拘捕並帶走，慕留人等人的任務宣告失敗。就在這時，由於先前的戰鬥，巳月的身體出現了異常！

第160集【前往默之國】，巳月留在麥野介紹的結比奈醫生那邊，慕留人一行人為了找尋事件的線索，前往默之國的黑市。然而默之國治安極差，是落魄忍者集結的無秩序地帶，不能有一絲鬆懈。他們來到最危險的地帶，向店家老闆詢問情報。與老闆的保鑣交戰過後，順利問出情報，然而......

第161集【惡夢之城】，柱間細胞是由初代火影千手柱間的身體採取而來，能使人體能量活性化，極其危險。慕留人一行人認為這次事件與柱間細胞有關，於是來到默之國的俘囚城，從大富豪手中回收柱間細胞，然而有另一群人也在伺機而動。同時，醫療產品公司的老闆維克多與神祕男子迪帕也展開行動。

第162集【逃出包圍網】，慕留人與木葉丸受到俘囚城的強盜事件波及，被當作犯人，默之國的惡徒緊追在後。慕留人一行人想要抓住真正的強盜，卻不停被人襲擊，無法追捕犯人。雖然慕留人臨機應變，卻因為一些意外，眾人無處可逃！

第163集【追蹤者們】，第七小隊與麥野勉強逃過街上通緝犯的追逐，在追捕竊賊的路上遇到一群實力高超的忍者，氣氛緊張，一觸即發。木葉丸出面調停，並得知竊賊是「霞之國」的忍者。一行人繼續追逐犯人，卻在這時被迪帕擋住去路。

第164集【死之禁術】，慕留人等人終於追上真正的竊賊，也就是霞之國的忍者兄弟。但是其中一人使出禁術，召喚怪物，連同慕留人一行人也被關進強力結界。怪物會吸取眼前所有生物的查克拉。慕留人提議先打倒怪物再逃出結界，但麥野認為特殊的禁術過於棘手，堅持眾人應該避免戰鬥。

第165集【四胞胎的使命】，慕留人一行人逃出夕彥的結界，但這次卻遇到四胞胎次男──晝彥。與夕彥相同，晝彥為了達成任務，不擇手段，使出禁術限制慕留人等人的行動。慕留人試圖說服晝彥解開禁術，同時對四胞胎的戰鬥方式抱持疑問，詢問晝彥不惜捨命的理由……

第166集【死鬥】，慕留人一行人必須比迪帕更早找到霞之國忍者的長兄──朝彥。他們搶先一步抵達，卻被迪帕突襲。任何反擊都無效，戰鬥能力高強的對手令他們感到心慌。這時，不知為何維克多也現身。慕留人一行人由於尋人任務被捲進一連串的事件，他們能順利將柱間細胞帶回木葉忍者村嗎！？

第167集【兩人的決心】，在與迪帕的戰鬥中身負重傷的慕留人一行人回到村子。慕留人與紗羅妲由醫療班負責，巳月則是交由大蛇丸治療。在戰鬥中敵不過迪帕的慕留人與紗羅妲很不甘心，做出某個決定。木葉丸為了展開深入調查，查出敵人與「殼」的關係，拜託鳴人等人讓他前往視察維克多的公司。

第168集【開始修行！！】，慕留人與紗羅妲深切感受到自己實力不足，為了增強實力，開始修行。慕留人想要鍛鍊螺旋丸，便尋找另一位螺旋丸使用者──卡卡西。紗羅妲則是在父親佐助的指導下，訓練寫輪眼的活用方式。另一方面，木葉丸與麥野順利取得許可，前往維克多的公司。雖然他們為了查明維克多的目的，直闖敵營……

第169集【與砂的共同作戰】，鹿代、豬陣、蝶蝶與砂忍者村的新木、夜土、荒谷一同執行任務，尋找鹿代先前交戰過的大筒木一族的傀儡，回收其殘骸。第十小組在前往風之國的路上，經過一家餐廳，卻在門口與一名散發神祕氣息的男性擦身而過。這位男性正是將慕留人等人打到重傷的迪帕。第十小組走進店內，目睹駭人景象……

第170集【新螺旋丸】，鹿代前來探望努力修行的慕留人，看到他陷入瓶頸卻奮力找出解決方法。鹿代在任務中見識了迪帕的驚人實力，告訴慕留人，選擇與迪帕再次交戰僅是有勇無謀。但是慕留人告訴鹿代自己想要變強的真正理由．鹿代聽了以後決定提供協助。與此同時，想要強化寫輪眼的紗羅妲跟著父親修行，卻和母親小櫻發生爭吵！

