第1話【霧丸的打工】：亂太郎利用休假回到老家、因為霧丸拜託亂太郎跟新兵衛務必要幫忙打工、於是新兵衛來亂太郎的家找亂太郎。亂太郎跟新兵衛前往與霧丸會合地點的途中、看見一位老人倒在路上。

第2話【村子的陷阱】：亂太郎他們決定天亮之前跟假執照忍者紅鬍鬚一起借住村子的民宅。但是房屋裡面到處都是陷阱、紅鬍鬚說自己突破到處都是陷阱的村子回到臼茸城、其實是「忍者執照的考試」。

第3話【倒臥的旅人】：新學期的第一天，亂太郎、霧丸、新兵衛、庄左衛門一起前往忍術學園。途中，庄左衛門發現有旅人倒臥在路上，亂太郎他們擔心會像之前那樣被捲入事件而遲到，所以決定繞山路。

第4話【忍者．牧之介】：一年丙班的忍蛋們在深山慢跑時，亂太郎又發現有人倒在路上。倒臥在路上的人就是自稱劍豪的花房牧之介。亂太郎將手靠近牧之介的嘴角，發現牧之介竟然沒有了呼吸。

第5話【冒牌丹波七化身】：為了要抓到計畫在隔壁城鎮在詐騙入學金的冒牌丹波忍者，一年丙班的忍蛋跟老師們開始作戰。亂太郎、霧丸、新兵衛、喜三太他們跟假扮母親的山田老師一起當誘餌潛入冒牌丹波忍術學校。

第6話【文化祭的準備】：明天即將舉辦忍術學園的文化祭了，一年丙班還沒決定要推出什麼節目。於是亂太郎他們去偵察其他的班級正在準備什麼樣的節目。隔壁的一年乙班好像要做「鬼屋」的樣子。

第7話【毒竹的女士】：學園長舉辦文化祭的真正目的，其實是想要引誘學園長的老朋友、年輕時被稱為天才忍者的人物來忍術學園。因為學園長想跟那位老朋友針對以前的爭吵做個了斷。

第8\話【再次建造大安宅船】：某天學園長收到兵庫第三協榮丸的來信，因為兵庫第三協榮丸的海域被毒竹與其他諸侯的軍船蹧蹋、因此感到困擾的兵庫第三協榮丸寫信來向學園長求救，忍術學園的忍蛋們分別前往兵庫第三協榮丸的海域。

第9話【救出毒蛋的作戰】：為了救出毒蛋，兵庫水軍的海盜與忍術學園的忍蛋還有老師他們開始作戰。由五年級的蜂屋前輩變裝成毒竹忍者隊首領稗田八方齋帶領亂太郎他們接近焦土菇城的船，引誘焦土菇城的船航行到危險的海域。

第10話【尋找小松田秀作】：山田老師與土井老師還有利吉率領忍蛋他們分成三隊去尋找小松田。土井老師帶領的是亂太郎他們三個人，途中新兵衛聞到小松田的衣服碎布有醬煮串芋頭的味道，於是他們沿著味道找到一間可疑的小屋。

第11話【很多忍者】：亂太郎他們被焦土菇城忍者追到山崖，正想攀爬繩子逃走的亂太郎，遇到土井老師跟山田老師。後來狹小的山崖下擠滿了眾多城堡的忍者，大家都是為了搶奪暗號表而來。

第12話【這是釣魚】：亂太郎、霧丸、新兵衛他們因為答應食堂大嬸要提供晚餐的配菜，所以外出去釣魚。在河邊與一位不認識的大叔牽扯上，雖然亂太郎他們想要專心的釣魚，結果那位大叔也一起加入釣魚的行列。

第13話【食堂大嬸的煩惱】：原本以為食堂大嬸在為人生苦惱，沒想到食堂大嬸苦惱的是食堂的菜單老是沒有變化，於是拜託學園長讓她外出旅行增加料理的菜單。因此學園長指派亂太郎、霧丸、新兵衛陪同食堂大嬸外出旅行。

