第1話【魔法少女回來了】：人類和冥獸的戰爭-迪斯坦尼亞戰爭結束後3年。 當時身為大戰英雄的大鳥居明日香已從魔法少女退役，並作為一般的女子高中生普通的生活著。 但某日街上發生了恐怖攻擊…

第2話【日常與戰友】：再度變身成魔法少女，從恐怖份子手中救出朋友的明日香。這樣的她，得知了同樣曾是Magical Five的夢源胡桃的消息。並知曉了此時的胡桃仍在持續戰鬥著…

第3話【更慘烈的戰爭】：為了歡迎轉學來的胡桃，明日香和朋友們一起去泳池玩耍。明日香遠離了作為魔法少女戰鬥的日子，沈浸在平穩的生活中，可是…

第4話【巴比倫旅團-開始交戰】：希美被阿比格露一夥人監禁並拷問。知道了希美被綁架後的明日香雖然很焦急，但偏偏公安和M班卻都無法出動。得知此事的明日香她…

第5話【極為現實的處置方法】：明日香在魔術傭兵二人組的面前苦戰著。另一方面，因為有胡桃的應急處理，希美撿回了一命。但是，希美所背負的傷痛，超越了外傷開始侵蝕她的精神…

第6話【對著星星許願】：追查巴比倫旅團的情報而來到日本的的米亞，和茱莉亞、亞倫一起進行潛入調查。另一方面，明日香在附近的七夕祭典當中，遇見了名為桑迪諾的直爽女性。

第7話【魔法少女特殊戰開發部隊】：加入M班的明日香，第一個任務是前往北海道和俄羅斯的黑手黨戰鬥。雖然疑似Magical Five的塔瑪拉與其有關，但明日香還是出動前往現場…

第8話【 一定能成為優秀的魔法少女】：在沖繩遭受父親虐待的少女，與那嶺千里。某一天，巴比倫旅團的基斯讓她成為了魔法少女。同一時間，明日香她們也朝著沖繩出發…

第9話【地獄之蓋】：隨著SIX NAHA即將開始，從位相次元橋中出現的是，妖精國家梅莉波可的達彼拉將軍。但於此同時也出現了把她當作目標的巴比倫旅團的基斯，和來自冥獸軍團的襲擊…

第10話【各自的死鬥】：希美和紗綾子被捲入了街道上與冥獸間的戰鬥，在前線和敵人挺身戰鬥著的米亞和塔瑪拉，以及眾多逝去的士兵們。最後剩下的明日香和胡桃的戰鬥，現在也正要開始…

第11話【魔法少女們和這個美麗的世界】：胡桃對千里，明日香對基斯，激烈的戰鬥還在持續著。明日香對付作為對魔法少女專用兵器改造而成的基斯，正陷入苦戰中時，飯塚開始了行動…

第12話【如果這場戰鬥結束以後】：結束了Six Naha的戰鬥後，明日香再度想起了3年前的大戰時，魔法少女們所說過的話語。「這場戰爭結束以後…」魔法少女, 明日香說出的答案是…