「你有想實現的願望嗎？」在學校流傳有一種神秘的小妖怪，會來到夜晚沉睡的孩子枕邊輕聲耳語。無論如何都想實現願望的一樹（城檜吏 飾）等人，被傳聞中的小妖怪引導，決定要找出「妖怪圖鑑」。他們和瑤子老師（新垣結衣 飾）在有著可疑的店主（神木隆之介 飾）、像迷宮一般的二手書店得到了圖鑑，當他們踏出書店，外面卻已不是他們所知道的那個世界…。