第14話【老爸的工作】：忍術學園停課期間，所有的忍蛋都回去自己的家了。亂太郎回家後得知老爸外出去做忍者的工作，不過老爸的忍者同伴卻來通知亂太郎的老爸下落不明的消息，於是亂太郎決定獨自去找老爸。

第15話【三個忍者同伴】：亂太郎、霧丸順利的進到碉堡內，開始找尋三個忍者同伴之中誰是背叛者。於是亂太郎跟霧丸將信同時交給那三個忍者，用回音試聽之術找出可疑的人，並且得知亂太郎的老爸被關在地下監獄。

第16話【不速之客】：土井老師帶霧丸跟新兵衛拿忍者料理的研究材料去山裡給黑古毛般藏老師。要回忍術學園的途中遇到毒竹忍者隊首領稗田八方齋，八方齋說因為有人要殺他所以才去新兵衛的家裡借宿一晚。

第17話【很害羞】：土井老師跟亂太郎、霧丸、新兵衛他們在河流邊發現有東西沉下去。結果竟然是二年甲班學科指導的松千代萬老師，非常害羞的松千代萬老師因為被路人盯著看而掉到河裡。土井老師他們想辦法要帶他回忍術學園。

第18話【前往宗成寺】：因為前往宗成寺的路有好幾條，於是一年丙班分成四組各自前往宗成寺。亂太郎、霧丸、新兵衛以杭瀨村為目標前進，負責擔任干擾其他隊伍的人，不過他們卻在森林裡迷路了。

第19話【前進許可牌不見了】：亂太郎、霧丸、新兵衛拿到前進許可牌之後繼續往宗成寺前進。不過亂太郎在草叢中與霧丸、新兵衛走散，後來亂太郎遇到山田老師。過不久亂太郎跟霧丸、新兵衛會合之後，突然發現身上的前進許可牌不見了。

第20話【互扯後腿】：還沒有喪失資格的亂太郎、霧丸、新兵衛他們繼續往宗成寺前進，不過行政人員小松田為了要阻止亂太郎他們前進而設陷阱。土井老師也為了干擾團藏跟兵太夫騎馬前往宗成寺而使用蟲獸遁之術。

第21話【因為暑假心不在焉】：忍術學園即將放暑假，一年丙班的忍蛋他們高興到上課都心不在焉。連學園長也是滿腦子都在想放暑假的事情。亂太郎、霧丸、新兵衛他們各自回到自己的家過暑假，霧丸依舊想利用暑假打工賺錢。

第22話【沒有人的海邊】：亂太郎、霧丸、新兵衛來到兵庫水軍的海邊，明明是暑假卻沒有任何人在海邊。第三協榮丸說海邊附近的無人島出現比北海獅還要大的恐怖人魚，於是亂太郎他們決定前往無人島一探究竟。

第23話【麵線小偷】：亂太郎發現有人躲在家裡，結果是八方齋在家裡偷吃老媽煮的麵線。因為毒竹忍者在做打倒敵人的正式戰鬥訓練，八方齋抽中敵人的角色而被毒竹忍者追殺，所以拜託亂太郎跟老爸協助他逃出去。

第24話【暑假的返校日】：忍蛋他們在暑假的返校日回到忍術學園，學園長因為不滿黑木黑木，一氣之下離家出走。亂太郎、霧丸、新兵衛要拿到學園長的蓋章才能回家，學園長因為等不到有人來接他，於是悄悄的回到忍術學園。

第25話【五車之術】：小雪、友美、阿繁她們察覺一天之內要幫忙食堂大嬸，要拔藥草園的草，要打掃學園長的房間還要寫報告作業。女忍者三個人煩惱的結果是企圖將這些工作轉給亂太郎、霧丸、新兵衛三個人去執行。

第26話(完)【忍術是什麼】：因為毒竹忍術教室的毒蛋們的忍術一點進步都沒有，於是去忍術學園詢問亂太郎、霧丸、新兵衛忍術是什麼。亂太郎他們也無法說明，最後去詢問學園長，但是學園長的答案讓大家匪夷所思。