第1集【新學期的作業 之段】，休假期間亂太郎回家裡，準備回忍術學園的時候特別繞路找他老爸道別。接著就到他跟新兵衛、霧丸約見面的地方。不過新兵衛為了要抄亂太郎的作業，便說要請客。回到忍術學園，發現班上同學也都在趕作業。倒是老師們應該察覺到這點，於是用喝茶的理由晚點到班上。

第2集【班長的工作 之段】，庄左衛門聽到一年甲班班長彥四郎被安藤老師罵，得知原來是老師太重視班上的成績，以致於同學遇到考試就把該做的工作推給班長做，好心的彥四郎沒時間看書就成績考不好。同樣身為班長的庄左衛門為了幫彥四郎解決這個問題，於是想辦法說服安藤老師改變他的觀念。

第3集【把心轉化為佛祖 之段】，山田老師要教丙班怎麼扮女裝，但金吾被土井老師發現他是因為不肯扮女裝而裝病。得知這件事的戶部老師，覺得金吾會這麼抗拒扮女裝是自己害的，於是決定要改正他的想法。扮了女裝的戶部老師告訴金吾忍者不能注重外形，而是以達成目的為最大目標。因此金吾終於肯乖乖上扮女裝的課。

第4集【顯眼的設計 之段】，伊助的爸爸媽媽在送染布的時候，不小心聽到八方齋跟毒竹忍者的談話。八方齋顯然沒發現到，還送布過來請伊助的爸爸媽媽染成其他顏色，準備要在對戰的時候突顯自己的存在感。想不到布料卻因為過於顯眼，結果反而讓毒竹忍者們變成攻擊的目標。

第5集【生物委員會之恥 之段】，竹谷說生物股長伊賀崎孫兵下落不明，還說生物委員會認為這是恥辱，因此要派生物股長尋找伊賀崎的下落。竹谷當初明明對三治郎說這是不能公開的秘密，想不到在路上遇見亂太郎他們的他，居然說出伊賀崎不見人影的事情。

第6集【編列預算 之段】，中在家圖書委員長拿了一批破舊捲軸，希望潮江總務委員長能編列預算修補，潮江拍胸脯保證會編出預算，想不到怎麼樣都擠不出錢來，但又害怕中在家生氣，於是決定找團藏代替他說這件事。害怕看到中在家生氣的團藏便向欠他人情的亂太郎3人求助。

第7集【鬼屋 之段】，土井老師從玉三郎口中得知，只要待在房子裡能夠平安無事，就不用付房租，於是決定守夜一探究竟。但是玉三郎卻不小心觸碰到機關，霧丸跟新兵衛才想起那些都是一年丙班來這裡住的時候，兵太夫跟三治郎把屋子改造成機關屋，而愛挖洞的綾部前輩則在這裡挖了不少陷阱，因此鬼屋之謎終於解開了。

第8集【美麗的小氣鬼 之段】，阿鈴婆婆叫霧丸陪她去要錢，想不到對方那個大力士居然落跑了，阿鈴婆婆不僅沒生氣還要霧丸替他立墳墓，阿鈴婆婆還哭著說願意多借錢給大力士，正當霧丸覺得阿鈴婆婆沒想像中那麼小氣的時候，大力士居然現身要阿鈴婆婆再借錢給他…

第9集【偷渡南蠻留學 之段】，新兵衛的爸爸發現毒竹城城主與八方齋刻意安排毒竹忍者躲在貨箱裡，想讓他們偷渡到南蠻留學，學習南蠻間諜的技術。新兵衛爸爸為了阻止他們，衝到忍術學園想通知山田老師跟土井老師，但老師們都不在，於是便想到用食堂大嬸煮菜的好手藝對付毒竹城城主他們。

第10集【突如其來的文化祭 之段】，學園長一向想到什麼就做什麼，結果這次是說要舉辦文化祭，還要各委員會想點子設立實習商店。不過學園長指定負責發送邀請函的是小松田。這點反而讓土井老師跟山田老師很擔心。