第171集【修行成果】，慕留人接受卡卡西的指導，並以自己的方式成功強化螺旋丸。他與卡卡西帶來的對手展開對決，展現修行成果。另一方面，紗羅妲與母親小櫻的實戰修行開始。下定決心，努力至今的慕留人與紗羅妲開始抓到訣竅。他們修行的成果究竟如何？

第172集【恐怖的簽名】，岩兵衛、電氣與李梅塔到醫院探望慕留人，巧遇一名少年。這位少年個性調皮又自大，刻意刁難岩兵衛等人，要求他們去找某位恐怖的忍者要簽名！三人本來婉拒，然而他們聽說少年即將動手術，決定無論如何都要將簽名拿到手！

第173集【地下室的祕密】，木葉丸與麥野埋伏於維克多的公司，得知谷之國的諸侯即將前來公司視察。他們決定利用這次機會，潛入特定人士才能進出的研究機構內部；慕留人與紗羅妲結束修行，前往谷之國，將阿納托的戒指還給米雅。米雅得知阿納托死亡，悲慟不已。

第174集【神樹再生】，慕留人與紗羅妲發現維克多的公司發生狀況，連忙趕至現場，在那裡看見吸取四周人類查克拉並逐漸成長的恐怖植物。兩人與木葉丸會合，合力阻止植物成長，然而他們陷入苦戰。這時迪帕突然出現在慕留人與紗羅妲面前，雙方即將再次交戰！

第175集【超越極限…！！】，木葉丸獨自對付維克多，卻在這時出現一位意想不到的人物，參與戰鬥。然而即使維克多受傷也能不斷再生，使他們陷入苦戰；慕留人與紗羅妲下定決心，這次絕對要打敗迪帕。兩人歷經艱苦修行，仍然無法對迪帕造成致命傷害。正當他們努力思考解決方法的時候……

第176集【封鎖阿吽之門！！】鳴人等人接獲報告，得知「殼」擁有通稱「外陣」的外部協助者，這些人極有可能藏匿於五大國。有人提議，為了保護村子安全，應當嚴格控管村子人員進出，但是鳴人並沒有當場做出決定。就在這時，他偶然看見下忍們，想起一件重要的事情……

第177集【鐵壁的感應系統】，山中一族運用優秀的感應能力，長久以來監控村子人員進出。這次以山中一族為中心，打造新的感應系統，並舉行實用測試。豬陣被分為搜索班，慕留人與鹿代則是扮演入侵者的角色，參與測試。豬陣起初覺得這是小事一樁，殊不知他無法順利追蹤入侵者的查克拉。認為自己辜負了眾人對山中一族的期待，豬陣十分沮喪……

第178集【父親的背影】，於第四次忍界大戰殉職者追思會，眾多相關人員齊聚一堂，緬懷故人。鹿丸與井野想起各自的父親生前貫徹任務，在最後一刻將未來託付給他們時的情景。鹿丸不禁懷疑，父親當時真的確信自己能完成任務嗎？這時，第五代水影的親信──青來到木葉忍者村。他是大戰當時本部的唯一倖存者……

第179集【維克多的陰謀】，由於在谷之國的任務建立功績，作為獎賞，鳴人答應與慕留人一對一進行忍者實戰練習，讓慕留人高興不已；同時，神祕組織「殼」正在一步一步推動「容器」的相關計劃。雄心勃勃的維克多小心翼翼地隱藏本性，不被慈弦與內陣發現，內心其實十分焦急。知道自己的身體馬上就會撐不住，他擬定了新的策略，為達目的不擇手段。

第180集【暗殺者麥野】，木葉丸因臨時任務而暫時離開村子，在他回來之前，由慕留人、紗羅妲與巳月三人執行任務。這時，慕留人在街上巧遇麥野，在麥野的邀請之下，拜訪他的家。慕留人看到破爛不堪的房間，大吃一驚。麥野娓娓道來，他住在這裡的理由……

第181集【容器】，飛行船在運送「容器」途中突然失去聯繫，「殼」的中樞成員「內陣」緊急召開會議。維克多身為運送計劃負責人，受到眾人指責，不論他如何辯護，首領慈弦依舊不理。計劃變更，「殼」即將正式展開行動！另一方面，鳴人為了測試「某個物品」，即將和慕留人在觀眾面前進行忍者實戰練習。慕留人想要向父親展現自己的成長，全力以赴，然而……

