四位忍者龜兄弟米開朗基羅，多納太羅，李奧納多，拉斐爾將再度重返大螢幕，這回打鬥場面更大，更壞的壞人現身，還有美麗的記者艾波歐尼爾，攝影師凡恩芬維克和新加入：戴曲棍球面具的正義使者凱西瓊斯。超級大反派許瑞德逃脫監禁後，他與瘋狂科學家巴克斯特斯托克曼以及兩個笨蛋心腹比巴和洛克史迪合作，發動一場兇殘的計劃接掌全世界，當四隻忍者龜準備對付許瑞德和他的新夥伴，但他們卻發現正面臨一個更恐怖的惡勢力：惡名昭彰的克朗。