在「夢幻忍者樂園」中，和傳說中的忍者們握手!?忍忍者收到了這麼一封邀請函後，天晴等6人便帶著興奮的心情前往樂園，沒想到，他們卻搭上了「妖怪列車」！妖怪輪入道製造出了幻覺，讓6人各自迷失在奇妙世界中。這時，現身拯救他們的是曾經打倒過試圖讓黑暗壟罩世界的「暗影路線」，那就是列車戰隊特急者。特急者說，邀請忍忍者的並不是「夢幻忍者樂園」，而是「暗黑忍者樂園」。他們是暗影路線的殘黨，身為頭號忍者迷的暗黑博士馬佛羅為了製造出傳說中的忍者「暗黑克隆」，才故意引誘忍忍者現身。來不及逃走而被抓住的天晴（忍者紅）被暗黑氣場包圍，分離出了混合忍者「暗黑忍者紅」！天晴的忍者力慘遭吸收，整個人被消滅了……。面對馬佛羅、輪入道再加上暗黑忍者紅所組成的強敵大隊，忍忍者＆特急者該怎麼辦才好？
在「夢幻忍者樂園」中，和傳說中的忍者們握手!?忍忍者收到了這麼一封邀請函後，天晴等6人便帶著興奮的心情前往樂園，沒想到，他們卻搭上了「妖怪列車」！妖怪輪入道製造出了幻覺，讓6人各自迷失在奇妙世界中。這時，現身拯救他們的是曾經打倒過試圖讓黑暗壟罩世界的「暗影路線」，那就是列車戰隊特急者。特急者說，邀請忍忍者的並不是「夢幻忍者樂園」，而是「暗黑忍者樂園」。他們是暗影路線的殘黨，身為頭號忍者迷的暗黑博士馬佛羅為了製造出傳說中的忍者「暗黑克隆」，才故意引誘忍忍者現身。來不及逃走而被抓住的天晴（忍者紅）被暗黑氣場包圍，分離出了混合忍者「暗黑忍者紅」！天晴的忍者力慘遭吸收，整個人被消滅了……。面對馬佛羅、輪入道再加上暗黑忍者紅所組成的強敵大隊，忍忍者＆特急者該怎麼辦才好？
