三頭龍王者基多拉從地底的長眠中甦醒，牠召喚所有隱藏在世界各地的巨大怪獸跟著牠一起甦醒，全球陷入山崩地裂的末日景象；長期蟄伏在深海底的哥吉拉也感受到牠的邪惡力量，牠正面迎戰王者基多拉，正當兩大怪獸為地球的霸權而戰時，擅長飛行的拉頓與摩斯拉也出現在天際，牠們是敵是友？而一路追蹤古老神秘生物的「君主組織」這次也將動員所有的軍事力量，這一次，不再只是怪獸爭霸戰，人類也加入戰局，為人類的最後存亡付出一己之力。