第45集【崛田三兄弟殺人事件】，崛田文子的男友健太郎本是一鋼琴家，向崛田先生提婚不成，卻遭其傷害手指，無法彈琴因而輕生，5年後健太郎之父為其報仇，將崛田先生炸死，在柯南的推理下才道出過去這段往事。　

第46集【敷面膜殺人事件】，泉武雄原是兒島郁子女士公司的員工，聽從郁子意思以公司資金投資股票生意，因而虧本，將責任歸究於他，又動到其老家土地，遂引發其殺機。郁子女兒在其死後探望，卻碰上安全警衛，遂在其母臉上抹上敷面膜加以掩飾，反而誤導案情。

第47集【雪山山莊殺人事件】，大山是某醫學院教授，因為搶奪門下學生中原香織所寫的論文，遭到中原殺害，適逢柯南與他們在同一棟別墅裡過夜，因而循著大山教授所留下的線索，揭發了這件原本無從查起的謀殺案。

第48集【體育俱樂部殺人事件】，木島原是跳水選手，因為一件車禍意外讓女友身受重傷，西條告知大會委員，委員便將木島的代表資格讓予西條，但木島不服此種敗類立足體育界，遂將其殺之，掩飾一切的罪行仍被識破。

第49集【外交官殺人事件(上)】，服部平次有關西的工藤新一之稱，此次找到偵探社來一探傳聞的究竟，卻碰上一宗外交官被殺的案件，服部為了與新一一較高低，便以這個案件決勝負，新一會適時的出現嗎？

第50集【外交官殺人事件(下)】，柯南喝了服部帶來的白乾，變成了工藤新一，並推翻服部的推理。新一認為兇手應是達村夫人，最後果然讓她招供，道出當年達村外交官陷害其前夫入獄身亡的過去。

第51集【圖書館殺人事件】，柯南意外發現圖書館館長津川在圖書館中私藏毒品，並且曾經殺了職員玉田先生滅口。在不得已的情況下，與一班小朋友一同躲過津川的追殺，終於將案情向警方公佈。

第52集【高爾夫練習場殺人事件】，高爾夫練習場上突然發生爆炸意外，毛利小五郎正好在現場，雖然小五郎的推理聽起來很正確，但一切全中在兇手的意料當中，在新一的明察秋毫之下，終於找到兇手露出的破綻，揭發兇案的實際兇手。

第53集【霧天狗傳說殺人事件(上)】，毛利小五郎與小蘭柯南三人因賞櫻花在路上碰巧迷路兼車子爆胎，寄宿在附近一間寺廟，卻發現該寺廟住持被吊死在修行房內，兇手到底是誰？真的是霧天狗這個傳說作祟嗎？

第54集【霧天狗傳說殺人事件(下)】，柯南發現了修行房外的碎片，尋著珠絲馬跡將瀑布與破洞的牆壁碎片牽連上線，又察覺秀念對案發當晚寺內發生之事毫不知情，遂在找到證物之後進行推理，果然讓秀念道出兩年前住持謀害其兄的一段過去。

第55集【神秘兇器殺人事件】，柯南一行三人在路上散步，聽到尖叫聞聲趕至一棟大樓，發現井本龍介死在陽台，案發當時都沒有人在現場，兇手是誰？兇器為何？犯案手法又是什麼？柯南無法使用麻醉槍，只好旁敲側擊點醒毛利破案。

第56集【電玩公司殺人事件】，電玩公司滿天堂召開發表會時，突然發生爆炸事件炸死了人，卻離奇的牽扯出曾經利用毒藥讓柯南縮小的秘密組織，柯南差點就要挖出該組織，卻被其適時的消聲匿跡，線索有消失了。

第57集【列車手法殺人事件】，伊達醫生因為收製藥公司回扣，被內海醫生發現，加以勒索，否責將向外界公開，伊達便利用列車所能產生的不在場證明設計了一套列車上的謀殺計畫，最後仍被柯南所破解。

第58集【清潔車殺人事件】，中山社長經營一家清潔公司，對其學長藤井拋棄妹妹害其意外死王不能釋懷，遂進行了整項殺人計畫，誰知確因為自己公司所進行的工作所洩漏出其罪行。

第59集【荷姆斯弗利克殺人事件(上)】，柯南為自己，毛利小五郎與小蘭三人申請參加偵探小說迷旅行團，幸被抽中，但在抵達下榻的別墅後，卻接連發生兩起命案兇手到底是誰，這些偵探迷會破解命案嗎？

第60集【荷姆斯弗利克殺人事件(下)】，經過抽絲剝繭之後，為了破案，又怕被服部平次在推理時揭穿身份，柯南變將服部催眠，進行推理；原來是戶達先生不能容許主辦人與藤澤先生背棄事實著書才設下殺人的陷阱。

第61集【第一次購物殺人事件】，村瀨原本是一家便利商店店長，卻因為惡質的高利貸使自己債台高築，無計可施之下將其殺之，卻被上街買東西的小弘看到也欲將其一起殺之滅口，卻逃不過柯南的追蹤，揭發了整件謀殺案。

第62集【插畫畫家殺人事件】，蝶野泉仿照大插畫家花岡兼人的筆觸為其畫插畫，終有一天無法再屈居其下，予以反抗，威脅要公諸於世，花岡失手將其殺死，又設計出一連串手法讓一切看來像是蝶野自殺，但終逃不了柯南的法眼。

第63集 【幽靈船殺人事件(上)】，毛利小五郎應邀到敷島上為島民演講，村長三上又託其找尋7年前沉沒海中的龍神號黃金的藏金處，卻意外因此讓毛利惹上殺身之禍，結果在毛利的一場演說中，竟然有人暗殺.......

