第1集【新學期的好料 之段】，明天起就是新學期的開始，亂太郎媽媽興高采烈地打算大顯身手煮一頓好料送亂太郎回忍術學園。但亂太郎爸爸不知為何卻要亂太郎媽媽狠下心來做難吃的料理給亂太郎吃。

第2集【像野狗般強大 之段】，土井老師忘記關家裡的門窗。因此他拜託亂太郎、霧丸跟新兵衛回他家關門窗。三個人馬上趕到土井老師他家，但聽到他們談話的「神秘野狗」竟搶先他們到土井老師家。

第3集【冷漠的新兵衛 之段】，一年丙班在考數學的時候出現了某個事件。亂太郎與霧丸竟然都考了高分。新兵衛原本滿心期待，認為自己也絕對沒問題…但結果還是考了很慘的分數。新兵衛懷疑亂太郎跟霧丸一定是偷偷瞞著自己努力用功念書。

第4集【另一個我 之段】，霧丸打完工回去的途中，遇到了在橋上想事情的山本品老師。身為變裝名人的山本品老師，只要一變成年輕的模樣就不知不覺得變得很大方，於是另一個我就罵她「太浪費了」。

第5集【新兵衛的天份 之段】，新兵衛的爸爸跑來忍術學園。他說有事情要找老師們商量，但不能讓新兵衛知道。原來新兵衛的爸爸懷疑新兵衛沒有當忍者的天份，因此打算把他帶回家繼承福富屋。

第6集【笑不出來 之段】，一年甲班的傳七與左吉，被安藤老師說他們就是沒有幽默細胞，實戰才會比較弱。於是兩人猜想亂太郎他們該不會有幽默細胞，於是決定調查清楚。

第7集【掉委員長 之段】，今天委員會活動仍然很熱鬧的忍術學園。但因為學園長突然想到的點子，各委員會的委員長將進行改選。到底誰會變成哪個委員會的委員長呢？亂太郎他們這群低年級的可是非常不安。

第8集【土井老師的休息 之段】，都已經到了上課時間，土井老師卻還沒進教室。擔心的亂太郎他們來到了教職員辦公室，發現土井老師竟然在睡覺。原來他吸入了新做的安眠藥，所以一直沉睡不醒。而且他似乎還做了什麼夢呢…

第9集【把字寫好的方法 之段】，字體非常潦草而傷腦筋的團藏。團藏為了明天的考試，也為了想知道如何在一天之內讓字變好看的方法，於是他與亂太郎造訪了書法教室．亂氣流道場的塚口水堂先生。為了團藏，水堂老師想了什麼方法呢？

第10集 【突庵望太的成長 之段】，學園長昔日的友人，就是在忍者的世界超有名，也是突庵望太的曾祖父，說要來忍術學園看看望太。只是當實習老師的望太成績並沒有合格，而他曾祖父一直以為他還在忍術學園。

第11集【不能發出腳步聲週 之段】，學園長看到忍蛋們在走廊上奔跑，於是宣布展開”不能發出腳步聲週”。任何在學園內發出腳步聲走路的人，就必須頭頂飯碗當做處罰。感到困擾的亂太郎他們便開始進行某項作戰計劃。

第12集【來做什麼 之段】，風魔流忍術學校的古澤仁之進來到了忍術學園，但是他說忘記為什麼會來。仁之進以前的同學喜三太便打算幫忙他回想起來。

第13集【各座黨現身 之段】，各座黨盜賊團的首領，外表看起來很厲害，但其實膽子很小。因此老是指使底下的小弟們，也得不到他們的愛戴。而喊著「無法再奉陪下去」的小弟們離開了他們的首領，在路上碰巧遇到亂太郎他們…

第14集【家族大集合 之段】，新兵衛的爸爸提議集合一年丙班的家長們，舉行親睦會。當天，伊助、庄左衛門的父母，虎若的父親都陸續到亂太郎他家…

第15集【尋找教育方法 之段】，毒竹忍者的船長達魔鬼跟風鬼，希望能栽培自己的兒子，成為像山田利吉那麼優秀的忍者。於是兩人來到忍術學園，想知道身為父親的山田老師的教育方法。

第16集【美容界的指標 之段】，奈良茸城的武士大邊穀造跑來找美容界的指標齋藤幸隆。原來是嫁到網茸城的公主回娘家，希望幸隆幫她做頭髮，所以特地來帶幸隆去城堡裡。

第17集【土井半助的真面目 之段】，霧丸他們代替土井老師回來繳房租。但是房東先生跟隔壁大嬸懷疑土井老師很可能是忍者，這讓亂太郎他們非常訝異。雖然他們設法掩飾內心的慌張，但房東先生他們卻收不回懷疑的眼光…

第18集【安藤老師的教養 之段】，安藤老師的女兒來到了忍術學園。說她到鎮上買東西的時候，被一位自稱是遠房親戚的貴族叫住，還說想要見安藤老師。得知貴族把自己誤認為校長的安藤老師，整個人可是心情大好。

第19集【目標是紙馬 之段】，毒竹的雪鬼與雲鬼，對於城主竹高愛紙馬勝過愛他們毒竹忍者而感到不滿。某天夜裡，正當兩人在城主的寢室門口負責守衛的時候，有可疑份子入侵，還把紙馬偷走了。

第20集【毒葉子的笨蛋忍者 之段】，亂太郎、霧丸與新兵衛三人，擔任五年級與二年級聯合小隊的嚮導，朝著毒竹忍術教室前進。亂太郎他們變裝潛進去裡面，但是在毒竹忍術教室裡面，似乎有人在，而教室外面也有毒葉子的忍者們。

第21集【沾滿麵粉 之段】，為了找出毒竹忍術教室的招牌而潛入忍術學園的毒蛋們，憑著「有大塊板子的地方」這個提示尋找招牌。另一方面，為了得到前往毒竹忍者隊工作的介紹信，鎮上忍術培訓班的畢業生也潛入學園找同一塊招牌。

第22集【交給三年級了 之段】，由於得到毒葉子城派忍者來忍術學園的情報，於是六年級與三年級開始在學園裡巡邏。就在這個時候，一名覆面的神秘忍者出現在伊作前輩面前…

第23集【忍術學園的祕密武器 之段】，紅茸城的細井萬丸來到忍術學園。他是來挑選優秀的忍蛋。但是萬丸覺得帶他參觀學園的行政人員小松田先生，比學生們更令他滿意。

第24集【後後山的生存競賽 之段】，一年丙班今天的課程是舉行生存競賽，設法抵達後後山的山頂。忍蛋們各自選擇路線朝終點前進。亂太郎與新兵衛聽了霧丸的提議，要穿過森林到山頂…

第25集【忍術學園賞花 之段】，學園長與黑木黑木散步的途中，發現到矗立了櫻花樹的原野，於是一時興起想舉行專屬學級委員長委員會的賞花大會。但是，發現那片適合賞花的原野的，並不光是學園長…