第182集【青】，回歸崗位的方助被火影召集過來，慕留人看到他，想起中忍考試的事情，非常氣憤。這時鳴人交付任務，希望慕留人、紗羅妲與巳月擔任方助的護衛，護送科學忍具。慕留人雖然不情願，仍然出發執行任務。一行人搭上雷車，遇見了前忍者──青。這時，在飛行船墜落事故現場調查線索的木葉丸與麥野碰到危險！

第183集【手】，慕留人等人與方助抵達尖端技術研究所，並且在那裡遇到一位老朋友。慕留人本來以為任務順利達成，沒想到還沒結束，必須協助測試開發中的科學忍具。慕留人一開始非常不滿，但是隨著測試進行，他的心情產生了變化……這時，火影親自指派了新任務。

第184集【人偶】，為了尋找在執行任務時斷了音訊的木葉丸與麥野，一行人抵達通訊中斷的地點，卻在事發現場遭到神祕傀儡襲擊。方助推測那些傀儡是高技術科學忍具，並以科學忍具對抗。使傀儡動彈不得之後，大家在茶丸的帶領下，抵達木葉丸與麥野的所在地。想不到霧忍者村的前忍者──青突然現身！

第185集【道具】，青變為敵人，麥野捨身牽制青，讓慕留人等人從現場撤退。麥野的事令他們動搖不已，這時方助向他們坦白另一件驚人的事實；同時「殼」的成員果心居士出現在青的面前並加以試探。青究竟會有什麼反應……？

第186集【使用方式】，第七小隊與青展開戰鬥！第七小隊合力連續發動攻擊，然而青不僅實力高強，又靈活運用科學忍具，是個難纏的對手。慕留人善用科學忍具反擊，好不容易將敵人逼到絕境，想不到青還藏了殺手鐧。青捨棄忍者身分，依靠科學忍具帶來的新力量。慕留人等人則是以忍者的力量奮戰。勝負將會如何？

第187集【楔】，慕留人與青結束交戰，「殼」的成員──果心居士突然出現在眾人面前。他施展封印術，打算消滅所有人。此時木葉丸解開封印術，與果心居士一對一開打。木葉丸使出螺旋丸，果心居士竟然以螺旋丸反擊。由於只有特定人物能夠使用這招，木葉丸心生動搖，就在這時被逼入絕境！慕留人見狀，手掌上的「印」突然發生變化！

第188集【覺醒】，居士看見慕留人身上的異常變化，對此產生興趣，暫時撤退。慕留人一行人勉強逃過一劫，在回村的路上發現一名倒在地上的神祕少年──川木。他與慕留人相同，手掌上有奇妙的「印」，激起眾人的好奇心。然而川木甦醒過來，對他們抱持強烈敵意，氣氛一觸即發。慌張的慕留人情急之下給川木看了手掌上的「印」，按照川木的說法，那是所謂的「楔」。

第189集【共鳴】，「殼」的外陣人員我婁現身，企圖帶走被稱為「容器」的川木，兩人就此開打。我婁全身裝備科學忍具，川木能夠自由變化手臂的形狀，使慕留人等人看得瞠目結舌。在激烈的戰鬥中，體力不支的川木終究被逮住。然而就在這時，川木的身體發生異常變化！同時，彷彿是產生「共鳴」一般，慕留人的身體也出現變化！

第190集【逃跑】，慕留人等人帶著昏厥的川木回到尖端技術研究所。川木接受治療時，在研究所值勤的菫親切地照料他，川木卻對她產生敵意，企圖逃離研究所。另一方面，木葉丸早一步回到村子，向第七代火影報告此事。鳴人很在意川木與「殼」的關係，決定親自見川木一面，啟程前往尖端技術研究所。

第191集【野狗】，川木身負重傷，逃離尖端技術研究所，來到龍膽的鬧區。為了補充體力，想盡辦法取得食物。此時，尋找川木下落的菫與鵺現身。菫很擔心川木的身體狀況，但是川木仍然對她保有敵意。這時菫和川木聊起自己的往事……

第192集【過去】，在鳴人的指示下，川木被移送至木葉忍者村。失去意識的川木做了惡夢，夢見小時候的自己。當時年紀還小，即使被父親的施以暴行，依然努力過活。某天，一位神秘人物現身，對方正是「殼」的首領──慈弦。因為這段際遇，川木即將面臨更加痛苦的生活。