第64集【幽靈船殺人事件(下)】，毛利的存在究竟對何人不利？柯南決定要查明事情的真相，結果發現原來和村裡，傳說的水鬼故事有關，當柯南發現了，水鬼傳說，原來是要掩人耳目，以方便兇手尋查黃金用的，結果兇手竟將柯南帶入山洞，打算活埋，柯南能夠脫困嗎？

第65集【大怪獸蛾魔拉殺人事件】，柯南與一行小朋友去拍攝電影的攝影棚裡參觀，卻意外碰到一起命案，大怪獸蛾魔拉真的會殺人嗎？扮演怪獸的兇手到底是用什麼手法將龜井製作人殺死的呢？

第66集【第三個指紋殺人事件】，寺岡勝敏是個負責暴力祖織案件的刑警，卻因為與黑道有金錢授受關係，遭到對方威脅，遂起殺機，讓一切看來出自意外，誰知一切卻被手槍上他太太的指紋所揭穿。

第67集【螃蟹與鯨魚綁架事件】，遠藤先生的兒子圭太遭人綁架，在柯南的協助下，糊里糊塗的毛利偵探，依照圭太電話裡的話尋找線索，終於安全的救回人質，並且找到了綁架犯。

第68集【夜路殺人事件】，竹野因為女友惠子與生田登山時，遇到山婻生野獲救未救惠子，事後又對此事談笑風生心有不平，策畫了一起夜路殺人計話，法網恢恢，仍被新一所識破。

第69集【舞台女演員殺人事件】，一舞台受到恐嚇，要脅立刻停止演出否則將有悲劇發生，最後女主角祥子果然遭氰酸毒死，原來是其宣傳相良瞳對其橫刀奪愛不專於情的行為懷恨在心所引起的殺念。

第70集【暗夜公爵殺人事件(事件篇)】，毛利與柯南、小蘭三人在阿笠博士勸說下參加一個旅行團，只要找出假扮暗夜公爵的主辦人真象，就可獲得住宿費全免的優待，旅行團繞在“秘密程式”與電腦病毒和暗夜公爵上打轉，其中究竟暗藏什麼疑雲呢？

第71集【暗夜公爵殺人事件(疑惑篇)】，在江原時男摔落身亡之後，大家都說不出確切的不在場證明，就在此際，明子與小蘭柯南三人又在電梯碰到了暗夜公爵，而且輕鬆躲過了得過空手道優勝的小蘭的攻擊，難到說兇手真的是全國空手道冠軍的前田先生嗎？

第72集【暗夜公爵殺人事件(解決篇)】，在逐一的抽絲剝繭之下，新一發現真正的兇手就是佐山明子，明子道出3年前他哥哥拼命一搏所發展出的軟體卻被電腦哈克族的江原時男所盜，因此跳樓身亡，自此便開始計畫此樁謀殺計畫，未料仍逃不過老天爺與新一的法眼。

第73集【米花之狼殺人事件】，美帆因為被人跟蹤，在向警方報警之後，卻被那名跟蹤者恐嚇，最後因懼怕遭到對方毒手先下手為強，利用自動販賣機的飲料將對方毒死……

第74集【三胞胎別墅殺人事件】，柯南與小蘭到園子家渡假，卻碰上小蘭姐姐的準公公被殺，嫌犯竟然是他的三個三胞胎兒子，小蘭等人雖然看到了兇手的鼻眼，卻無法分辨誰才是真兇，新一這次又該如何破案呢？

第75集【少年偵探隊遇難事件】，柯南與朋友、小蘭一行人到海邊去玩，意外碰上春日設計殺害其女友小忍，在眾人協力之下逃出了洞窟，揭穿了春日為求富貴另訂婚約的內幕。

第76集【死神陣內殺人事件】，南條隼人因為三年前自己飾演死神陣內的戲份即將被新人北野搶走，情急之下設計將其殺死，眾人都以為是意外，但其女友忍辱偷生潛入其公司做經紀人，終於得知真象，便設計一連串手法將其殺害。

第77集【金融公司社長殺人事件】，毛利小五郎一次在晚上與朋友打麻將因為三缺一，找金融公司的肥田社長插花，卻因此發現了一宗密室殺人案件，兇手到底是誰，用是用什麼方法讓肥田社長中毒的呢？柯南會找到蛛絲馬跡嗎？