在第一部電影的尾聲，美國魔法國會在紐特斯卡曼德的協助下，成功緝捕強大的黑巫師蓋勒葛林戴華德到案。但不久後葛林戴華德驗證了先前放話的威脅，成功逃離大牢並開始廣收信眾，這些人大多不知他背後的真實目標：培養一群純種巫師大軍，好統御所有莫魔生靈。為了阻撓葛林戴華德的計畫，阿不思鄧不利多招攬他往日的學生紐特斯卡曼德來幫忙，紐特也欣然接下任務，但卻對前方重重的阻礙及危險渾然不知。此行揭開了派系的鬥爭及分野，愛情及忠誠度受到嚴峻考驗，就連最親近的朋友及家人也面臨測試，魔法世界的嫌隙及鴻溝日益擴大。