尼歐在氣墊船爆炸後，因為用盡全力擊退進攻的烏賊，而陷入昏迷狀態，使得他沒辦法進入「母體」繼續與之對抗的任務。他發現了自己力量的來源，也明白自己為何能在現實世界也能發功的理由。正當尼歐的力量逐漸暴增的時候，貪婪的史密斯幹員也變得威力無窮。尼歐知道要從史密斯幹員手上拯救錫安與「機器世界」，他必須冒險更進一步。而尼歐的命運與兩個世界的未來，都緊緊繫於他與史密斯幹員在滂沱大雨中的最後決戰…。