第11集【各種受邀賓客 之段】，儘管各委員會認為自己能夠幫老師們解除危機，但還是發現到許多賓客帶同樣的面具，因此忍蛋們認為是擅長變裝術的紫革耳忍者為了之前埋的寶藏再度混進來。但土井老師居然說不必跟蹤紫革耳忍者，反倒是山田老師居然去跟蹤花房牧之介，並嚴重質疑他是故意混進來的暗殺者。

第12集【學園的巨大迷宮 之段】，萬壽烏跟土壽烏好死不死逃往工務委員會舉辦的”忍術鐵人三項比賽”場地，儘管他們搭乘了鴨子船2號，卻被七松給打翻了。兩人於是又跑向生物委員會的遊樂設施，想不到有毒蜘蛛在被當成迷宮的菜園裡流竄。

第13集【四年級的團結 之段】，新兵衛無意間聽到四年級的覺得自己不受歡迎，追究原因的結果是四年級的都不團結。為了要贏五年級跟六年級，因此打算集合大家好好商量怎麼團結。但新兵衛誤以為他們是要團結起來找五年級跟六年級打架，於是找食堂大嬸商量。

第14集【突庵望太的夢 之段】，突庵望太夢想當忍術學園的老師，還當著學園長的面要展現他的實力，結果卻撞到頭昏倒，最後還是當不成老師。善法寺看他可憐的份上，便說要幫他寫介紹信，介紹他到黃昏城忍者隊，但他又為了展現實力撞到頭昏倒…

第15集【變裝名人是誰 之段】，亂太郎他們在學園長的要求下，跟著山田老師與土井老師到金樂寺聽和尚唸真經。結果在場的兩名商人自稱是忍者迷，並開心討論忍者之中誰的變裝技術最好。兩名商人分別認為技術最好的是里芋行者與山左衛門，吞不下這口氣的山田一直暗示對方其實最會變裝的是自己，想不到那兩名商人居然是…

第16集【土井老師的災難 之段】，尊奈門下了挑戰書給土井老師，已經厭倦他這個做法的土井老師還是被迫赴約。因為之前敗給土井老師的粉筆，這次尊奈門聲明不准用忍具以外的道具。想不到這時候學園長跟忍蛋們還跑來觀戰，學園長還拿出尊奈門最忌諱的文具要土井老師認真應戰。

第17集【愛乾淨同志 之段】，伊助跟喜三太跟團藏輪到要去打掃倉庫，但團藏急著想去踢足球，草草打掃之後就找斜堂老師來檢查，伊助跟斜堂老師都覺得還髒髒的，但急著踢足球的團藏還沒等斜堂老師把話說完就拉著喜三太跟伊助離開，結果愛乾淨的伊助跟斜堂老師因為很在意那些髒污又回倉庫打掃。

第18集【慈善拍賣會 之段】，學園長因為茅舍老舊想重建，但山田老師跟土井老師都跟他說沒有那筆預算，於是學園長決定自己籌措資金，並決定重現上次文化祭辦得非常成功的實習商店，舉辦慈善拍賣會，結果小松田又把邀請函送錯，收到邀請函的毒竹城主決定親自參加拍賣會進行偵察。

第19集【還以為是什麼圈套 之段】，亂太郎從家裡回忍術學園的路上遇到一名昏倒的旅行者，原本不想跟這個人有任何牽扯，想不到旅行者卻死纏著他不放。並說明自己是土糞菇城的菜鳥忍者，要送密函到白鬼城。因為肚子痛的關係，希望亂太郎能幫他送密函。

第20集【老人的真實身分 之段】，兵太夫與喜三太後面有毒葉子忍者在追，不過毒葉子忍者的後面也有人在追他。想不到那個人，竟然是人稱”有決斷力的路痴”的神崎前輩。後來大家才想起跟他們要魚的老爺爺到底是誰，結果他居然是學園長。

第21集【土井半助的秘密特訓 之段】，諸泉尊奈門不甘心自己老是敗在土井老師的文具攻擊，察覺到這件事的雜渡便假借要他送信給善法寺，實際上是讓他去看看土井老師是怎麼練習這招攻勢。想不到詢問善法寺跟亂太郎他們，都說沒看過土井老師練習這個攻擊方法。於是諸泉決定利用土井老師的弱點揭發那招攻擊的秘密。

第22集【新火藥的秘密 之段】，土井老師要進行新火藥的實驗，於是找久久知幫忙。但因為還需要多了解一些資料，因此交待久久知在新火藥正式成功以前要保守祕密，連火藥委員會的成員都不能說。沒想到亂太郎他們居然新火藥的事情，而且竟是聽土井老師說的。

第23集【恐怖的笑容 之段】，松千代老師發現圖書室的書歸還率很低，覺得身為圖書委員會顧問的自己得想辦法解決這個狀況，於是啟動”恐怖笑容作戰”－－就是讓中在家前輩去找那些逾期還不還書的人，結果每個看到中在家前輩的笑容都乖乖把書拿出來還。

第24集【奪取煮物 之段】，食堂大嬸請亂太郎幫她送煮物給黑古毛老師，結果跟霧丸在半路上遇到一個昏倒在地的人。對方居然因為他們沒出手救他而一路跟到黑古毛老師那兒，後來得知他是個忍者，是來執行搶走黑古毛老師開發的忍者食物，但因為太難吃了，他反而想要食堂大嬸做的煮物。

第25集【裝有密函的魚 之段】，亂太郎看到掛起來的魚乾，想起那些是之前補考的時候放密函的魚，但是聽其他忍蛋說當初把魚交給他們的是松千代老師，跟拿魚給亂太郎他們的不是同一個人。因此亂太郎他們懷疑自己拿到的密函是真的，但趕去找魚的時候，密函已經被烤焦。於是山田老師決定調查土糞菇城跟白鬼城的動向。

第26集【砍成兩半的出席簿 之段】，伊助他們遭遇到土糞菇忍者，當他使用迴力棒發動攻擊，為了救伊助他們的土井老師馬上拿出他的出席簿應戰，想不到所向無敵的出席簿竟然被砍成兩半，讓土井老師沮喪不已。亂太郎他們還遇到土糞菇城的切羽拓郎，傳子為了忍蛋們將親自出馬應戰。

第27集【沒有木炭 之段】，山田老師受食堂大嬸之託去庄左衛門家買木炭，但是把這當做教學一環的山田老師決定帶一年丙班一起去。但是在路上遇到庄左衛門的爺爺，原來因為疑似有人囤積木炭，以致於庄左衛門家的店都拿不到木炭，因此他父母便直接到白鬼岳收購，但一直沒有回來，於是山田老師決定帶忍蛋們到那裡調查個清楚。

第28集【與北石照代合作 之段】，學園長要亂太郎們幫他送信給舞茸城城主，路上遇到目前在鳴門城工作的北石老師。北石的目的是要搶走他們的信，後來發現另有他人也想要搶信，於是跟亂太郎們說好雙方合作渡過眼前的難關，並承諾讓他們送信給舞茸城城主。當亂太郎好不容易把信拿給城主，卻被假扮成武士的北石老師截走。

第29集【太能幹了 之段】，亂太郎跟霧丸在港口看到新兵衛爸爸的表情不像他們平常看到的那麼溫柔，新兵衛說他爸爸做生意的時候表情就是那麼嚴肅。後來3人開始討論為什麼新兵衛的妹妹圭子會那麼能幹，經過思考才發現原因是新兵衛進忍術學園後，新兵衛爸爸覺得很寂寞，圭子只好自立自強。

第30集【嚴禁指定 之段】，立花奉學園長之命去保護松茸城的少主，結果居然是充當少主影武者的新兵衛，指定要立花保護他。得知少主其實是影武者的立花雖然有些沮喪也沒有鬆懈，在採松茸的路上刺客出現了，原來真正想暗殺少主的是監護人，他打算把暗殺行動嫁禍給派來當護衛的立花。